1956年1月14日，中国科学院古脊椎动物研究所野外调查队在洞内发现了一具残破的人类头骨，一件粗制的石器和二件人工打制的石片，1959年3月的《古脊椎动物与古人类》刊物上，发表了中国著名古人类学家贾兰坡、吴汝康的论文《广西来宾麒麟山人类头骨化石》，作者于文中认为，麒麟山人化石为一个男性老年个体，属于新人类型，遗址为旧石器时代晚期。麒麟山人无明显的原始性质，是距今3.6万年前旧石器时代晚期的古人类，这表明在旧石器时代晚期，兴宾区已有远古人类居住、活动，并繁衍生息，这就是壮族的先祖。到了新石器时代，远古人类在兴宾区的居住与活动范围就更为广阔，几乎遍及区境的东、西、南、北、中。

麒麟山人遗址于1958年和1963年2月曾两次被公布为广西壮族自治区文物保护单位。1983年4月5日又被公布为来宾文物保护单位。其保护范围为整座麒麟山，严禁在洞内取岩泥及破坏钟乳石和石笋。