1998年12月至1999年12月，担任华西医科大学科研处副处长。

1999年12月，在四川大学人类疾病生物治疗教育部重点实验室工作。

2001年12月，担任人类疾病生物治疗教育部重点实验室主任，以及国家863计划生物工程技术主题专家组组长。

2003年01月，担任国家自然科学基金创新研究群体负责人；同年11月，当选为中国科学院院士。

2004年09月，担任国家科技部重点基础研究973首席科学家。

2005年，担任生物治疗国家重点实验室（四川大学）主任。

2017年5月25日，四川大学召开学校党政副职宣布会议，宣布教育部党组关于四川大学党政领导班子局部调整的决定。因年龄和任职年限原因，免去魏于全同志的职务。

2018年，魏于全院士团队重大科技成果转化项目—新型疫苗制备平台及生物技术检测中心项目签约仪式在温江举行。

2024年5月26日，四川省国际医学交流促进会第二届会员代表大会暨第二届第一次理事会在成都成功召开。魏于全当选四川省医促会会长。

现任四川大学生物治疗全国重点实验室和华西医院肿瘤中心主任。

魏于全研究了利用主动免疫抗肿瘤血管生成为肿瘤疫苗及抗肿瘤血管生成治疗提供了新思路，并将异种同源基因与异种免疫排斥及自身免疫反应相结合，用于探讨肿瘤免疫基因治疗，可以克服自身抗原的耐受性。还对淋巴细胞在肿瘤微环境内杀伤自身癌细胞现象进行了观察，并对诱导及增强淋巴细胞杀伤自身癌细胞活性进行了研究。

截至2018年3月，魏于全在多种国际杂志上发表SCI论文300多篇。

2012年10月24日，魏于全应邀在北京大学医学部百年庆典系列学术论坛药学名师大讲堂做学术报告，题为《人类疾病生物治疗进展》。在报告中，魏于全院士概述了人类疾病生物治疗的发展与现状，展望了生物治疗及生物技术药物的研发与发展趋势。

2014年3月26日，魏于全做客水木清华生命科学讲座，在清华大学生物新馆报告厅，为广大师生作了题为《肿瘤生物治疗研究进展》的报告。

2017年12月17日，魏于全受邀在成都中医药大学做题为《生物治疗与生物技术药物研究进展》的学术报告。

2018年7月19日，国家药品监督管理局组织召开生物技术药物研发和产业发展状况报告会，魏于全作了题为《当代生物技术药物研发现状和趋势》的专题报告。

魏于全认为：“学术研究是一种精神生产，它需要长期积累、潜心思考、百般锤炼。追赶时髦、追名逐利、追求数量，均为治学大忌。”

魏于全作为博士生导师，他自编教材，在全国率先开设《基因治疗的基础及临床》《流式细胞术在基础及临床医学上的应用》两门课程，使研究生能了解和掌握肿瘤基因诊疗的基本技术，基本理论及临床应用。

2003年魏于全当选为中国科学院院士。

2020年9月8日，魏于全荣获“全国抗击新冠肺炎疫情先进个人”称号。

魏于全院士及其团队在肿瘤治疗方面做出了杰出的成绩。（四川省委副书记、省长尹力表示）

魏于全的成功取决于‘四敢’精神；敢于攀登、敢于创新、敢于拼搏、敢于坚持。我们从事的肿瘤超微结构研究，主要探索肿瘤细胞与人体组织的关系，并从中找到治疗肿瘤的新途径。做实验是一个苦差事，可不管过程多么麻烦，结果多么令人沮丧，他都从不放弃，总是信心十足地坚持到最后。（魏于全的研究生导师杭振镳评）

魏于全的性格有“多面”：在进行学术研究时，魏于全严肃认真，一丝不苟；在讲台讲课时，他不擅言辞，观点清晰；在病房看望病人时，他面带微笑，随和健谈。（天府英才网评）