南西西流至马海滩出山区，逐渐转北西西流，经格尔木农场马海分场时，河道分流多股，主河槽进入马海渠，出马海渠过小兵营注入宗马海湖。在出山口前汇入鱼卡河干流的较大支流有:哈尔昆德、格奇策尔根、巴嘎拜勒旦尔河、伊克拜勒旦尔河和伊克策尔根河，出山口后在小兵营有嗷唠河汇入。鱼卡河集水面积2 352平方公里，河道长118. 63公里，多年平均流量2. 88立方米/秒，多年平均含沙量1. 29公斤/立方米。