1991年3月—1997年8月，担任西北工业大学航海工程学院院长。

1997年8月，担任西北工业大学航海学院声学与信息工程系博士生导师。

2003年，当选为中国工程院院士，隶属于信息与电子工程学部（水声工程）。

马远良创立任意结构形状传感器阵列优化设计的“凹槽噪声场法”，成功运用于声呐装备研制。给出了拖曳线列阵接收噪声角度展宽的理论解释，提出“匹配场噪声抑制”的新概念，拓展了传感器阵列波束优化设计理论，得出了高阶超指向性的解析解和稳健实现方法，创立了宽带恒定束宽、连续可变精密数字时延和任意数字相移的工程实现方法，创立了多种水下自导自适应技术，显著改善系统性能，对海面蒸发波导和深海声学的研究取得重要进展。

1978年11月至1979年3月，马远良应邀参加了海军赴法国技术考察团的工作，详细考察了法国的吊放声纳，观察了对方在地中海和大西洋比斯开湾的海上演示，回到中国后，马远良产生了一个构想，提出了在已有基础上大幅度提高声纳性能的创新技术方案，XXXX型声纳项目随即上马，并在1981年初春的海上试验中获得结果——探测潜艇的作用距离达到赴法考察所见美、法同类装备的2-3倍。

据2020年3月中国工程院官网显示，马远良获省部级以上科技奖励26项，含国家级和部级一、二等以上奖励共16项。

据2020年3月中国工程院官网显示，马远良获国家发明专利十余项，合作出版著作4部，发表论文300余篇。

马远创建了中国第一个水中兵器博士点和博士后流动站。

据2020年3月中国工程院官网显示，马远良是全国水中兵器领域第一位博士生导师，在水声工程和水中兵器学科培养硕士、博士和博士后100余人。

2019年9月20日，“走向深蓝”新生研讨课在西北工业大学长安校区教学西楼D座102室拉开序幕，马远良院士担任首讲教师，为“海洋工程”大类220余名大一新生讲授第一堂课。

2019年9月26日上午，马远良院士、走进内江市中学开展科普讲座，内江一中、内江二中、内江三中、内江六中、翔龙中学、隆昌一中等8所中学优秀高中生300余名参加由马远良院士的题为“我从内江走来”的科普报告。

马远良担任西工大航空声纳研究发展中心总工程师，国务院学位委员会学科评议组、国防科工委水声专业组成员，航海学院院长，西北工业大学博士生导师，水下目标特性国防科技重点实验室学术委员会主任，西北工业大学学术委员会主任，国家自然科学基金委专家评审组成员、组长，科学通报特约编辑、编委，中国声学学会及其水声分会副理事长、主任，声学学报编委等职务。

马远良是航空声纳领域的开拓者和学术带头人。（中国工程院评）

马远良主持了多种型号航空声纳研制，成为当之无愧的中国航空声纳装备技术领域的开创者和领军人；马远良在科研工作中，肩负国家使命，越战越勇，硕果累累；在教学实践中，牢记根本使命，精心育人，桃李葱茏，为国家高层次人才培养作出了重大贡献。 （西北工业大学航海学院评）