1957年，鹰厦铁路通车至厦门；同年8月，鹰厦铁路验收交接筹备组在南平成立，并组织初验工作；同年9月，初验工作由鹰潭开始；同年10月，鹰厦铁路验收交接筹备组提出初验总结报告；同年11月26日，鹰厦铁路验收交接委员会在福建永安正式成立；同年12月4日，由厦门向北进行沿线检查；同年12月19日，鹰厦铁路验收交接委员会检查完毕，同年12月26日，鹰厦铁路验收交接委员会在南平提出复验总结报告；12月28日，鹰厦铁路验收交接委员会在南平举行交接签字仪式。

1958年1月3日，鹰厦铁路正式运营。

1986年8月26日，鹰厦铁路电气化改造工程开工。

1993年12月28日，鹰厦铁路电气化改造完工全线开通。

1995年，鹰厦铁路车站总数达到84个，先后增建车站38个。

1999年，鹰厦铁路新增城头站、楼前站、鹅山站、沙建站。

2014年，鹰厦铁路沙县城区改线至三明北站工程初步设计获批并开工建设。

2017年12月13日，鹰厦铁路沙县城区段转拨新线运行，三明北站成为鹰厦铁路和昌福铁路的途径站，新建大洲站，为鹰厦铁路和三明北站昌福铁路重要的承接点，同时沙县站、城头站、楼前站撤站。

2019年1月5日，新的列车运行图开始实行，三元区站、永安站、漳平站、漳州东站不再办理旅客运输业务；9月15日，厦门市健康步道跨鹰厦铁路转体桥开转，2台200吨的千斤顶牵引着1158吨的桥体缓缓转动。经过60余分钟的转动，桥体逆时针转动90度，成功转身与引桥对接。

2020年5月18日，鹰厦铁路漳州华安段外移工程开工，新建车站1座，改建车站2座，消除沿线3处平交道口。

2021年11月起，漳厦段易坑站以南的接触网设备更新改造工程全面开启，计划三年内完成约153公里。

2022年11月25日，鹰厦线青州站信号设备更新改造工程顺利开通。

2023年7月，记者从铁路鹰厦线华安城区改线工程指挥部获悉，该工程取得重大进展，华丰隧道和新圩一号、新圩二号隧道均实现贯通。8月2日，历时三年六个月施工的鹰厦铁路华新隧道顺利贯通。11月1日，鹰厦铁路北段（北鹰厦线）恢复开行一对旅客列车，鹰潭至三明北K6221次列车。11月24日，鹰厦铁路华安城区段外移工程进入静态验收阶段，标志着这段铁路建设已基本完成。

2024年10月18日，鹰厦铁路华安城区段外移工程新建线路正式开通。

截至2017年12月，鹰厦铁路车站共有99座（含漳州支线铁路）。

鹰厦铁路北起江西鹰潭，在赣闽两省边境地区穿越武夷山地后，沿闽江支流富屯溪谷地延伸，到达南平附近的外洋车站，线路折向西南，顺着闽江另一条支流沙溪谷地修筑。然后在永安附近改向东南，穿越戴云山脉，进入闽南的九龙江流域，沿江而下，经过集美和厦门两道海堤（2010年1月30日起改走杏林铁路大桥，集杏、高集两座海堤的铁路已拆除）到达厦门，全长705千米（含漳州支线11千米）。它在鹰潭与浙赣铁路交汇，在南平市的外洋站与外南铁路相交。

鹰厦铁路国铁Ⅲ级线，线路平剖面，按Ⅱ级线标准设计；限制坡度：上下行均为12‰，在武夷山区及戴云山区、资溪园岱间15千米为20‰，西洋城口间30公里为22‰；曲线最小半径规定为300米，资溪至大禾山、桂口至城口、欧寨至卓宅、罗溪至溪南坂四段采用250米；到发线有效长度规定为560米，给水站为580米，近期按450米辅轨。机车车辆设备初期按12对列车设计，动力照明利用现有的设备，给水设备按18对列车设计并施工，支线上按12对列车设计。

鹰厦铁路全线逐段开站，办理临时运营，初期仅开行鹰潭至南平和南平至永安（后延伸至厦门）2对旅客列车。

1993年12月28日，鹰厦铁路全线开通电气化，电力机车的投入使用。

1995年，鹰厦铁路平均牵引总重为2220吨，将近运营初期的2倍。

2005年4月，鹰厦铁路货车牵引总重达到3200吨。

2015年8月，鹰厦铁路每周至少始发开行1趟前往欧洲的中欧国际货运班列。

2019年1月5日，鹰厦铁路南段三元区站、永安站、漳平站、漳州东站不再办理旅客运输业务。

1957年，鹰厦铁路年累计发送旅客28万人次。

1958年，鹰厦铁路年累计发送旅客198万人次。

1995年，鹰厦铁路年累计发送旅客1706.1万人次。

2016年，鹰厦铁路年累计发送旅客1390万人次。

1957年，鹰厦铁路年累计发送货物175万吨。

1958年，鹰厦铁路年累计发送货物232万吨。

1995年，鹰厦铁路年累计发送货物2469.2万吨。

鹰厦铁路南段沿江修建，地势险要，北段崇山峻岭坡陡弯急（最小半径250米，最大坡度超过千分之22），途径地区多山且雨频，因此时有泥石流爆发造成铁路中断事故；全线路基土石方6773万立方米，其中石方1824万立方米，最高每公里达67万立方米，最高填方达37.02米，最深挖方达41.05米。隧道47座（其中明洞1座），12671延长米，最长的大禾山隧道长1460米。桥梁159座9207延长米，其中大桥25座3836延长米，中桥59座3499延长米，小桥75座1872延长米。涵管1658座33512延长米。车站44个，其中编组站1个，区段站5个，中间站13个，会让站24个，乘降所1个。正线铺轨733.2千米，站线96.2千米。

厦门海堤（含集美—高崎和杏林—集美两条）2条海堤全长5035米，是鹰厦铁路最前方的一项艰巨工程，集高海堤早在鹰厦线动工之前于1954年1月由地方政府组织施工，1955年9月竣工，铁路上部建筑由铁道兵施工。杏集海堤于1955年10月由铁道兵鹰厦线工程局组织施工，1957年1月竣工。施工部队和民工在地方政府的大力支持下战胜海上狂风巨浪和国民党军用飞机的骚扰破坏，筑成两条计5千米长的路堤，跨集、高海峡把钢轨铺到厦门，1955年10月1日，朱德委员长为海堤亲笔题写“移山填海”四个大字。

大禾山隧道全长1460.2米，穿越地层为花岗岩，石质变化较多，节理稀密不一，岩石坚实系数F值在20以下，开挖时常遇到裂隙水，开挖进度每端日进1～2米，这个进度一直维持了两个月，在施工组织上做了调整，并建立专业导坑组，采取四班制作业，上部开挖改为底部引进，互相联系保证协同，加强出碴组织，新记录不断出现，开挖每端日进平均由1.66米提高到4.9米，创造了两端合计日进34.05米的记录，为提前118天打通隧道起了重要促进作用，大禾山隧道的开挖、通风、照明、运输等全部使用机械，共配有各种机械65台2960马力，全部机械运转72378小时，柴油消耗427吨，打炮眼总延长138888米，开凿石方60610立方米。隧道两端洞口都在沟谷中，北口路堑长107米，计有土石方12000多立方米，南口路堑长233米，计有土石方31000多立方米。

篁渡大桥位于鹰厦铁路漳州支线铁路，系钢筋混凝土梁、上承钣梁孔跨式样，全长393.38米，共13个桥孔，14个墩台，最高墩台17.66米。由1孔16米钢筋混凝土梁、9孔32米钢钣梁、3孔24米钢钣梁组成。桥上线路为直线；河床地质结构，上部为中砂层和沙夹卵石层，下部为花岗岩层、因受海水侵蚀成为风化花岗岩细压碎带、粒状带、球状块石带与块石带，并且层次摺叠，互相交错。该桥由铁二院于1956年9月提出施工图设计，洪水频率为100年，最高水位12.3米。同年12月2日开工，由铁道兵8541部队负责施工。施工过程中发现基底地质情况复杂，决定把3号墩钢钣桩围堰明挖施工及4号墩沉井施工改为气压沉箱施工。铁二院于1958年1月31日提出变更设计图。此时，铁道兵8541部队已于1957年初外调，工程移交铁道兵8503部队继续施工。1958年5月18日全部完工。随即进行架梁铺轨，至同年6月19日架梁完毕。篁渡大桥是跨越九龙江下游的一座大桥，上游河水急剧转弯，大桥郭坑端河岸陡峭，漳州端及其下游为浅滩，冲刷系数1.4，压缩孔径较大，主流通过第3、4两孔。洪水泛滥时，漳州端广阔地带被淹没，郭坑端1号、11号、12号墩采用明挖扩大混凝土基础，2号、3号墩为气压沉箱基础，4～10号墩为沉井钢筋混凝土基础。11号、12号及漳台用钣压桩围堰开挖扩大。为减少2号、3号墩的冲刷，1964年拆除1、2两孔的丁坝，增设郭坑端下游顺坝97米。1959～1960年郭坑端下游护坡、漳州端上游护坡、11号墩护基受冲刷塌方，1961年大修加固，漳州端桥下地面再用片石补砌防护。1960年洪水位达13.59米、1961年洪水位达13.99米，均超过百年洪水设计水位。1960年，发现4号墩前后轨道及桥面上游轨道偏移，经1960～1961年先后拨道3次达55毫米。4号墩在1961年洪水后一个月左右控测，受冲刷标高为-3.9米，较设计综合冲刷线标高-1.5米相差颇大，影响基底稳定。河床又多淤积，仅2号墩即抛了五份混凝土防护。1965年洪水位达10米时，4号墩冲刷标高为-1.9米，洪水后因线路在平面上多变而向上游拨道20毫米。1967年6月对4号5号墩抛填六角块体，改建漳州端护台。1976年抽水机房架设输电线路，1980至1982年桥面大修，1982年全桥防震加固，1985年漳州端桥头路基加固。

来舟大桥以直线跨越在富屯溪上，系上钣梁钢筋混凝土孔跨式样，全长344.6米，桥孔总长300.6米，桥孔13个，墩台14个，最高墩台26米，通航跨度32米，历史上最高洪水位1976年96.16米。大桥由1孔16米钢筋混凝土梁、10孔24米钢钣梁、2孔32米钢钣梁组成；该工程由原中华人民共和国铁道部设计总局中南分局担任勘测设计任务，按永久式设计，钢梁及钢筋混凝土梁的活载等级采用中-22级，按100年一遇的流量设计。由铁道兵8510部队于1955年10月至1956年5月施工建成；来舟大桥建成后，富屯溪主流通过2、3桥孔，竣工验收时发现2号3号墩高低墩上有裂纹，经长期观察未发现变化。鹰台上游靠路堑，厦台12号墩基础埋入锥体护坡。1961年厦台护坡严重陷裂纹，当年整治。1961年、1962年洪水期间均有竹木排挂墩。1968年6月19日，木排140立方米挂9号墩，后采用氧气切割解除。1971年、1972年对2号、3号墩基进行钢筋混凝土加固，发现2号墩基为极度风化花岗岩，1974年大修第2、5、11、12、13等5孔钢梁两端2.25米范围处，加厚10毫米盖板共20块，更换上盖板铆钉等等；1974年用浆砌片石加固鹰端护岸；1976年加固第4～7号墩；1978年用钢筋混凝土加固第8至11号墩基，并更换全桥钢筋混凝土人行道板；1988年起由向塘桥隧大修段进行钢梁大修、更换上盖板等工程。

厦门市健康步道跨鹰厦铁路转体桥由中铁六局北京公司承建的该工程，是厦门健康步道中的一段，跨越鹰厦双线电气化铁路，是整个厦门健康步道重要的生态节点；中国东南沿海这一重要铁路干线，行车密度大，平均每15分钟就有一趟列车通过。桥梁距电气化接触网仅有5.5米，距轨面14米，安全风险极高。为减小对既有铁路线路的影响，不中断交通运营，经多方比选，工程采用“先建后转、墩底转体”方式转体施工。

2023年9月13日，入选第三批中国工业遗产保护名录。

2019年1月，福建省发改委价格新闻网显示鹰厦铁路华安城区段外移工程可行性研究报告获中国铁路总公司与福建省人民政府获批。

鹰厦铁路通车结束了福建省没有铁路的历史。鹰厦铁路从浙赣铁路上的江西省鹰潭站起，经赣东原野，穿过闽赣边境的武夷山分水岭和福建中部的戴云山分水岭，跨过富屯溪、沙溪、九龙江和厦门海峡到厦门岛。（央视网 评）