鳄龙外表类似恒河鳄或马来长吻鳄。这动物的头骨有长而细的口鼻部，布满小而锐利的圆锥状牙齿。这导因于鳄龙与恒河鳄拥有相似的生态位：在河流与沼泽中猎食小型水生猎物。这是个Evolutionary relay的典型例子。更原始的离龙类有更短、更宽广的口鼻部。

它们跟恒河鳄与其他鳄鱼的主要差别在于头颅。眼眶在头颅的前方，头颅后部则是球根状膨胀且内部空间有许多复杂的骨弓。这些空间可能容纳巨大的下颚肌肉。其他关于这些空间的假设，例如耳部感应器官所在，但已被推翻，因为证据很少。外部鼻孔在喙部尖端上发现。这显示当鳄龙浸泡在水里，在河床或湖床上休息时，将它们的喙部上的鼻孔伸出水面来呼吸。鳄鱼与植龙目的鼻孔分别是位在它们的喙部背部以及头颅。这些位置让它们在水面下休息。