2005年08月起，任哈尔滨工业大学教授。

2008年，获国家杰出青年科学基金资助。

2009年01月起，任哈尔滨工业大学智能控制与系统研究所所长。

2009年01月，被聘为香港大学机械工程系荣誉教授。

2010年，入选新世纪百千万人才工程国家级人选。

2012年，入选中组部首批青年拔尖人才支持计划。

2014年01月—2015年09月，任哈尔滨工业大学人才工作办公室主任。

2015年09月—2019年04月，任哈尔滨工业大学理学院院长。

2017年，入选国家“万人计划”科技创新领军人才。

2019年04月起，任哈尔滨工业大学交叉科学研究中心主任。

2023年8月，入选中国科学院院士增选有效候选人名单。

高会军一直从事控制理论与应用方面的研究工作，在鲁棒控制与滤波、时滞系统、多维系统、模型降阶、网络化控制及控制理论在航天和工业中的应用等方面取得了一系列创新性研究成果。

1，自动控制理论（网络化控制、多智能体系统、鲁棒与智能控制）

2，信号处理、图像处理、模式识别

3，自动光学检测（AOI: Automatic Optical Inspection）

4，光机电一体化技术（高速高精度运动控制、贴片机、视觉伺服）

5，机器人智能系统（面向复杂任务的工业机器人、机器人智能工艺系统、智能人机交互技术）

截至2021年1月，高会军先后获授权国家发明专利80余项，美国发明专利1项。

截至2021年1月，高会军先后在《IEEE汇刊》系列汇刊等国际高水平期刊上发表论文100余篇，SCI他引2万余次，ESI高被引论文76篇，入选全球高被引学者，出版国际专著4本。2014年至2020年，高会军是全球高被引学者。

据2021年8月中国科技论文在线官网显示，高会军先后获国家自然科学基金、教育部新世纪优秀人才支持计划、高等学校博士学科点专项科研基金、中国博士后科学基金、香港政府RGC研究基金、加拿大Alberta创新基金、Killam博士后基金等研究基金的资助。

截至2021年1月，高会军先后已培养毕业30余名博士生，多名博士毕业生已成长为佐治亚理工学院、普渡大学、中国科学技术大学等中国国内外大学的教授；多人获全国优秀博士学位论文；多人入选长江学者、青年千人、洪堡学者等人才计划；多人在华为、大疆等公司担任高级研究人员；多人做为CEO创办高科技企业。

高会军所在的研究团队曾荣获国家自然科学基金创新研究群体和高技术武器装备发展建设工程突出贡献奖。

2015年12月2日，高会军应邀来访中国科学技术大学信息科学技术学院，并做了题为《半马尔科夫跳跃线性系统的新进展（New Results on Control of Semi-Markov Jump Linear Systems）》的研究生高水平学术报告。高会军教授首先从工业发展需求和中国制造2025为切入点，介绍了网络化工业控制的必要性、发展现状和发展前景，然后提出了工业控制的多层框架。高会军教授介绍了“网络优化和控制层”、“生产过程控制层”两层框架，并讲解了这个框架中的难点和关键问题，包括异步网络、多重采样速率、数据丢包、时延、乱序、以及全局稳定性等问题，最后用一个浮选矿物的实际生产例子，阐释了这种框架的潜在应用。

高会军教授在网络控制的计算与滤波等方面做出了突出贡献。（中国新闻网评）

高会军凭借坚韧、执着、顽强的信念、不懈的努力把一座座山峰踩在脚下，创造了许多不可思议的奇迹；应学习他勇于拼搏、奋发图强的精神，努力攀登科技高峰。（西安电子科技大学空间科学与技术学院执行院长李小平评）

高会军为中国控制科学的发展及国际影响作出了重要贡献。（《中国教工》评）

高会军以勤奋自强的精神和坚韧不拔的毅力，经过十年的努力，从一个中专生成长为一个博士毕业生。30岁时，他成为哈尔滨工业大学最年轻的博士生导师；他潜心钻研，锐意创新。（《中国青年报》评）