1961年8月，为秦安县魏店管理区，辖魏店、兴龙、梨树、伏峡4公社。

1965年4月，为魏店公社。

1983年，改为魏店乡。

2015年，撤乡设镇。

2011年末，魏店镇辖刘家四嘴、梨树梁、龙王庙、孙庄、陇滩、庞沟、康家坡、刘岔、焦湾、化洼、武华、魏坡、魏南、董家湾、陈寨、张家寨、伏峡、孙阴洼、侯坪、双石、王家窑、大湾、伏河、陈庄、山上湾、吊川、张家坡、贠湾、任学、蒋台、张家坪31个行政村；下设108个村民小组。

截至2020年6月，魏店镇下辖31个行政村。镇人民政府驻魏店村。

魏店镇，地处秦安县北端，东邻静宁县贾河镇，南接安伏镇、郭嘉镇，西连王铺镇、定西市通渭县鸡川镇，北靠定西市通渭县新景乡，区域面积140.11平方千米。

魏店镇地处秦安县北端，地势西北高东南低；地形分为黄土山梁与沟谷阶地两类，梁弟起伏，沟壑纵横；主要山脉为华家岭山系辘辘山之余脉，境内最高峰大燕麦嘴位于孙庄村的小户儿自然村南侧，海拔1944米；最低点位于葫芦河畔侯坪村东侧，海拔1340米。

魏店镇属温带半湿润气候，多年平均气温为8.5℃，1月平均气温-4.7℃，极端最低气温-19.2℃（1991年12月28日），7月平均气温19.1℃，极端最高气温35.3℃（1997年7月21日），生长期年平均231天，无霜期年平均152天，最长达160天，最短为130天；年平均日照时数2205.8小时，年平均降水量501.5毫米，极端年最大雨量734.9毫米（1961年），极端年最少雨量341.1毫米（1971年），降雨集中在每年7~9月，7月最多。

魏店镇境内河道属渭河支流葫芦河流域，分显亲河、祭马沟、黑彩沟3个小流域，均为葫芦河的支流，其中显亲河境内长12千米，河流域面积105.5平方千米；祭马沟流域面积23.6平方千米；黑彩沟流域面积12.5平方千米。

魏店镇主要自然灾害有冰雹、干旱、低温霜冻等；其中冰雹最频繁，危害最严重，主要发生在6~9月；最严重的一次发生在2011年7月14日17时，魏店乡东南部孙阴洼、董湾、陈寨、伏峡等10村突降冰雹，其中孙阴洼、伏峡、董湾、陈寨4村最为严重，降雹平均时长约8分钟，冰雹最大直径约1厘米，且密度大，造成以上10村苹果受灾6749亩，成灾面积2860亩，损失约172万元。

2011年末，魏店镇辖区总人口32350人。

2017年，魏店镇常住人口26437人。

2018年，魏店镇户籍人口28325人。

2011年，魏店镇财政总收入389万元，比上年增长12.1%，人均财政收入120.2元，比上年增长0.7%。

魏店镇有农业耕地面积9.4万亩，人均2.9亩；2011年，农业总产值达到0.9亿元，比上年增长12%，粮食作物以冬小麦、玉米、马铃薯为主，2011年，生产粮食17550吨，人均542.5千克；主要经济作物有胡麻、油菜子、蔬菜等，2011年，油料作物种植面积9400亩，产量737吨；蔬菜种植面积8400亩，产量14368吨，主要品种有大白菜、甘蓝、西红柿、辣椒、茄子等。

魏店镇畜牧业以饲养生猪、羊为主；2011年，生猪饲养量1.2万头，年末存栏9000头；羊饲养量1400只，年末存栏1200只；家禽饲养量5.5万羽，上市家禽4.5万羽；畜牧业总产值1050万元，占农业总产值的11.6%。

截至2011年末，魏店镇累计造林6528万亩；2011年，水果种植面积2.3万亩，产量19776吨，主要品种有苹果、梨、杏、桃等，其中苹果19500吨。

2011年，魏店镇名优特农产品有优质苹果；绿色环保农产品有套袋红富士苹果等，农民人均纯收入3123元。

2018年，魏店镇有工业企业5个。

2011年末，魏店镇有商业网点323个，职工541个；2011年，社会商品销售总额达2700万元，比上年增长11.10%；城乡集市贸易成交额1800万元，比上年增长10.9%。

2018年，魏店镇有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市21个。

2011年末，魏店镇有综合文化站1个，建筑面积310平方米；农家书屋27个，藏书5万余册；各类学校图书室16个，藏书5.2万册；地方特色民间艺术有社火、小曲等。

2011年末，魏店镇有体育场地17处，3.2%的村安装了健身器材，经常参加体育活动的人员占常住人口的17.6%。

2011年末，魏店镇有广播喇叭4561只，入户率93%，通响率100%，广播综合覆盖率100%；有中央台、甘肃台等40个电视频道在本地落户，有线电视用户5321户，电视综合覆盖率100%。

2011年末，魏店镇有小学25所，在校生2559人，专任教师159人，小学适龄儿童入学率100%；初中2所，在校生2652人，专任教师173人，初中适龄人口入学率、小升初升学率、九年义务教育覆盖率均达100%；普通高中1所，在校生1050人，专任教师62人；2011年，教育经费达1300万元，国家财政性教育经费1200万元。

2011年末，魏店镇有中心卫生院1个，村保健站31个，个体医疗服务机构12个；病床30张，专业卫生人员60人，其中执业医师8人，执业助理医师6人，注册护士2人。

2011年，魏店镇法定报告传染病发病率为0.1/10万，农村安全饮用水普及率42.9%，农村卫生厕所普及率5%，新型农村合作医疗参合人数3万人，参合率92.7%。

2011年，魏店镇有城镇最低生活保障户数33户，人数50人，支出7.9万元，比上年增长25.3%；农村最低生活保障户数1030户，人数3620人，支出373.6万元，比上年增长12.5%；农村五保分散供养194人，支出73.1万元，比上年增长22.1%。

2011年末，魏店镇有邮政支局1个，投递点31个，乡村通邮率100%；全年投递国内函件18万件，国内汇票业务完成10万笔，国内异地特快专递信件完成6万件，征订报纸0.9万份、期刊0.8万册，业务收入13万元；有固定电话用户650户；移动电话用户7514户，电话用户普及率达98%，全年电信业务收入381.5万元。

魏店镇境内有县乡级公路1条，总长19.7千米。