2016年下旬，高仓清志、阿伦德还有加林娜和她的学徒迈歇尔·勒迈尔身在伦敦。在训练的时候，加林娜收到了夏洛特·德·拉·克鲁兹打来的一通电话，后者对自己在香港的任务做了报告。夏洛特告诉加林娜他们说，他们为了凤凰计划的有关情报而渗透的Abstergo办公室空空如也，巴因德拉·米特拉的小队还遭到了来历不明的第三方势力的屠杀。

之后，柏林Abstergo办公室大楼附近的一条小巷里，阿伦德和加林娜截住了海因里希·哈特。他是一名科学家，也是高仓清志在Abstergo内部的线人。他们正在寻找刺客们在香港蒙受损失的背后原因，并威胁这位德国科学家要他给出解释——正是他的情报将刺客们引入了埋伏之中。哈特发誓说他对香港那里等着刺客前去的势力一无所知，并且表示圣殿骑士方面也不知道发生了什么事情，不过相传令人恐惧的黑十字也在调查这起事件。他们要求哈特找到事情真相与原因，否则他们将会回来取他性命，之后便离开了。

高仓清志和他的同伴们在伦敦检查着突然登上头条的柏林爆炸事件的各方媒体消息。高仓清志认为公然导致170人遇难并不符合圣殿骑士的行事风格，认为可能有另一股势力从中作梗。迈歇尔表示她有一张从香港Abstergo实验室拿到的伊甸碎片的列表，并亮出了一副光之山的图片。由于迈歇尔确信光之山曾在西班牙内战时期在西班牙出现过，夏洛特进入了简易Animus里开始回溯记忆。机器之后出现了故障，夏洛特被困在了模拟程序之中无法被唤醒。受伤了的格尔尼卡出现在了围在出故障的Animus机器旁边的刺客小队面前。他很震惊地发现迈歇尔之前居然用没有经过更新的Animus零件维修了机器，担心机器现在已经报废了。迈歇尔为自己的行为道了歉，然后离开了。然后格尔尼卡告诉刺客们，他们可以寻求菲利克斯·奥拉德勒——一位Abstergo的员工，同时也是一名蒙特利尔的博学者盟友——的帮助，他很熟悉Animus的构造。

高仓清志和阿伦德立刻搭乘飞机赶到了加拿大，从货运飞机上跳下，以低空开伞的方式着陆在了Abstergo蒙特利尔大楼的屋顶上。在解决掉少数在场的几个警卫之后，他们抵达了奥拉德勒的办公室，却只看到已经被之前在香港出现过的高科技刺客所杀死的他。这个“刺客”用飞刀击伤了高仓清志和阿伦德，还将阿伦德丢出了最近的窗户。阿伦德勉强抓住窗沿挂在了窗外。在中了高仓清志几枪之后，这个“刺客”从窗户里跳了出去。身受重伤的高仓清志和阿伦德最后成功地离开了那里。那个“刺客”能如此清楚地了解到他们的动向，要么是Animus出现了情报泄露，要么就是兄弟会之中有人向他透露了情报。他们之后决定在安全屋里暂时藏身。

回到安全屋之后，高仓清志和阿伦德发现格尔尼卡被加林娜捆在了椅子上。加林娜解释说她发现格尔尼卡试图割断夏洛特的喉咙，于是出此下策。她觉得他让两人到蒙特利尔去也是为了要他们去送死，而他试图获得情报，但没有成功。阿伦德并不愿意参与到拷问当中去，所以他离开前去疗伤。另一方面，以前经历过拷问的高仓清志有着一大堆问题。他问加林娜已经问到了什么信息，加林娜回答他说有人正在Animus之中扫描夏洛特的记忆。高仓清志和加林娜于是开始怀疑同样来自博学者的麦歇尔是否和格尔尼卡实际上是一伙的。片刻之后，夏洛特在Animus机器里醒了过来，告诉他们两人说，她已经知道是谁袭击了他们，而他们需要向圣殿骑士发出警告。

片刻之后，高仓清志发现阿伦德给Abstergo娱乐客服打去了电话，警告他们第一文明的仆从已经渗透到了圣殿骑士内部。在他们为此吵得不可开交的时候，夏洛特及时结束了他们的争吵。刺客们随后在看到带着圣殿骑士特工尤哈尼·奥措·贝格回来的麦歇尔时吃了一惊。在一家饭店里，贝格向高仓清志还有其余刺客解释了他在日内瓦的行动。他在行动过程中遇到了麦歇尔，还遭到了第一文明的仆从的袭击。高仓清志告诉在场的所有人，格尔尼卡可能就是第一文明的仆从的一员，但麦歇尔不愿相信这一点。贝格提出他们应该为此合作，夏洛特则接受了他的提议。

开始与贝格合作之后，夏洛特在同步祖先记忆的时候失去了同步。高仓清志认为，这可能是夏洛特仍未从朱诺的干涉中恢复过来。他告诉夏洛特，要取回伊格纳西奥·卡多纳的记录现在对他们而言还有一定的难度。随后，夏洛特让贝格暂时离开房间，让她一个人静一静。高仓清志和贝格一起出去了。之后，他们两人讨论了夏洛特曾经身为圣殿骑士的祖先，谈到了高仓是如何“为了大家”而把这个秘密隐瞒下来的。随后他们一同离开了藏身处，来到了加林娜审问格尔尼卡有关朱诺情报的地方。

在夏洛特相比前一次更为激烈地失去同步之后，贝格决定代替她进入Animus。高仓清志对夏洛特解释称，贝格重历的是黑十字艾伯特·波登的记忆，而艾伯特·波登曾与夏洛特的祖先有过接触。光之山的下落几乎已然唾手可得。得知光之山可能所在地后，贝格离开了Animus，给自己的朋友打了电话。高仓清志知道阿伦德拿走了贝格的手机，但没有料到他还有另一台手机。随后，这支百般不情愿下建立起来的合作小队前往了巴塞罗那。光之山便埋藏在巴塞罗那南面60英里外的地下。

复活日到来的三天前，高仓清志与正在给爱人录制讯息的阿伦德碰了面。他表示，夏洛特和贝格两人都对周围的景色没有一点印象，看来他们离找到光之山还有不少距离。两人并肩而坐，进行了一场有关彼此过去的真心对话。但是，一些西班牙居民忽然对他们发动了袭击，打断了他们的对话。他们顺利地击退了这些居民，却又遇上了扎斯迪普·达米。他们躲了起来，观察事态发展，却很快被扎斯迪普的手下发现了。那些刚才袭击他们的西班牙居民其实是曾接受波登与卡多纳训练的光之山的守护者。高仓清志与阿伦德被抓住，被迫看着扎斯迪普为了撬出光之山的情报而拔掉西班牙居民的指甲。之后，扎斯迪普的手下告诉他，贝格与夏洛特已经找到了光之山。于是他决定将高仓与阿伦德押为人质。他随后找到了已经发现光之山的那些刺客。加林娜及时提醒高仓发挥钢丝拳套的威力。于是高仓立刻动手，用钢丝拳套截断了周围敌人的手，准备击退扎斯迪普。但是，十二点整，夏洛特忽然触碰了光之山，引发了一场带着耀眼蓝光的大爆炸。

复活日到来的两天前，扎斯迪普阻止了夏洛特，顺利地劫持了她。但因为光之山爆发出来的耀眼光芒，高仓等人一时无能为力。但守护者们牺牲了自己，救下了夏洛特，但扎斯迪普还是带着光之山逃走了。黎明到来之际，这支刺客小队掩埋了壮烈牺牲的守护者们，随后登上了前往澳大利亚的飞机，准备奔赴阿尔瓦罗·格拉玛提卡的秘密实验室。

登上飞机之后，时间只剩下了一天之久，高仓享受了矿物质水，还制止了阿伦德对付贝格的想法。不过他的建议和以往一样被阿伦德当成了耳旁风。不久之后，高仓和其他人举行了会议，讨论实验室蓝图和他们所要采取的战术。万事准备就绪之后，夏洛特首先跳伞，落向澳大利亚的广袤沙漠。复活日到来了，时间所剩无几。

紧随夏洛特之后，这支合作不畅的小队对格拉玛提卡实验室的前门发动了进攻。高仓用火箭筒在前门上开了个洞。随着夏洛特进入缄默状态，其他人朝着第一文明的仆从组织起来的部队，向实验室内部杀去。一个发着蓝光的力场护住了遭到射击的众人——夏洛特用光之山帮了他们一把。力场很快变作一条通道，为高仓和阿伦德开辟了与夏洛特会合的路。但是，他们两人踏进实验室内部的时候，却被朱诺用光之山的能量波击倒了，失去了意识。夏洛特顺利地在朱诺没有察觉地情况下偷到了光之山，制造了幻象，迷惑了朱诺。高仓和其他人一时间为朱诺对着咖啡杯大呼小叫而诧异不已。夏洛特趁此机会刺杀了复活的朱诺。但是，实验室却突然开始崩塌，高仓等人连忙向外逃去。但夏洛特却被困在了实验室里。贝格在外面遥控引爆了实验室，高仓想阻止他，却被击倒在地。刺客们无力救援夏洛特，只能眼睁睁地看着她消失在爆炸之中。

2017年下半年，高仓清志和他所属的刺客小队与蕾拉·哈桑会合。蕾拉·哈桑本是一名Abstergo工业公司职员，但因想要证明自身价值擅自行动而遭到西格玛小队的追查，在埃及时与前来找她的威廉·迈尔斯见面，并接受招募，加入了刺客组织。蕾拉的第一次刺客任务在高仓清志的带领下来到加拿大的魁北克圣母圣殿主教座堂寻找一件属于会静思派的遗物。在蕾拉暴露之后，高仓清志帮助蕾拉脱离了险境。

2018年八月末，高仓清志在蕾拉的招募下加入了蕾拉的小队，和蕾拉一起寻找一把伊甸之矛。在蕾拉找到这把断矛并重历佣兵卡珊德拉的记忆时，高仓清志负责了安保工作，监视着这个小队在英国伦敦的藏身处。随后，这支刺客小队因步步紧逼的圣殿骑士而放弃了伦敦藏身处，高仓与她们一起登上了阿泰尔II号，前往圣托里尼，以便蕾拉潜入水下寻找失落的亚特兰蒂斯。一段时间之后，蕾拉进入了王座室，西格玛小队的部分成员袭击了阿泰尔II号，高仓尽管被枪击中，但还是顺利地击退了他们。

2019年，清志被派到横滨去寻找一位Animus实验体。他在Abstergo诊所外用窃听器听到医生和那女孩的对话，随后联系望月纱子，告诉她他不会像希望那样尽快完成任务，并建议直接杀了那个女孩。他还告诉导师，他不确定女孩身上流淌着哪名刺客的血脉。

几天后，体验完邵君在澳门记忆后的黄里沙和真理来到饮品店。真理在与黄里沙的交谈中表示Animus治疗一事十分可疑。在一旁观察情况的高仓清志在这时走上前，附和了真理的观点，并邀请黄里沙第二天17点到他名片上所指示的地点谈谈有关她治疗的事情。同样怀疑高仓清志的真理认为黄里沙一定回去，为了保证黄里沙的安全而决定与她同行。

两人第二天17点在准备完全后来到高仓清志名片所指示的地方。见到两人到来的高仓清志先做了自我介绍，然后向两人告知了有关加贺美医生真实身份、目的、刺客兄弟会与圣殿骑士组织等情报，就Animus可能导致出血效应的副作用警告了黄里沙。他希望黄里沙停止“治疗”，并为刺客一方提供帮助，但遭到了黄里沙的拒绝。黄里沙断然起身离开后，高仓清志告诉真理，出血效应的危险程度远超普通人的想象。听完高仓清志的话后，真理主动提出要帮助黄里沙。高仓清志本要拒绝她，但是“老爷子”出现，询问真理是否做好拯救朋友的觉悟，得到了真理肯定的回答。

高仓清志是一个土生土长的日本人，同时也能说一口流利的英语。高仓清志徒手格斗技巧十分高超，能轻而易举地放倒盖文·班克斯，从表现上看他同时还精通使用枪械。高仓清志还是一个剑术大师，总是在执行任务的时候带着自己的武士刀。而在日本和盖文互殴的时候，高仓清志明显还在袖子里藏了一把袖剑。

高仓清志在使用钢丝拳套的行为中表现出了他全面的战斗能力。钢丝拳套实际上并没有使用钢丝，而使用的是可以轻松切断肉体的高延展性尼龙绳。他用钢丝拳套在战斗中切断了扎斯迪普·达米麾下两名第一文明的仆从的手臂。他还能将火箭筒稳妥地架在肩上，几乎不受后座影响地开火。