正德四年（1509年）三月，广州知府曹琚，在郡学诸生中择其优秀俊逸之才予以奖励，以黄佐为先，黄佐毅然拒绝了奖赏。

正德五年（1510年），黄佐于广州贡院参加乡试，中乡试解元，将中试所得百金交给父黄畿作为家费。由于时间仓促，黄佐来不及北上参加次年会试。

正德八年（1513年）七月，黄佐北上京师参与会试，其父黄畿陪同前往。十月四日（10月31日），黄畿途经江苏仪真”染病卒。黄佐哀痛欲绝，护送父黄畿灵柩折返广州。

正德十二年（1517年），黄佐再次北上京师赴会试，到京后染病，未能完成会试，同乡大学士梁储慰留。不久后，黄佐归家，焚其路引，有罢考的想法，后经母亲陈氏的督促劝解，才重新振作。

正德十四年（1519年），经母亲陈氏几番督劝，黄佐再次北上京师赴朝廷会试。

正德十五年（1520年），黄佐到达京师，按例因失去路引不能参加会试。礼部尚书毛澄、侍郎王瓒知道此事后，以特例允许黄佐参加考试。会试主考检讨官张衍庆看到黄佐文章后，将其置于榜首，大学士石珤认为其文专抑，而置第十八。是时武宗因为宁王朱宸濠兵变叛乱而南巡，来不及回到京师举行廷试。在此期间，黄佐在庆寿寺观阅众多佛书，明悟佛教所谓的“明得心源”之说的道理。

正德十六年（1521年）五月，廷试举行。大学士蒋冕观阅黄佐的《廷试策》后，将他名列榜首。大学士杨廷和则认为黄佐的文章切直，移置二甲十一名。黄佐后又参加了庶吉士考试，并且五试成绩皆名列第一，正式选为庶吉士。时乾清宫修筑完成，大学士蒋冕以其命题作赋，黄佐作《乾清宫赋》作答。

嘉靖元年（1522年），授翰林院编修一职。在翰林任职期间，黄佐与翰林院待诏文征明定交，与舒芬讨论经学。十月，黄佐面见内阁首辅杨廷和，应对自如。黄佐又拟上《新政要务疏》国《修举新政疏》，两份奏疏皆被扣留宫中，不能实行。同朝中惟有刑部尚书林俊认可黄佐的奏议，两人遂成忘年交。

嘉靖二年正月一日（1523年1月17日），黄佐于殿前值班，鸿胪寺官员引夷使面圣，世宗下令赐夷使酒饭。黄佐认为有必要改进接待夷使的礼仪，于是奏《考证朝仪以正夷礼疏》。后来到了五月，传闻浙江发生“宋素卿通倭”一事，时人认为这是黄佐的先见之明。不久，“大礼议”再起，黄佐曾因为赞同尚书毛澄追尊世宗生父兴献王为皇叔一事，被异议者认为与之为党，黄佐便以归家侍奉母亲为由求归，未能允许。因朝廷袭封朱彦滨为“南渭安和王”的缘故，黄佐奉命作为岷府册封副使前行。

嘉靖三年三月八日（1524年4月11日），册封一事完毕，黄佐辞谢，将宴币和银食器等物一一归还。十四日（4月17日），黄佐抵达道州祁阳，染病疾。十月，黄佐返家，拜见母亲陈氏，上《出使陈情疏》，得不到批准。不久，朝廷下旨，命其回朝复命。是时，母陈氏为佐娉侧室林氏，让黄佐带其妻子李氏一起回京师。抵达京师后，礼部尚书席书以及诸多在“大礼议”赞同世宗的大臣开始得到起用，想把黄佐引为助力，派人联络黄佐，黄佐坚决拒绝。后大学士杨一清被召还回京，首先找黄佐咨询答问，黄佐旁征博引，据理回答。杨一清又馈赠黄佐文集，欲引以为用，佐仍然辞谢，后黄佐与杨一清互有通信，后有《上杨石淙书》存世。

嘉靖五年（1526年）三月，黄佐上《给假省亲疏》，乞求给假回家省亲，不得允。八月，黄佐再上《给假省亲疏》第二疏。九月二日（10月7日），黄佐再上《给假省亲疏》第三疏。八日（10月13日），再上《给假省亲疏》第四疏，其请获允。是年冬，世宗率群臣于京师郊外进行祭祀，黄佐斋居大兴隆庙赋诗一首，同时上《郊祀礼成广恩疏》，为“大礼议”中受牵连的诸人求情，希望蒋冕、毛纪、汪俊、杨慎等人得到赦免。十月，世宗赐给黄佐道里费，允许其归家。黄佐途径潞河时，大河结冰，不能通行，返回张家湾，于萧中书家客居。时文征明致仕告归，遇潞河冻，与黄佐客居张家湾。

嘉靖六年（1527年）五月，黄佐抵达广州。七月，黄佐以归程期限急迫，上《省亲养病疏》乞请在家养病。冬广州巡按御史苏檄、郡守范禄请求黄佐修纂《广州府志》，时王守仁带兵平广西乱，以左都御史兼巡抚总督两广，王守仁亲手写下其先王纲客死于增城一事，遂采入《广州府志》，后定为七十卷刊刻。

嘉靖七年（1528年）年初，黄佐于广州越井冈修复粵洲草堂，筑世祐祠，于世祐祠前建黄氏家庙、宝书楼，祖父双槐公黄瑜塋墓前筑恩光亭，建勅命碑，并刻墓表。

是时翰林院官分为二等，一是留用京师，二是外放任职。黄佐刚开始时已定为留用，后来遭到他人诽谤谗害，于是被下放到江西任按察司佥事。时王守仁平八寨，驻军广州开讲，王守仁写信召黄佐相见，黄佐以《答王阳明书》“回复，后两人相会，就“致良知”、“知行合一”等问题继续讨论。六月，黄佐接到任命后赴任。黄佐到达至江西境内，上奏疏以患病、侍养母亲为由致仕，疏未上报，朝廷又让黄佐改任督广西学校官。身边人提醒：“君上的命令屡次下达，若是再辞不就，恐怕你母亲生忧。”于是，黄佐接受任命，赴苍梧县，拜谒巡抚总督，过去的人拜谒巡抚要行跪礼，惟独黄佐长揖而出。岁暮，黄佐抵达桂林。是年黄佐督学广西，到全州拜访蒋冕，二人相见甚欢，于蒋冕书斋“湘皋书屋”宴饮。

嘉靖九年（1530年）六月，黄佐上《患病不职乞休侍养疏》第一疏，乞求致仕。八月，黄佐收到家书，得知母亲染病，即日便上《患病不职乞休侍养疏》第二疏致仕弃官，不久后归家。朝中御史弹劾黄佐擅离职守，召巡抚林富询问，林富为之求情。嘉靖帝知晓黄佐的才华，宽恕了黄佐，赐令黄佐致仕归家，奉养母亲。

嘉靖十年（1531年），黄佐于粤洲草堂居住，同时在此地授徒讲学。二月，陶谐、董进第、吕柟推荐黄佐再次入朝为官，被大礼议中的“议礼派”阻止。

嘉靖十一年（1532年），海贼许折桂寇掠至琵琶洲，黄佐便想出策略授以守城军官，策成，贼请降。广州城中有夷达官舍，自永乐年间便安置其中，供给费用愈来愈多，军中断其储供，武臣议论裁革，夷众大噪，杀白马为誓，报仇主张裁革者。黄佐听闻此变，立马向院使建议复其旧，夷乱才平。又有杨指挥者与三学生发生争执，歃血教场，黄佐建言于镇守，遂平复其旧，夷乱才平。

嘉靖十四年（1535年），同年朝廷诏旨于广州买香，海舶不至，追责会城居民落籍为香户，时人多逃匿。张鏊有感于此会成为祸乱，率领众人向黄佐请教，黄佐便草定条约，城中百姓见之感到满意，亦愿供香。有个别在买香事件中得利的党羽对黄佐制定的条约感到不满，屡次破坏。后来盗贼日益渐起，省城也有叛卒之变。

嘉靖十五年（1536年）闰十二月，起用黄佐的呼声越来越大，世宗于幸平台召集大学士夏言、顾鼎臣等人问询意见，后经大臣商议，同意起用黄佐，于是世宗下令让黄佐在家中担任翰林院编修左春坊左司谏一职。

嘉靖十九年（1540年）二月，黄佐抵达京师就职，作《九经政要箴》，强调“训蒙”重要性，并建议在京师大兴隆寺建立“射圃”，培养人才，世宗复允。三月八日（4月14日），世宗命黄佐兼任经筵讲官。冬，黄佐进侍讲，掌南京院事。

嘉靖二十二年（1543年）三月，黄佐上《给假送母还乡疏》乞假，以便送母陈氏还乡，疏不得报，世宗召为右谕德，召还京。九月，黄佐到达京师，不久，升为南京国子监祭酒，回金陵就职。黄佐在任职期间颁布五伦条约，禁止超拨之法，以正留都南京学风，并与赵恒、王制等人合力而辑《南雍志》。

嘉靖二十三年（1544年）四月，母陈氏染病思归，黄佐见而大恐。六月，黄佐因母病上《乞恩休致以便侍养事》乞休，不及上报。七月四日（7月23日），母陈氏病卒于南京，黄佐哀恸欲绝，回乡守孝。

嘉靖二十六年正月一日（1547年1月22日），朝廷下诏，任黄佐为少詹事兼翰林院侍读学士。黄佐抵达京师，入西苑见辅臣夏言，因与之谈河套事不合，夏言对其不满。时吏部右侍郎职位空缺，有司推荐礼部右侍郎崔桐或黄佐担任此职务。给事中徐霈、御史艾桢诬陷黄佐，导致错失补缺的机会，黄佐因此决意致仕归粤。

嘉靖二十七年（1548年），黄佐返回故里，在泰泉书院教授诸生。

嘉靖三十六年（1557年），黄佐染病，很少与宾客会面，便居家仔细订正其前后著作。

嘉靖四十五年（1566年），黄佐患病。七月，黄佐病渐加重，召门人林乔、陈冕、黎民表、黎襄等人主嘱咐后事。二十六日（8月11日），病逝，终年七十七岁，赠礼部右侍郎，谥文裕。

黄佐在桂林任督广西学校官时，于桂林修建湘山书院培育人才，发明理一分殊之旨，辑集《理学本源》诸书颁行。又出令严格要求士人学业、禁毁淫邪，推行武学射礼，鼓励节孝，设立乡社，从当地土著中选择优秀的人入学，以《小学古训》约束，安抚瑶黎，以儒家礼仪道德思想教化百姓，广西地方风气为之改变。

黄佐在地方文献方面贡献尤为卓著，正德年间撰成《广州人物传》24卷，分门别类记载广东历代先贤近200人。嘉靖六年（1527年）纂成《广州市府志》，共70卷50余万字。此书有作有述，记秦至元史事，皆采录史书；明洪武至嘉靖史事，则据所见所闻。嘉靖三十七年（1558）主纂《广东通志》，历时三载，成书70卷。此书体例严谨，文字简雅，资料充实。还有《罗浮山志》、《志雍志》24卷、《广西通志》60卷、《香山县志》8卷。

明代童蒙教育主要是由社学来承担的，黄佐对社学教育非常重视，他认为童蒙阶段的教育将影响到整个人的一生。因此，从社学的建设规划到老师的遴选以及教材编撰等，黄佐都投人了相当大的精力，为蒙学教育的发展作出了巨大贡献。

首先，黄佐设立社学，用法律手段约束儿童必须入学接受教育；其次，黄佐对授课教师选拔非常慎重，对教读有特别要求，当然也给予教师足够的尊重；最后，黄佐亲自编写教材。

黄佐一生不仅重视童蒙教育，其蒙学教育思想也极具特色，概括起来黄佐的蒙学教育思想主要包括以下三方面的内容：一是注重培养童蒙的道德修养；二是将“礼”贯穿于蒙学教育之中；三是根据儿童的身心特点来施教。这些思想对于现代的儿童教育起了重大的借鉴作用。

黄佐充分认识到了礼的重要性，特别强调礼的作用，他认为礼有正人心、调节社会的作用，因此倡导人的言行要以礼为本。黄佐作为一代儒学大师，怀揣经世济民的理想，以教化乡民为己任，回应国家倡导，顺应时代需求，看重礼正人心的作用，并致力于在乡民中推行礼仪制度。黄佐主张礼下庶人，这与 《礼记·曲礼》中说的 “礼不下庶人，刑不上大夫”，是不一致的。黄佐认为礼应该尽可能适应时代的变化，适应民间习以为常的习惯，礼只有 “因俗”，才能便于民间的遵循，并最终达到将礼推广到民众的目的。黄佐主张对礼仪培养应该从儿童抓起，因为儿童的心智未开化，容易塑造，用正确的礼教引导孩童，有助于儿童素养的形成，也有助于整个社会道德的提升，因此，黄佐特别重视对儿童礼教的培养。黄佐的礼学思想对当今和谐社会的构建以及国民素质的提升等方面，依然有借鉴意义。

黄佐是一位才华横溢的高产诗人。他的诗歌风格雄伟奇丽，壮浪恣肆，在诗歌学派中有“粤中昌黎”之称。其诗歌题材更是多样，给明代的广东诗人很大的影响。当时很多著名学者甚至将黄佐奉为岭南诗派的领袖。

黄佐对佛家之学的衍蔓迷溺厌愚至极，认为宋儒取道家之言来解释儒家，颇和大道，宗程朱而轻佛释。在黄佐看来，王阳明的“心学”之道则是沉溺于佛释的别流，与“内圣外王”的大道去之远矣。

陶谐：佐有文章华国，谋猷经邦之语。

周熙：此真隐居求志之儒也。

陈绍儒《<黄文裕公泰泉先生文集>序》：先生产瑞庚戌，天禀明睿，国人异之，比颖朱考亭云。

邓良佐《番禺令江公均田得政记》：黄文裕公，为时名臣。

王弘诲《天池草》：君尝游文裕公之门，学识行谊，为士林推重。

区大相《区太史诗文集》：然自黄文裕以文章鸣天下，而士之追踪蹑景者，数十年所尚寥寥焉，岂海滨清淑之气不常完，将上之倡导而振作者，犹有待耶。

李士桢《新建贡院碑记》：至明则有梁文康之相业、海忠介之节操，丘文庄、黄文裕之淹博，陈文恭、湛文简之理学，其表表者也。

屈大均：粤诗自五先生振起，至黄文裕而复兴。

罗天尺《南湖诗社序》：粤诗自南园五先生后，风雅振起者，为香山黄文裕。

全祖望：《鲒埼亭集外编》：①泰泉黄文裕公之学，实与鼎足而立，予亦表而祀之，而及其高弟一人。②乃若泰泉黄文裕公，于白沙为后出，于甘泉则同时，顾并浙宗广宗，而皆不以为然，是又粤中别一学统也。

翁方纲《粤东三子诗序》：吾粤黄文裕公为前明名粤东黄培芳、儒，家学相承，世传儒雅。

陈澧《陈澧文集》：香山自宋绍兴始，分东莞县地自为县，至明代而有黄文裕公，硕学高文，为岭南之冠。

康有为《康有为全集》：黄文裕能言礼，笃守朱学，为当时大儒。

徐信符《广东藏书记略》：黄文裕公佐以奇隽知名，及官翰林，明习掌故，博综今古。

嘉靖十九年（1540年），安南莫登庸遣使请封。世宗诏大臣商量应对。黄佐借永乐年间征交旧事，力劝世宗允莫登庸的请封，以土司制度羁縻。后，莫登庸效顺朝廷，不损兵费。

嘉靖二年（1523年）十二月，黄佐回家省亲，途中顺便拜访了王阳明，同他一起讨论“知行合一”观点，两人展开激烈的争辩。黄佐认为知就像眼睛，而行犹如双脚，人走路虽是眼睛和双脚一齐行动，但毕竟是眼睛先已看好方位双脚才到那里，所以，应该是知先行后。王阳明则认为，当人看到好色而产生的爱慕心理，或是闻到恶臭时产生的厌恶感，这本身既是知，也是行，“一念发动处便即是行”，知行是合一的。最后王阳明指责他“太信宋儒”，而黄佐则援孔子讲过的“知之未尝复行也”。

黄佐为学重博约，博通典、礼、乐、律、词、章。编撰有《广州人物传》《广东通志》《罗浮山志》《广西通志》《香山县志》《琼台外记》《珠崖录》《泰泉集》《乐典》《诗经通解》《明言类选》《文艺流别》《革除遗事》《春秋传意》《庸言》《翰林记》《诗文集》《泰泉乡礼》《小学古训》等460余卷。

林廷玉重新让李希颜所取之士考试，惟独不让黄佐入考场。关于此事有两种说法：

第一种说法是林廷玉认为黄佐才学卓越，不用再考。

第二种说法则要结合林廷玉的生平作推断，因为林廷玉在弘治十二年牵涉到一件大案中，那就是历史上有名的唐寅舞弊一案，在此案中因为林廷玉当时属于同试考官，又因上疏疑程敏政可疑者六事而被牵连，后下放贬谪。据此可推断林廷玉对于考试一事必定十分在意，而当时的黄佐年少有才气，又得前督学李希颜器重，与当时的会试一案的主角唐寅何其相似，于是林廷玉对黄佐有所偏见也是可以理解。

据仇巨川《羊城古钞》记载，黄佐墓位于广州栖霞山书院下，为谕赐祭葬。

泰泉里在今广州市青年文化宫内。明代著名学者黄佐居此，故名。

张廷玉《明史· 卷二百八十七·列传第一百七十五》