未来的某一天，宇宙开发中心的上空发现了来历不明的宇宙飞船（葛洛卡母舰），一名神秘女子藤原树理（杰斯提斯）出现在武藏面前，之后宇宙开发中心便受到一台葛洛卡卒的袭击。高斯奥特曼 宇宙日冕模式及时出现并打败一台葛洛卡卒，后葛洛卡卒又出现二台，高斯奥特曼 宇宙日冕模式陷入危机时，武藏和高斯奥特曼 宇宙日冕模式合体变形高斯奥特曼 日蚀模式，发出静止光束关机了二台葛洛卡卒。

藤原树理不明白高斯奥特曼 日蚀模式为什么把梦想这种含糊不清的东西看的比宇宙正义还要重要，于是变成杰斯提斯奥特曼 标准模式后重启关机的二台葛洛卡卒，并且帮助它们击败高斯奥特曼 日蚀模式，摧毁了宇宙运送火箭宇宙诺亚。宇宙飞船和杰斯提斯奥特曼 标准模式神秘女子的目的到底是什么？