近40年来，在成人高等教育和远程教育的教学管理及理论研究方面积累了丰富的经验，取得了丰硕成果。在国内外学术研讨会交流和公开发表了论文近20篇；其中不少获得了上海市教育科学研究成果奖。2000年，黄清云转战民办高等学校，作为上海建桥学院的第一任校长和党委书记，他依靠董事会和教职工，牢牢把握民办学校的社会主义办学方向，2005年9月，上海建桥学院获准举办本科教育，并连续三年成为上海市依法进行自主招生改革试点的院校之一；2005年5月和2007年5月，学院两度被市政府授予“上海市文明单位”称号。他本人2005年被评为上海市职业教育杰出校长、全国职业教育先进个人，2006年被评为上海市科教系统优秀共产党员，2007年被评为上海市劳动模范。

黄清云现兼任中国民办教育研究院副院长、上海市民办高等教育协会副会长、上海市高等教育学会副会长、上海市职业教育协会副会长、上海市高教评估协会副会长。