2001年11月，任中华人民共和国卫生部副部长，保健局局长、党组成员。

2003年8月，当选为香港外科医学院荣誉院士。

2004年，任中央保健办公室主任、保健局局长。

2008年，任中央保健委员会副主任（正部长级）、中央保健专家组组长。

2013年，卸任中华人民共和国卫生部副部长职位；9月12日，任清华大学医院管理研究院院长。

黄洁夫主要学术研究方向为肝脏移植和肝胆道肿瘤外科治疗，致力于普通外科的临床和实验研究工作，对肝动脉栓塞、二期切除肝癌、全肝血流隔离肝切除术、肝内结石的分型、胆管癌的外科治疗等提出自己的观点。

黄洁夫于1987年组建中山医科大学附属第一医院器官移植中心。

据2024年8月清华大学出版社网站数据，黄洁夫已在中国国内外学术杂志发表学术论文607篇。

截至2016年3月，黄洁夫已主编外科学专著17部。

据2024年8月清华大学医院管理研究院网站数据，黄洁夫作为课题负责人已获得国家、省、部级以上科研成果8项。

据2024年8月清华大学出版社网站数据，黄洁夫已主持中国国内外学术大会80余次。

黄洁夫认为：中国的高教要改革，要先改革教育思想，更新教育观念，以体制改革为核心，以提高办学效益为目的，要敢于打破一切障碍和制约学校发展的清规戒律，建立与经济体制改革两个转变相适应的高教体制。

1998年，黄洁夫主持的“原位肝移植”成为国家级继续医学教育项目。

黄洁夫指导培养的学生有中山大学附属第一医院主任医师、教授匡铭，时任中山大学附属第一医院副院长、广东省器官捐献与移植免疫重点实验室主任何晓顺，中山大学附属第一医院教授焦兴元，广西医科大学附属肿瘤医院主任医师、教授向邦德，北京协和医院肝脏外科副研究员、硕士生导师杨华瑜，中日友好医院普外科专家、副主任医师孙永亮等。

黄洁夫认为，中国器官捐献和移植面临着多重挑战，主要有三个方面：

第一、费用高昂。器官移植需要的设备、耗材、药品造价不菲，中国医保暂时没有覆盖器官移植，很多病人由于难以支付移植手术和术后维护的医疗费用而放弃手术。

第二、医生紧缺。中国目前能做器官移植的医生数量有限，而器官移植医生的培养需要一个长期过程，肺移植医生需要长时间的技术沉淀。

第三、供体不足。供体不足让众多器官衰竭患者陷入等待。

黄洁夫的父亲是江西人，原本在江西当会计学徒，后来到长沙。抗战期间，长沙沦陷，辗转来到怀化，在洪江古商城里安家。黄洁夫的父亲可以两只手同时打算盘，堪称洪江打算盘最快的人。黄洁夫算是继承了父亲的聪颖，小学初中时代，老师在台上讲课，他常常在台下做自己的事情，但每次考试都位列前茅。

黄洁夫的母亲是一名幼儿园老师，待人和善，经常告诫黄洁夫：作为一名医生，最重要的就是要将心比心，要有菩萨心肠。1961年，黄洁夫父亲因肝病去世，黄洁夫兄妹六人就由母亲一人拉扯大。

黄洁夫爱打网球，曾在网球比赛中获得冠军，还是合唱团里的男高音，擅长书法，这些悟性才干都承自于父亲。

作为医生、官员、中国器官移植事业的改革者，黄洁夫以一颗公心获得了各方支持和赞誉，被视为中国器官移植改革的象征，在国际器官移植界得到高度认可。（《中国改革》评）

黄洁夫对中国器官移植捐献事业发展做出了杰出贡献。（“吴阶平医学奖”评选委员会评）

在医学界，十年磨一剑，黄洁夫被认为是中国器官移植改革的推手，是中国著名外科移植专家。（中国人民政治协商会议湖南省委员会评）

黄洁夫是世界知名的肝胆外科医生，在肝脏外科、肝移植、肝癌手术有很卓越的成就，在世界舞台也有很大的贡献。（时任香港外科医学院院长钟尚志评）