崇祯十六年（1643），任山海关总兵。

崇祯十七年（1644）三月，闯王李自成攻陷北京，崇祯皇帝殉国。四月，平西伯、辽东团练总兵吴三桂　归顺李自成，吴三桂准备进京见李自成，命明降将、密云总兵唐通接管山海关防务。高第留守山海关。当吴三桂行至丰润时，听闻家产被抄、家父下狱、爱妾被抢，而且不止他一家，北京城文武百官都被追赃助饷。于是对李自成彻底失望，率兵返回山海关，唐通败走。四月二十一日，高第与吴三桂在山海关西石河和抚宁县九门口大战，接战不利。时吴三桂辽军四万人，高第关门1万军队，乡勇3万人。四月二十二日，清多尔衮十万八旗兵突然参战，大败李自成。

顺治元年（1644）五月壬辰日高第降清，六月仍命为山海关总兵，九月清世祖福临入关，高第率部谒驾，赏赐有差。