清同治年间（1862年—1875年），黄埠墩上建筑重建。

清末，芙蓉湖逐渐被开垦为农田，黄埠墩周围水域变窄，成为大运河的一段河道。

民国十六年（1927年），黄埠墩上圆通寺、环翠楼重修。

1958年，无锡市人民政府组织扩建新的京杭大运河无锡段，计划炸掉黄埠墩，并首先将黄埠墩上建筑拆除，拆除完毕后，爆破黄埠墩的方案被否决，但黄埠墩只剩下光秃秃的一座岛。

1981年，无锡城南门外水仙庙的戏台被移至黄埠墩，并在戏台上加建了一座亭楼，为纪念文天祥，命名为“正气楼”；此外，还在黄埠墩上加建蓬莱门、码头等。

2021年2月，黄埠墩东侧河床裸露，部分无锡市民通过裸露的河床登上黄埠墩参观。

2022年1月，黄埠墩进行建筑改造施工，在墩的周围设置移动式防洪墙，增加亮化工程。同年6月9日，黄埠墩改造施工完成。

黄埠墩占地面积625平方米，建筑面积226.6平方米，南北长约30米、东西宽20米，外形近似于椭圆形，四周设移动式防洪墙，向内有白色院墙。黄埠墩内建筑呈南北走向布局，最南端为码头，向北依次为蓬莱门、望山楼；其中，蓬莱门与望山楼之间有一个小院子。黄埠墩上的望山楼为一座二层建筑，其一层有两进，首进存放有文天祥诗词碑；次进为大厅，内挂有”一镜悬画”牌匾，大厅设楼梯通向二层。望山楼二层原设有佛堂，可眺望运河以及锡山惠山的景观；二层挂有康熙帝所书的“兰若”牌匾，楼外南侧挂有牌匾“水月澄观”，北侧挂有牌匾“玩山临水第一楼”。黄埠墩建筑有亮化工程，夜晚可亮灯，主体景观“正气楼”顶部的灯光强化了挑檐飞梁的结构之美。

黄埠墩上存有康熙帝提笔写下的“兰若”牌匾，位于黄埠墩望山楼二层；以及海瑞提笔写下的“玩山临水第一楼”牌匾。黄埠墩内还存有文天祥诗词碑，上刻有文天祥所著《过无锡》一诗，位于望山楼一层入口处。

黄埠墩，曾被称为“小金山”“黄婆墩”。明代，有无锡地方志书将其称作“黄阜墩”。清乾隆四十九年（1784年），乾隆帝第六次南巡时，将它写作“黄浦墩”。清道光年间（1821年—1850年），梁章钜所著《楹联丛话》中将其写作“黄甫墩”。

南宋·文天祥

金山冉冉波涛雨，锡水茫茫草木春。

二十年前曾去路，三千里外作行人。

英雄未死心先碎！父老相从鼻欲辛。

夜读程婴存国事，一回惆怅一沾巾。

清·爱新觉罗·弘历（乾隆帝）

两水回环抱一洲，不通车马只通舟。

到来俯视原无地，攀陟遥吟恰有楼。

含雨湿云偏似重，隔湖烟屿望如浮。

惠山翠色迎眉睫，慢虑沾衣作胜游。

明·王永积

墩上有文昌阁、环翠楼、水月轩，垂柳掩映，不接不离。登阁九峰环列，风帆片片，时过几案间。

清·梁章钜

无锡北门外，有皇甫墩，在芙蓉湖中，四面皆水，飞楼缥缈，极似西湖之湖心亭。窗户轩槛，皆九龙山翠所涵渲。登览胜概，甲于通邑。楼中匾联尚多，惟孙平叔宫保联云：灯火春星浮北廓；云霞朝景揽西神。秀整雅切，邑人盛称之。西神即九龙山也。

在画家王翚所作的《康熙南巡图·第七卷》中，描绘了黄埠墩（画中用名“黄婆墩”）。

黄埠墩与大运河无锡段中的另一个小岛“西水墩”相对，分列为无锡城的“天关”“地轴”，黄埠墩被称为“天干”。风水学家认为，大运河是无锡城的气脉，而水能止气、聚气。运河之水北来，到黄埠墩后，水面愈加宽阔，因此在运河“水势直下而益广”的情况下，地处运河要冲的关隘、轴心即黄埠墩、西水墩，有天关、地轴行水神的法力，能阻挡水势，起到了中流砥柱的作用，故无锡县志中称“须此以砥之”，以防气被流失散尽。

相传，黄埠墩中住着一条黄鳝精。有一天，它变作一个年轻的后生，来到河畔一棵大樟树下读书。事也凑巧，这天王母娘娘的四女儿彩云路过此地，正好看见他在低头读书，便仔细端详起来，越看越觉得可爱。于是她抽下腰间的丝绢，朝下扔去，以表爱慕之情。黄鳝精忽见空中飘落一条丝帕，连忙起身接住，只见上面绣着一个体态轻盈、丰艳动人的姑娘。尤其是看着迎面而来的美人，不禁喜出望外，于是上前倾吐思念之情两人互生爱慕，一起生活了一年。可惜后来此事被天庭知晓，便由张天师将黄鳝精压在小岛底下，动弹不得。

这小岛西端住着几户穷苦人家。一天早晨，村民张老头提着一只吊桶，来到村中古井旁，放桶提水。当他把桶刚放到井里，就听见一阵哀求声从井底发出，问明情况后，张老头答应每天送几条鱼给他，让他保命。黄鳝精感激不尽，声称要报答。

第二年夏天，无锡大雨如注，河水猛涨，泛滥成灾，把周围两岸的田地房屋都淹没了，唯有这河心的小岛安然无恙。岛上的居民都说，多亏了黄鳝精的保护，才会躲掉此灾此难。后来，人们觉得这座岛有灵气，就取名叫做“黄埠墩”了。

黄埠墩有“洪水淹不没，水枯不见底”之说。有老人回忆说，在中华人民共和国成立后很长时间内，无锡所遭遇的几次大雨中，比如1949年、1954年、1979年的大雨，黄埠墩都是安然无恙的，城中哪怕漫了马路，但是因为水位的关系，大水连岛上建筑的门槛都碰不到。而这一原因在于，当时无锡城中内河的水道与运河没有连通。城中的水不会排到运河中，使得运河的水位基本是保持平稳的，所以一直以来黄埠墩是没有被淹没的。

事情的变化，从20世纪80年代初开始。当时，为了解决城中的防洪排涝问题，就开始在内河和运河之间建设调节水闸，遇到大雨天气时，就将城中积水排到运河中。这样，使得运河水位有所上升，可是，随着三里桥到吴桥防洪墙的建立和地面的加高，黄埠墩与四周地势相比，再也不像以前那样高，每到大汛期，黄埠墩都会被淹。因而，此次对黄埠墩的修缮，防汛是重点。墩的周围创新性地设置了移动式防洪墙，汛期来临，可根据水位变化安装围墙，等到汛期过去，再将围墙拆掉。

黄埠墩在古代是供运河中航行的人们休憩的小岛，见证了运河漕运及河畔商业的发展。黄埠墩曾因三帝（吴王夫差、康熙帝、乾隆帝）、二相（黄歇、文天祥）、一青天（海瑞）登临而闻名；其中，因文天祥曾登临并著有《过无锡》一诗，黄埠墩也成为了爱国主义教育的场所。

黄埠墩在清代有较为重要的影响力，康熙帝、乾隆帝曾多次到访黄埠墩，每次来无锡必须在黄埠墩换乘小船去惠山寺，乾隆更是把黄埠墩比作“蓬莱”。乾隆帝因喜爱黄埠墩，特在颐和园中仿照黄埠墩建有“凤凰墩”，墩上有楼，名为凤凰楼。

1983年11月21日，黄埠墩被无锡市人民政府公布为无锡市第一批文物保护单位。

2013年5月，大运河被中华人民共和国中央人民政府公布为第七批全国重点文物保护单位，黄埠墩被并入其中（文保编号：7-1973-3-009）。

2014年，大运河被联合国教科文组织公布为世界文化遗产，黄埠墩被列为遗产点。

2018年12月4日，无锡市人民政府公布黄埠墩保护范围，其保护范围与水墩边界重合。

2021年12月，黄埠墩入选《江苏省首批省级水利遗产名录》。

黄埠墩位于江苏省无锡市梁溪区运河公园以北、吴桥以南，惠山浜口中心，处于无锡老城北门外，新京杭大运河与古运河的分流处，原北塘区惠山街道与北大街街道交界处。黄埠墩西临运河西路，东临北塘大街，东南近运河公园、江尖公园，西北为吴桥、西南为蓉湖大桥，邻锡山、惠山、惠山古镇景区。

黄埠墩暂不对外开放，游客可在运河公园、运河西路、北塘大街等处远距离观赏黄埠墩。运河公园门票免费。

乘坐无锡地铁3号线，在吴桥站下车，1号口出，后沿霞美路向西步行约450米，即到达北塘大街运河边，可远距离观赏黄埠墩。

乘坐无锡地铁2号线，在五爱广场站下车，3B口出，后沿五爱北路、县前西街向北步行1.3千米，到达运河公园，可远距离观赏黄埠墩。

乘坐无锡地铁4号线，在惠山古镇站下车，3号口出，后沿运河西路向北步行约1.5千米，到达运河西路大运河边，可远距离观赏黄埠墩。

乘坐无锡公交102、29、52、603、609、70、73、81路等，在永安桥站下车，向北步行350米即到运河公园，可观赏黄埠墩。

乘坐无锡公交57路，在古运河小区站下车，下车即可看见黄埠墩。