1938年4月，日军在鲁南发动全面进攻，徐州危在旦夕，为扭转战局，60军奉令开赴前线，参加了著名的台儿庄大战，历27天，打退日军数10次强大的正面进攻，打死打伤日军3万余人，在中国人民抗战史上写下光辉的一页。继后，马锳随60军参加了武汉、崇阳、南昌和长沙等重大战役。10月，60军与58军扩编为国民党第一集团军，卢汉任总司令，马锳任中将副参谋长。1941年秋，马锳入重庆中央陆军大学特班第五期受训，1942年回滇任滇越边区总司令部中将参谋长，辅佐卢汉卫戍滇南。

1945年8月，日本投降，60军和93军(滇南一、二两路指挥部)改编为国民党陆军第一方面军，卢汉任司令，马锳任中将参谋长，率军入越受降。10月卢汉任云南省主席，受降事宜多由马锳全权处理。

1946年7月，受降工作结束，马锳回滇任云南省保安副司令，8月兼任云南警备部参谋长，1948年秋升任警备副司令。1949年3月，伪币狂跌，物价飞涨。昆明市民纷纷到南屏街中央银行兑换“大头”、“半开”，银行闭门不理，愤怒群众捣毁门窗，卢汉率军警封锁南屏街各巷道口，包围了上千群众，仅在一支烟时间内就枪杀21名无辜群众。马锳闻讯赶到现场，婉言劝走卢汉，避免更大伤亡，解救了被围群众，受到市民舆论赞扬。

1949年6月，云南绥靖公署成立，马锳调任公署副主任。10月，卢汉称病戒烟，请假离署，于家中秘密准备起义事宜，下令以马锳代理公署主任职务。马锳积极配合卢汉，以公署名义，办了一些有利于起义的事。起义当天(12月9日)下午，马锳遵照卢汉指示，亲拟起义时要扣留的张群、余程万、李弥、沈醉等人名单，密交绥署总务处长何向尧亲自通知晚8时卢宅“开会”，保证了起义的顺利进行。1975年，马镁在昆病故，终年80岁。1982年，经最高人民法院、中共中央统战部、云南省公安厅落实政策，恢复马锳起义将领名誉。

1949年6月，云南绥靖公署成立，卢汉任主任，马锳任副主任，积极为起义作准备。

8月，广州、香港盛传云南将要起义。“行政院长”阎锡山筹划以武力解决云南，派第二十六军、第八十九军、第八军进攻昆明。马锳向卢汉建议：以昆明附近保安团固守昆明，速调滇西保安团东下支援。后由蒋介石电召卢汉去重庆商谈，蒋介石允许云南扩军，卢以答应回滇“整肃”互为条件，才避免了武力解决云南的战祸。

9月8日，卢汉回昆，进行了“九·九整肃”，使云南形势动荡不安。

10月下旬以后，卢汉称病戒烟，秘密策划起义事宜，并正式下令以马锳代理绥靖公署主任职务。在此期间，马锳、谢崇文等协助卢汉，拒绝蒋介石和张群要把“整肃”中的重要人士七十二人解送重庆重办；利用代总统李宗仁到昆明的机会做工作，经李同意，全部释放被捕人员：拒绝执行把云南保安部队以营为单位整编入第八军和第二十六军的命令；拒绝西南长官署移来昆明和胡宗南部队撤来滇西等。

1949年11月初，人民解放军进军大西南，贵阳、重庆相继解放。卢汉命令马锳、龙泽汇等加紧与解放军滇、桂、黔边区纵队联系。马锳因与叶剑英有同学之谊，特向卢汉建议派员去广州与叶剑英联系起义机宜，均得到卢汉同意。

同月下旬，卢汉命令马锳征集二百余辆运输车，赶运余建勋第七十四军和龙泽第九十三军到昆明，准备起义。并电令余建勋、陇生文、尹集生、马荣凯部队徒步先行，遇车即搭，以争取时间。12月1日，成立昆明警备司令部，负责维持昆明治安，以利起义进行。马锳在代理绥靖公署主任期间，遇事即与谢崇文、龙泽汇、安恩溥等人商量，并向卢汉及时汇报。

1949年12月9日下午，卢汉指示马锳借张群来昆之机，召集第二十六军军长余程万、第八军军长李弥等“开会”，将这些人全部扣押，马锳亲拟名单，交绥靖公署总务处长向象尧通知布置进行，随即开始起义行动。

9日晚10时，卢汉通电起义后，于10日凌晨4时电话通知马锳办三件事：(一)令参加云南起义的中央宪兵第十三团移出北教场，收缴武器后派——团兵力监督；(二)收缴第六编练部警卫的武器；(三)集合绥靖公署、保安司令部的军官，派往昆明市警察局，协同搜捕零星、漏网特务。马锳只用电话通知昆明警备司令部司令佴晓清及龙泽汇，没亲自督促检查，受到卢汉查究，12日始恢复工作。从13日起，第八军、第二十六军三面包围昆明，发起进攻。马锳仍以大局为重，又积极投入到紧张的昆明保卫战指挥工作中。至21日，坚持一周的昆明保卫战胜利结束。云南起义部队随即配合人民解放军迅速进军滇南、滇东，取得了云南全省的解放。

马锳晚年撰写了多篇回忆性史料，如《云南起义见闻》、《云南起义续闻》、《抗日战争胜利后第一方面军入越受降前后》等，为云南省地方史、滇军志的编写提供了可贵的史料。