《纽约时报》2006年报道，斯坦利·麦克里斯特尔领导联合特种作战司令部期间，为这一司令部工作的美军犯有多种“虐囚”行为，包括用枪托击打囚徒、使用水刑以及在彩弹射击游戏中使用囚徒作为目标靶。其中，大多数“虐囚”事件发生在伊拉克首都巴格达机场附近美军“纳马营”基地，特种作战部队在那里设有一处审讯和拘押中心。

民间组织“人权观察”2006年报告中，一化名为“杰夫”的美军审讯者说，他曾看见麦克里斯特尔“数次”访问“纳马营”基地中心。而且，“来自麦克里斯特尔将军和五角大楼的直接命令”不允许红十字国际委员会人员视察这一中心。美国公民自由联盟也说，驻伊美军特种作战部队存在“虐囚”行为。

2009年5月11日，美国国防部长罗伯特·盖茨在华盛顿五角大楼的新闻发布会上宣布，他已要求驻阿富汗美军指挥官麦基尔南上将辞职，并推荐前美国联合特种作战司令部司令麦克里斯特尔中将接任。6月2日，美国参议院军事委员会就陆军中将麦克里斯特尔出任驻阿富汗美军最高指挥官举行听证会。但一些人权组织说，麦克利斯特尔在听证会上应当面对涉嫌伊拉克“虐囚”的询问。