陈督陕后投靠皖系军阀，陕局依旧暗无天日，“反段驱陈”遂成革命斗争的目标。

1917年9月，焦子静以西北护法军招讨使名义由上海回陕，与高峻商议驱陈方略。高派王季常与驻在韩城的陕西陆军第三混成旅第一营营长杨虎城联系，派白雨亭与陕西警备军统领耿直和驻军渭南的刘锡麟联系，还派人与驻在凤翔的郭坚联系，共同商定了互相配合，内外夹击，直取西安，驱逐陈树藩的行动计划。

12月3日（农历十月十九日），高首先在白水发难，以西北护法军总司令的名义，发出护法通电，痛斥段祺瑞和陈树藩毁法误国。陈树藩急调胡景翼、李天佐、王飞虎等部进攻白水。高率所部骑兵团尽力坚守，激战三昼夜，因兵力悬殊，寡不敌众，被迫于12月10日（农历十月二十六日）撤出县城。这一天，正值耿直在西安举义。高闻讯后当即率所部驰援，不料行至三原以东之大程镇与大队陈军遭遇，经过激战，损失很大，只得撤军北去，至耀县与曹世英部会合。西安起义部队与陈军巷战三昼夜后，撤至周至、户县一带，与来援之郭坚部合兵一起，树起陕西靖国军旗帜。不久，耿直与郭坚亦率军来耀县。三军会师后，力量倍增。经过短期休整，即挥师东进，一举攻占白水、澄城；接着又乘胜出击，在进攻蒲城时，遇到陈军守城部队的顽强抵抗。起义军几度攻城不克，耿直阵亡，只好撤回原防。至此，白、澄两县，作为起义军的根据地之一，独立于陕东黄河西岸，先后坚持达五年之久。

1918年1月25日，胡景翼部之张义安营在三原起义，全歼了陈树藩部曾继贤旅严锡龙团，曹世英、胡景翼等齐集三原，树起陕西靖国军旗帜，通电讨陈。曹、胡分任陕西靖国军左右两翼军总司令，并联合高部，起兵从东西两面夹攻西安。高随曹世英的左翼军在西安以东与陈军激战。终因靖国军东西两路指挥不统一，各自为谋，进攻西安劳而无果。同年8月，于右任应邀从上海回陕，就任陕西靖国军总司令。至此，陕西靖国军归于统一，编为六路，高任第五路司令，下辖四个支队，驻防白、澄两县，与北洋军和晋军周旋。

1921年阎相文、冯玉祥相继督陕。时靖国军内部发生异动，除杨虎城部外，其他各路先后接受改编，高部被编为陕军第二混成旅，仍驻白水。后来高因受接替冯玉祥任陕督的刘镇华之歧视和排挤，忿然离开部队，赴沪谒见孙中山。

1926年春，国民军第二军在豫西失败，刘镇华率镇嵩军号称十万之众西攻陕西，陕局迅速恶化。高毅然由上海返回陕东，召集旧部，袭取投降镇嵩军的陕军麻振武统辖的澄城、合阳，进逼麻部老巢大荔，迫使正在围困三原的麻部主力撤军回防，对被围困之三原继续坚守起了很大作用。是年9月，冯玉祥、于右任率国民军联军由绥远挺进陕西，10月在三原组织了国民军第二、第三联军总司令部，委任高为河防军司令

1927年2月改任国民军联军驻陕独立第二师师长。

高与中共有秘密联系。1927年至1929年期间，中共组织派王超北等到高部工作，王任政治处处长，部队军政训练都有很大成效。后高部奉令裁减，高自愿解甲归田。

1936年1月27日病逝。

于右任亲书挽词赞扬高峻：“起义时真志士，归田时真农夫，动心忍性以保晚节，真英雄也！”