1937年冬，日军攻破南京城后，黄卓珍的哥哥在三牌楼附近的家中被日军带走，再没有回来。黄卓珍后被家人送到到金陵女子大学难民收容所避难，曾多次亲眼目睹日军进入收容所寻找“花姑娘”。

黄卓珍曾在证言里说：“一大早八点多钟，听到日本人在外面敲门，我和我妈就赶紧从后门出去，躲到灶屋里去，藏在柴禾堆里。不久日本兵把我哥哥带走了，我哥哥当时还是学生，听说在山西路被绑到下关去了，从此音信无踪。”