早先，鹿特丹动物园因为在第二次世界大战的鹿特丹大轰炸中被彻底炸毁，就如同当时鹿特丹市中心的大部分建筑一样。只有一些街道的名字，如动物巷（Zoolane，荷兰语：Diergaardesingel），仍然在诉说着老动物园的曾经。

鹿特丹动物园在城市的北面进行了重建，并于1940年12月7日正式向公众开放。新动物园由荷兰建筑师赛博德·范·拉夫斯滕（Sybold van Ravesteyn）设计，他同时也是鹿特丹中央火车站的设计者。2001年，鹿特丹动物园的面积扩增到了原来的两倍那么大，并在城市西面开放了一个新的园址，主要景点是海洋馆。2004年4月，整个动物园被列为荷兰国家历史文物。

这座动物园背后的故事其实是很多的，除了之前提到的一些关于动物园的历史外，动物园的名字也是一个不错的故事。在荷兰语中，Blijdorp中的“blij”是“高兴”的意思，而“dorp”是“小镇”的意思，所以鹿特丹动物园的真实名字其实是“高兴的小镇”。