1936年3月18日，升少将。

1936年12月，发生西安事变，被调入陕。

1937年，七七事变，抗日战争爆发，时任国民革命军第二十七军第二十三师少将参谋长，出师潼关，东进抗日，接德州守备任务，参加沧州会战。

1938年初，随第二十三师转战，进鲁西南，参加徐州会战，奉命守备菏泽、郓城一百余里黄河防务；1938年5月15日，黄启东率余部与日寇展开血战，他头部中弹因失血过多，壮烈殉国，时年47岁。

1938年，沪宁失守，日军数十万之众企图侵犯徐州。国民革命军第二十三师奉令扼守豫东、鲁西之郓城、菏泽一带，防线较长，所部团、营、连长多被抽调至武汉受训。平江人、二十三师参谋长黄启东呕心沥血，昼夜巡查，督促全师将士百倍警惕，坚守阵地。5月，敌军精锐师团及一旅团，在空军配合下，以陆军的绝对优势倾巢来犯。黄启东与师长李必蕃率部血战数昼夜。后因伤亡过大，二十三师奉令转移至菏泽整补部队，继续阻击敌人。

这时，日本侵略军乘二十三师余部刚到菏泽，部署未定，驱其步兵、骑兵、炮兵、化学队和摩托车队，在坦克和装甲车掩护下，发起突然袭击，层层逼进，气势汹汹。黄启东与师长李必蕃抱定与菏泽城邑共存亡之决心，临危不惧，迅速变更战术，实行坚壁清野，主动分兵阻击，鏖战数昼夜，在枪林弹雨中，死守阵地，打退了日军的一次又一次进攻。不久，日军大批援兵蜂拥而来，二十三师粮尽援绝，情况十分危急。黄启东在师长李必蕃召开的高级军官会议上，慷慨陈词，力主死守不渝，牵制敌军。

激战至5月15日，李必蕃置个人安危于不顾，亲自上阵指挥正面抗击。黄启东率领工兵营和特务连独当一面。血战数昼夜，伤亡惨重。李必蕃腹部中弹，流血不止。部下急将他抬下战场，行至城南王庄时，伤势恶化，乃自杀殉国。黄启东愤不欲生，以爱国英雄文天祥的《正气歌》自勉，身先士卒，率余部与敌血战到底，冲锋十余次。在喊杀声中，他头部中弹，犹不退却，命卫士陈烈（湘潭人）背负，坚持在前沿指挥。其时，该师野战医院院长、平江同乡李少甫带领救护队，一再催促黄启东快上担架，黄启东坚决不从，摆手示意李少甫快去抢救其他伤员，并吃力地张开紧抿着的嘴唇，用微弱颤动的声音对李少甫等人说：“何以对国家？何以对民族？宁作战死鬼，不做亡国奴！”未几，黄启东终因流血过多，为国捐躯。临终怒目而视，死不瞑目，时年46岁。

1985年，平江县政府报湖南省政府批准，追认黄启东为抗日烈士。

1938年5月，日军动员数十万兵力，企图侵占战略要地徐州。第二十三师奉命扼守豫东、鲁西之郓城、荷泽一带。日军以陆军的绝对优势，在空军配合下倾巢来犯，他与李必蕃率部血战数昼夜，双方死伤惨重，终因寡不敌众，奉命转移至荷泽休整。部署未定，日军尾随而来。第二十三师抱定与荷泽城邑共存亡的决心，变更战术，分兵抗击，打退日军多次进攻。不久，日军大批援军蜂拥而来，第二十三师粮尽援绝，伤亡殆尽。5月15日，李必蕃亲临前线，不幸腹部中弹，血流不止，乃自杀殉国。黄启东愤不欲生，率余部冲锋10余次，虽头部中弹，犹不退却，命卫士背负，继续坚持在前沿指挥，终因流血过多，为国捐躯。

将军治军谨严，禁绝官兵抚民，注重军纪风纪，赢得军民爱戴。一身战功累累，曾获四等宝鼎勋章、云麾勋章等。平生治学亦勤敏，酷爱古籍，军书旁午，徜徉于古坊书肆之间，手中不吝千金，购置古今书画珍藏。巍巍哲人，堪称文武兼资之将官者。逮捐躯噩耗传至三湘七泽，长沙与平江各界人士，举行隆重追掉。蒋中正亲题像赞目：“生也雄，死亦烈，衰国殇，垂毋亟。”短短十二字之表扬，可谓一生殊荣。政府追赠中将，享祀忠烈桐，千古勋名，光耀青史于不朽。

黄启东夫人张运恒女士，为平江西乡英集岭望族，出身于名公巨卿之门，曾祖张子衡公。亲父张仲周先生，日本庆应大学政经系毕业，系同盟会会员，因护法反袁，遭军阀张敬尧惨杀殒命。平居以夫婿为国捐躯，矢志守节抚孤，大振门楣。无奈避日寇难，积哀成疾，卒于县邑烟舟，得年四十二岁。哲嗣长子兴斌兄，陆军步兵上校退伍，长媳伍智华女士。文孙长名传宪，经营商业。次名传鸿，·服务高雄港务局。孙女歌柔，莉君，梅君，曾孙家德、家庆，皆奋发上进不懈。女儿庆安、吉安、次子岳武，留原籍守家业。

国民政府追赠他为陆军中将，明令褒奖抚恤。

1985年，湖南省政府追认黄启东为抗日烈士。