毒羊树科的学名Aextoxicaceae由模式属毒羊树属学名Aextoxicon的复合形式Aextoxic-加上表示科的等级后缀-aceae构成。该词为复数形式，故在做主语时应与动词的复数形式搭配。

本科中文名亦由模式属中文名“毒羊树属”中的专名“毒羊树”加上“科”字构成。其单纯的中文别名有毒鹰木科、鳞枝树科、智枝大戟科等，详见毒羊树属条目的“词源”一节。