黄宝瑜自小勤勉苦读，高中毕业后顺利考取南京电讯局。不久，日寇侵华，南京沦陷，黄宝瑜随局撤往重庆。在重庆，黄宝瑜报考进入国立中央大学建筑工程系，毕业后留校任教。1949年，黄宝瑜随中央大学迁到台湾。1956年，黄宝瑜赴美深造，后获得博士学位。

台北故宫博物院为新馆设计方案公开招标的消息传出，许多设计师纷纷参与。有5位设计师进入最后一轮，其中青年设计师黄大闳的方案因更符合现代建筑特征，被美国专家一致看好。然而，台北故宫方面更希望建造一座具有中国特色的建筑。最终，凭着深厚的文化底蕴，来自江南小城的评委黄宝瑜摘得橄榄枝。

2000年，82岁的黄宝瑜在加拿大逝世。