鸟羽天皇出生后不久，母亲藤原苡子就逝世了，由祖父白河天皇养育。7个月后就被立为太子。父亲堀河天皇死后，5岁的鸟羽天皇即位，政务全部由白河法皇管理。

永久五年（1117年），鸟羽天皇娶白河法皇的养女藤原璋子（待贤门院）并立为中宫，与中宫生下五男二女。

保安四年（1123年）正月二十三日，在白河法皇的主持下，鸟羽天皇禅位给了与待贤门院所生的长子崇德天皇，实权仍由白河法皇掌握。鸟羽就成了鸟羽上皇。白河法皇继续干涉朝廷的政治。于是，在日本历史上就出现了天皇、上皇、法皇三皇并立的奇特现象。

白河法皇死后，鸟羽上皇于大治四年（1129年）开设院政。鸟羽上皇一反白河法皇的政策，将被白河法皇疏远的藤原忠实的女儿藤原泰子（高阳院）迎入宫中，以巩固自己的院政。另一方面，失去白河法皇这一保护伞的待贤门院失宠，鸟羽上皇宠爱藤原得子（美福门院），迫使崇德天皇将皇位让给了得子的儿子近卫天皇。与此同时，鸟羽上皇也出家为僧，法名空觉。