公元744年，为祈求佛法庇荫东日本，圣武天皇下令建立高尾山药王院有喜寺。相传创立者为曾经参与兴建奈良东大寺的大佛的行基菩萨。

而后，约于公元1375~78年间，俊源大德自真言密教圣地之一的京都醍醐山来到高尾山。在高尾山里，俊源大德一边向不动明王战国时代(15世纪后期~16世纪后期)，饭绳大权现成为武田信玄与上杉谦信等诸多骁勇武将所信奉的守护神，其中尤以统治关东地方的北条家最为虔诚信仰，并全力守护着当时亦为战略要地的高尾山。而后，战乱时代结束，日本进入江户时代(1603~1867年)。在当时将军一族德川家的保护下，高尾山日益发展兴盛。时至今日，高尾山药王院已然与成田山新胜寺、川崎大师平间寺并列，成为真言宗智山派的三大总寺院之一，信徒众多。