麦祖荫少年时在东莞中学读书，1935年12月16日，东莞中学为响应北平“一二·九”爱国学生运动，学生会发动全校学生400多人停课，上街游行示威，并成立抗日学生救国会，推选王寿祺（王鲁明）为主席，王炎、麦祖荫、邓崇楷、黄庄平也被选为负责人。此后，东莞抗日救亡运动不断向前发展。

1936年7月，王寿祺、麦祖荫等十多位同学，在莞中组织一个秘密的读书会，叫“众生研究社”，他们经常在榜眼坊邓崇楷的家里组织活动。12月底，有个会员在学校贴了一张拥护张学良发动“西安事变”的小字报，被军训教官发现。校方乘机向抗日学生开刀，抓走王寿棋，传讯麦祖荫，叫他以家庭开的“泰和”商号作担保，并要随传随到，才获释放。到学期终，学校给他们以丁等操行，饬令退学。他离校后得到在北平读书的莞中同学陈承昌（陈越平）帮助，于1937年初到了北平，投身北平的学生抗日救亡运动，并参加了中国共产党。后又奔赴延安读抗日军政大学，继而入中央党校学习。学毕回广东后，麦祖荫一直坚持在粤东地区搞地下工作，历任惠州、博罗、紫金、龙川等中共县委组织部长、书记等职。