鱼沼市位于新潟县的东南部，与福岛县和群马县的县境接壤。总面积为946.76平方公里，占新潟县整体的7.5%。鱼沼市西为鱼沼丘陵，东为三国山脉的鱼沼盆地的北方，夏天高温多湿，冬天有3米积雪的暴雪地带。流经市中心的是栖息着银鱼、乌瓜鱼、鳅鱼等众多鱼类的鱼野川，其支流破间川、佐梨川、羽根川等清流贯穿其间。