2015年7月6日，因涉嫌于2014年6月11日在中联办外抗议涉嫌阻碍办公而遭警方检控。黄之锋获警方致电，表示将会就涉嫌阻碍警方执行职务向他们作出拘捕。

2016年7月21日，黄之锋、罗冠聪及前“学联”秘书长周永康3人，因涉非法“占中”前夕煽动及率众冲进政府总部广场，分获“参与非法集会”和“煽惑他人参与非法集会”等罪。

2017年8月17日，香港高等法院对黄之锋等非法“占中”主要参与者作出判决，改判黄之锋监禁6个月。

2017年11月7日，香港终审法庭批准黄之锋、罗冠聪与周永康就“冲击政总”案上诉。

2018年2月6日，黄之锋就闯入政府总部东翼前地案被改判监后提出上诉，终审法院裁定3人上诉成功，维持原审判决。

交流遣返

2015年5月26日，黄之锋应马来西亚民运人士的邀请赴马来西亚交流抵达槟城机场即被遣返。

2019年8月，黄之锋、罗冠聪等人被曝与美国驻港人员密会，在被追问下承认。8月6日，罗冠聪等与美国驻港领事交流，内容包括企图制裁香港的《香港人权民主法案》、要美方不向香港警察出口装备等。

2019年8月30日约7时30分，“香港众志”在社交网站发文称，秘书长黄之锋前往港铁海怡半岛站途中，于街道被带上车，被押往湾仔警署总部，据闻共以3项罪名拘捕。

2020年7月6日，黄之锋否认煽惑他人参加未经批准集结，以及参加未经批准集结两项控罪。黄之锋将于8月5日在西九龙裁判法院受审，以及进行判刑。

2020年9月24日下午，黄之锋到香港中区警署报到时被拘捕，指他2019年10月5日涉嫌参与未经批准集结。

2020年11月22日，黄之锋发文称，他与另外两人在检视控方证供并征询律师意见后，决定承认所有控罪，因此23日的法庭聆讯将跳过审讯阶段，不会传召证人和争议案情，直接进入结案陈词。

2020年11月23日上午，香港西九龙裁判法院开庭审理乱港分子黄之锋、林朗彦、周庭三人相关案件。他们涉嫌于2019年6月21日鼓动包围警察总部，分别被控煽惑他人明知而参与未经批准的集结、组织未经批准的集结及明知而参与未经批准的集结罪。控方表示就黄之锋被控的明知而参与未经批准集结罪，不提证供起诉，黄之锋承认其他2项控罪。案件将押后至12月2日下午宣判。

2020年12月2日下午，据海外网报道：香港西九龙裁判法院就黄之锋等涉非法集结案宣判，黄之锋被判刑13.5个月。

2021年1月8日，香港警方向新华社记者确认，警务处国家安全处7日拘捕了因其他案件正在服刑及还押的黄之锋、谭得志，他们涉嫌违反香港国安法有关“颠覆国家政权罪”。

2021年3月2日凌晨4时左右，黄之锋因涉嫌“串谋颠覆国家政权罪”被押入荔枝角收押所。

2021年4月13日，法官判决黄之锋入狱4个月。

2021年5月6日，乱港分子黄之锋、岑敖晖等四人承认2020年一起非法集结控罪，黄之锋被判囚10个月，跟正服刑刑期分期执行。

2021年6月11日，黎智英等20人所涉的2020年发生于铜锣湾维多利亚公园的一宗非法集结案，在香港特区西九龙裁判法院再次开庭审理。20名被告中，黄之锋等13名被告被控一项“明知而参与未经批准集结罪”。

海外网2022年3月29日消息，据香港文汇网报道，乱港分子、前“香港众志”秘书长黄之锋已于2022年3月初结束非法集结案服刑，并转到赤柱监狱还押，等候非法初选案审讯。

2022年8月18日，黄之锋承认“串谋颠覆国家政权罪”，将交付香港高等法院判刑。9月5日，据香港高等法院消息，香港非法“初选”活动涉嫌违反香港国安法一案在高等法院进行案件管理聆讯。其中5名被告黄之锋等认罪，他们被控串谋颠覆国家政权罪。

2022年11月24日，据香港大公文汇全媒体报道，乱港分子黄之锋被指于2020年在网上发文，公开2019年11月于香港西湾河向示威者开枪的警员及其家人姓名、资料及行踪等，涉嫌违反匿名令及法庭起底禁制令。香港特区律政司就黄之锋行为与另外3名作出近似行为的人士，向香港高等法院原讼庭申请交付程序，控告4人藐视法庭。法官24日表示，4人面对的指控属严重，批准进行交付程序。

2020年8月，黄之锋因公开西湾河开枪警员及其家人个人资料，涉嫌违反法庭禁制令及匿名令，被控藐视法庭罪，于2023年4月17日，被判处入狱3个月。

2023年5月25日，黄之锋藐视法庭案法官高浩文在香港高等法院公布书面判词，提到黄之锋属于公众人物，具有重大影响力，本案属警察起底案中最严重之列，因此判刑3个月，另须付5万港元讼费。

2024年11月19日，认罪的黄之锋将于西九龙法院判刑。