据史料记载，离高观音不远有一个叫峰门坳的地方，是古时梅城前往丰顺的一条道路，也是梅城通往清凉山湖鳅塘避暑区的必经之路。约一个半世纪之前，太平天国南方的最后一支部队即康王汪海洋的残部曾从这里仓皇撤退，在黄沙嶂、清涧、北溪、长布一带与清军展开殊死的搏斗，最终全军覆灭。事后，嘉应州城的士绅为超度战事中死于峻岭深涧的太平军将士，特地组织僧人在高观音设坛打醮，希望以观音的慈悲祥和之气，化解战争带来的创伤和戾气。后来，原本只有一间小瓦房和一尊观音佛像的高观音寺，在住持方丈多年的努力，特别是在印尼华侨的巨额资助下，得以重新修建。

2006年，由旅印尼侨贤林桂芳、何凯能、李桂保和郑贵勋等40余人捐资80万，请上海古建筑设计单位为寺庙做规划设计，依岩建成观音堂、禅房、客堂及斋堂等。