鹿港天后宫在嘉庆年间称为“圣母宫”，乾隆52年（1787）大学士福康安于鹿港港墘兴建妈祖庙，此庙为乾隆皇帝所敕建的天后宫，是清朝官方所祭祀的庙宇。为分辨这二座妈祖庙宇，鹿港圣母宫被鹿港人称为“旧祖宫”，官建妈祖庙则称为“新祖宫”。

嘉庆19年（1814）旧祖宫庙宇倾颓，屋椽墙垣剥落，泉、厦等八郊及地方士绅、船户铺户相继响应，捐资准备重修。旧祖宫自嘉庆19年季秋（农历9月）开工，嘉庆20年（1815）季春（农历3月）完工，历经七月余完成旧祖宫的重修，重修后旧祖宫的庙貌耳目一新，圣像奕奕，神光焕彩。

嘉庆21年地方士绅将此次重修的始末，镌刻“重修鹿溪圣母宫碑记”，此块碑文记录有鹿港八郊的名称，分别为泉郊、厦郊、南郊、油郊、布郊、染郊、糖郊、郊郊（什货商），是目前文献上出现八郊名称最早的史料。

同治8年（1869）庙貌又现倾颓，墙垣剥落，鹿港同知孙寿铭及举人蔡德芳召集郊商士民倡议，准备重新修护鹿港旧祖宫，重修工程于同治9年（1870）孟春（农历1月）开始，为扩大庙宇的格局，将庙地往北移八尺（240公分），庙宇面宽增加三尺（90公分），庙门依旧向西面对着海洋。

此次的重修将旧庙全部拆除重建，工程历经4年余，同治13年（1874）孟冬（农历10月）完成天后宫的重修。由于此次的重修，庙貌焕然一新，当时邀请泉州“西来园”运来匠师雕刻妈祖圣像、千里眼与顺风耳供奉于庙中。

昭和元年（1926）11月10日由当时天后宫管理人郭振英等20余名人员，联名向台中州申请“鹿港天后宫改筑募款许可”，昭和2年（1927）6月7日天后宫获得重修许可。

天后宫自昭和2年开始重修，历时10年，至昭和11年完成全部工程。此次的重修，基本上已将正殿及三川殿全部拆除重建，惟后殿并未重修，仍为供奉玉皇大帝的凌霄宝殿。

1959年妈祖诞辰一千周年，鹿港信士捐资重建后殿，至1961年完成神明的安座。1985年经指定为国家第三级古迹，1992年成立妈祖文物馆，展示妈祖文物、凤辇与湄洲祖庙赠予鹿港天后宫的相关文物。

鹿港天后宫于雍正三年（1725年）由施世榜献地迁建，历经嘉庆二十年（1815年）、同治十三年（1874年）、1936年的重修，始有今日的建筑规模。目前天后宫保存二张日据时期所拍摄的照片，为同治十三年重修时，鹿港天后宫的庙貌。当时天后宫的建筑规模为三进二院的格局，分别为三川殿、正殿及后殿。三川殿采三开间建筑，两旁有八字墙，八字墙为大正四年，由鹿港土水师“圆仔炎师”（蔡添炎）所施做。

1922年鹿港士绅施性瑟率领天后宫人员至湄洲祖庙进香谒祖，进香团由基隆港出发，当时施性瑟聘请摄影师随同进香团至湄洲祖庙，为天后宫留下数张珍贵的照片。此次进香回銮后，地方人士遂倡议重修鹿港天后宫。当时鹿港天后宫管理人泉合利王君年，召集鹿港街内三十位保正（相当于今日的里长）开会，讨论天后宫重修事宜，并邀请鹿港籍士绅辜显荣担任天后宫重修总理，准备鸠工庀材，重修庙宇。然而，重修天后宫的发起人王君年，却于同年十月二十九日往生，以致重修庙宇事务因而暂停。

1926年十一月十日，由当时天后宫管理人郭振英等二十一名人员，联名向台中州申请“鹿港天后宫改筑寄附募款许可”，1927年六月七日由当时台中州知事三浦碌郎颁布“中警保第九二五八号附改筑经费许可证”，申请时除了列明改筑预算三万元外，并附上改筑的图面，有正殿平面图、正面图、阶面图及侧面图，天后宫始获得许可改筑。

鹿港天后宫获得改筑许可后，地方士绅成立“鹿港天后宫改筑总代”，由辜显荣、陈懐澄、陈培尧、郭振英、黄礼永、蔡敦波、王舜年、黄则骞等96位人士组成。此次的改筑经费先由辜显荣出资三万元、泉合利出资三千元及各界捐资重修。天后宫由正殿开始重修，正殿神像暂时移至三川殿供奉，时值鹿港龙山寺于1927年重塑观音神像，并供奉于护龙，故鹿港有一句俚谚：“龙山寺观音妈企护龙，妈祖企拜亭”（闽南语）的源由。

鹿港天后宫于1927年正式动工重修，当时是由正殿开始施做，天后宫准备重修时，鹿港地方人士认为应由本地（鹿港）匠师来主持天后宫的重修，因而采取比篙尺的方式，由鹿港人吃菜临（施临）、神通仔（黄神通）、水龙师（施水龙）、砖仔头（梁金砖）等四位比篙尺。天后宫重修总理辜显荣遂请益顺师（王益顺）来评比，由于鹿港籍人士均未有大型庙宇工程的经验，且益顺师认为所设计的尺寸太过花俏，不足以担任此重修之责，经评比的结果，均未采用鹿港匠师的设计。

辜显荣与地方人士遂决定，邀请当时正在兴建彰化南瑶宫的大木匠海同师（吴海同）到鹿港天后宫施做，并由其子木成师（吴木成）实际执篙。鹿港天后宫正殿终于开始施工，行政事务则由黄清俊负责，海同师及木成师施做正殿时，并未将正殿拆除，而是先行备料。当时石雕匠师在庙右空地处施做，花材雕刻则在后殿右侧施做。木成师在正殿备料未组合时，昭和五年（1930年）又遇上世界经济萧条，天后宫的重修工程因经费拮据而停工，海同师也因此退出天后宫的重修工程。天后宫的重修工程在停工二至三年后，正殿的重修经费由大和行（辜显荣家族）负责，工程由鹿港蔡天恩统筹，并聘请益顺师的侄子树发师（王树发）来鹿港主导工程的进行。

正殿完成后，昭和八年（1933年）三川殿才开始着手重修工程，同年，天后宫管理人郭振英往生，此时天后宫管理人由黄则秋接任，并由庆昌陈培尧负责工程的执行。三川殿大木工程由树发师施做，当时大木工程工资约一千余元，木雕工程工资约一千余元（当时匠师一日的工资约六角至一元二角），而正殿的神龛木雕亦由树发师所承包，并交由泉州木雕师傅连吉师（黄连吉）负责施做。昭和十一年（1936年）在王树发的执篙下，完成天后宫的重修。

重修后的天后宫，基本上已将正殿及三川殿全部拆除重建，惟后殿并未重修，后殿仍为供奉玉皇大帝的凌霄宝殿。此次的重修，由于庙宇的地基不够高，乃挖取菜市头六百零七号土地（今香客大楼）的土方，以垫高庙宇的地基。日后将水池填平，日据时期成为渔业组合办公室及国语（日语）讲习所；光复后改为盐场办公室，70、80年代改为停车场，1993年兴建香客大楼。

彰化鹿港天后宫为纪念妈祖飞升1027年，收集近几年来信众敬献的金牌，请来金雕大师郑应谐以1比1比例，手工打造有92年历史的湄洲妈祖祖庙木制宝玺，总重达76两2钱4分2厘，高13公分、长宽各约10.2公分，市价近500万元，宝玺以篆书刻印「湄洲祖庙、天上圣母、护国庇民、灵宝之印」等字。

有92年历史的湄洲祖庙木制宝玺，虽然放置在保险库内，但仍因年代久远，逐渐出现变形、斑剥情形，因世上仅此一颗，庙方苦思要永久保存，所以将信徒敬献的部分金牌拿来打造金宝玺，因金牌纯度不一，因此重新融化、提炼成9999纯金，再请金雕大师郑应谐，耗费6个月时间，打造这个1比1比例黄金宝玺，未来将用在重大事件，庇佑众生之用，也可永久保存，成为天后宫另一项重要文物。

1922年鹿港天后宫回湄洲天后宫祖庙谒祖，是日军侵台前的最后一次，直到台湾解严后，天后宫才得以再回到祖庙，当时，湄洲祖庙赠送木制宝玺、大符、进香旗等3件文物，目前除宝玺存放在保险库，大符与进香旗都在天后宫文物馆展出中，黄金宝玺也将在未来重要节庆中展出，若遇重大事件，也将使用金宝玺庇佑众生。

鹿港天后宫创建于民前三百二十一年，系台湾唯一奉祀湄洲祖庙开基圣母神像的庙宇，由本宫封灵分香出祖的大庙宇有北港朝天宫、麦寮拱范宫、朴子配天宫、彰化天后宫、大肚永和宫、土库顺天宫、台西安海宫、埔里恒吉宫、枋桥头天门宫、北斗奠安宫、溪洲后天宫、新店后仪宫、基隆后天宫、中仑慈贤宫、澳大利亚墨尔本、美国科罗拉多州、日本长崎平户市妈祖文物保存会等共达二千余座，信徒遍布于台湾各个角落，终年香客络绎不绝，每逢农历一月至三月间的进香旺季，更是人潮汹涌，水泄不通。

本宫湄洲妈祖不但神灵显赫，香火鼎盛，更因庙宇年代久远规模宏伟而闻名遐迩 庙中陈列的珍贵史料及宗教文物，更是令中外人士叹为观止。如前清皇帝的御笔匾额，文武官员的献匾，古代碑记及本宫昔日往湄洲祖庙谒祖照片和祖庙赠与本宫的大灵符《圣母宝玺》均是台湾绝无仅有之文物。

妈祖姓林，据记载妈祖诞生于北宋太祖建隆元年（公元960年）三月二十三日，卒于北宋雍熙四年（公元987年）九月九日，享年二十八岁。

妈祖的父亲为林愿，担任福建都巡检，母亲为王氏。妈祖出生前家中已有一男五女共六位孩子，但其父因为唯一的儿子体弱多病，因此天天焚香祝祷、修德好施，希望能够再求得一子，确保林家宗嗣绵延。结果王氏晚上梦到观音大士过来说因为林家平时乐善好施，上天决定给予保佑，随后给王氏一颗药丸吃下。没多久王氏就怀孕了。

宋建隆元年(公元960年)岁次庚申三月二十三日傍晚，忽有一道红光晶莹夺目，从西北方射入王氏房内，异香氤氲不散，王氏阵痛后产下一个女婴，虽然林愿夫妇相当失望，但由于初生时显有祥瑞征兆必非等闲之女，也就特别疼爱，因为出生至弥月间都不曾哭啼，便给她取名林默，亦是当今民间所崇奉的妈祖。

妈祖幼年时就很聪明伶俐，八岁便到私塾读书，不但能过目成诵，并且精通文义，十岁就经常焚香礼佛，朝夕诵经未曾懈怠。还特别孝顺父母 、敬爱兄姐，乡里和睦，人人赞赏。

十三岁那年有位老道士名玄通，一身褴褛到林家化缘，妈祖未觉讨厌，还诚心恭邀入室，敬献香茗且乐于施，此后老道士经常到林家化缘，妈祖均能诚恳接待，更加施舍财物。老道士深为感动，传授「玄微秘法」供日后去救渡世人。

十六岁时，某日，妈祖结伴在庭院古井旁游戏，忽然井中出现一狰狞神人，手执铜符冉冉升上，同伴观之大惊一哄而散，妈祖却十分镇定跪下膜拜，神人将手中铜符交予妈祖，即飘入云中而去，妈祖得此铜符，更加潜心精研，学得一身法术，灵通万变，经常热心助人，为乡里驱邪救危，深受人人爱戴。

宋太宗雍四年(公元987年)妈祖已二十八岁，农历九月九日，那天妈祖特别早起梳洗换装，涂指抹粉，盛装打扮似仙女一般美丽，步出闺房，低头轻语向几个姐姐告别说：「今日乃重阳佳节，我欲登高远游以畅素怀。万望诸姐，孝敬双亲，共享天伦之乐」。并依依不舍拜别双亲而去。九九重阳秋高气爽，湄洲山上金菊盛开，海风轻拂潮音盈耳。妈祖缓步登上湄峰，站在一处摩崖巨石上，举目观澜，碧海连天，风平浪静，渔帆点点。回顾湾内，水中有山，山外有海，山海奇观，晶莹夺目,景致优美,令人陶醉。这时从天空飘来一朵巨大彩云，传来阵阵轻妙鼓乐笛声，顷刻湄峰香雾缭绕，妈祖端立彩云上，冉冉升空，此时岛上渔民百姓望见万里晴空有片艳丽缤纷彩云腾空而上，又隐约闻见悦耳的丝管仙乐之声，云中许多金童玉女，握旌旗，顶彩伞，若隐若现簇拥着妈祖升天了。

日后，湄洲岛上时常香雾弥漫，曾有多人看到妈祖身着朱衣，飞翔海上，神灵屡显，救助遇难渔民无数，感其泽佑美德，在湄屿山上建祠供奉，尊称她为「通贤灵女」并在湄峰摩崖刻上「升天古迹」四大字，士人相率祀之。