1978-1992年，先后任中国科学院南京土壤研究所研究员、所长助理。

1979-1983年，任中国土壤学会秘书长。

1983-1993年，任《土壤学报》主编。

1992-1994年，任《Fertilizer Research》编委。

鲁如坤根据对土壤磷素的研究，确定了磷酸铁是南方水稻土的主要磷源。提出的“氮磷配合”的磷肥施用原则，大大提高了磷肥肥效，为中国磷肥工业的继续发展及大面积施用磷肥作出了贡献。他对中国四十五种磷矿粉的性质及其有效性进行了系统的研究，为不同磷矿的利用方向提出了建议。

60年代初鲁如坤等在发明“旱重水轻”施磷技术不但在国内得到了采用，在国际上也受到很大重视。“旱重水轻”的施磷技术改变了过去施磷常以单个作物为单位，而代之以一个轮作周期为单位进行“统筹”施肥，从而丰富了施肥的理论概念。1982年应第十二届国际土壤学会大会邀请，鲁如坤发表了“淹水水稻土磷肥管理”的专题报告，系统地介绍了水田施用磷肥的理论和措施。

80年代中期开始，鲁如坤参加了中国科学院的重大项目“农业生态系统养分循环”的领导工作。提出了一系列适于中国的农田养分循环参数并在此基础上提出了评价农田养分平衡的新方法。

90 年代中期，他提出了一个客观评价农田养分平衡（赤字或盈余）是否合理的方法，其实质是：农田养分平衡的盈亏是否合理必须和土壤养分的供应能力结合起来考虑。

他在从事农田养分循环工作时，十分重视有机物质的再循环过程，鲁如坤提出的农田养分退化的定义是：“任何可以导致农田养分数量的减少或有效性降低的一切物理、化学和生物的过程都称为养分退化过程，其后果就是农田养分退化”。他认为农田养分退化过程分剧烈型（如土壤剧烈侵蚀）和渐进型（如土壤养分淋失），后者是普遍存在的，易被人们忽视的。农田中除进行着养分退化过程外，也同时进行着养分的重建过程，人们的任务就是要调节这两个方向相反而又同时进行着的过程，使之向着有利于人类的方向发展。

在土壤所工作期间，鲁如坤曾任助理研究员、副研究员、农业化学研究室主任、副主任，学术委员、所长助理等职。并担任过中国土壤学会秘书长、农业化学专业委员会副主任，中国科学技术协会全国委员，以及中国水稻研究所、土壤圈物质循环开放研究实验室、中国科学院红壤生态实验站等单位的学术委员。还出任过《土壤学报》主编，《农业现代化》、《化工时刊》等科学期刊的编委，并担任江苏省自然科学类期刊审议委员会副主任。

1989-1990年曾连续两届担任国家自然科学基金委员会评审组成员。曾任第二届中华青年联合会全国委员和江苏省政协委员等。他先后访问了法国、日本、新西兰、澳大利亚、古巴、越南、墨西哥等国。他参加或负责的研究工作和著作曾多次获得国家和中国科学院奖励并获得中国科学院“七五”“重大任务科研先进工作者”的称号。

1 李庆逵，鲁如坤.土壤分析法.北京：科学出版社，1953

2 鲁如坤，王莲池等.从水稻对不同深度土层中32P的吸收浅论深耕合宜深度.原子能科学技术.1961（2）：111～113

3 鲁如坤，蒋柏藩等.中国南方几种水稻土的磷肥施用问题.土壤学报.1962，10（2）：175～180

4 鲁如坤，蒋柏藩等.磷肥对水稻和旱作的肥效和后效的研究.土壤学报.1965，13（2）：152～160

5 鲁如坤.磷石膏的研究.土壤.1975（1）：25～27

6 鲁如坤.关于经济合理施用化肥的几个问题.见：合理施肥经验选编.北京：农业出版社，1975：99～109

7 鲁如坤.关于中国化肥发展的几点意见.土壤.1979（3）：81～83

8 鲁如坤.农业现代化和化肥发展.化肥工业.1979（5）：63～66

9 鲁如坤，史陶钧.土壤磷素在利用过程中的消耗和积累.土壤通报.1980（5）：6～8

10 鲁如坤，史陶钧.农业化学手册.北京：科学出版社，1982

11 鲁如坤.中国土壤氮磷钾的基本状况.土壤学报.1989，20（3）：280～286

12 鲁如坤.土壤磷素水平的动态变化和中国磷肥工业的发展.见：磷肥技术论文汇编.1990：335～337

13 李庆逵，蒋柏藩，鲁如坤著.中国磷矿的农业利用.南京：江苏科技出版社，1992

14 鲁如坤，时正元，熊礼明.中国磷矿磷肥中镉的含量及其对生态环境影响的评价.土壤学报.1992，29（2）：150～159

15 鲁如坤，时正元，钱承梁.中国农田养分再循环—潜力和问题.中国农业科学.1993，26（5）：1～6

16 鲁如坤，时正元.农田养分再循环研究Ⅱ：某些有机物磷养分的有效系数.土壤.1993，25（6）：286～291

17 鲁如坤.土壤—植物营养化学研究40年.土壤.1993，25（4）：176～180

18 鲁如坤，时正元，顾益初.土壤积累态磷研究Ⅱ：磷肥的表观积累利用率.土壤.1995，27（6）：286～289

19 鲁如坤，刘鸿翔，闻大中等.中国典型地区农业生态系统养分循环和平衡研究Ⅳ：农田养分平衡的评价方法和原则.土壤通报.1996，27 （5）：197～199

20 鲁如坤等.土壤植物营养学原理和施肥.北京：化工出版社，1998

21 鲁如坤（主编）.土壤农业化学分析法.北京：中国农业科技出版社，1999