1947年5月，中共中央香港分局成立。分局领导机构有三个系统：农委、城委、香港工委。香港工委书记为章汉夫，下属的群众工作委员会简称“群委”，由刘宁一担任书记。1948年初，黄焕秋接任为群委书记。在香港分局的统一领导下，群委对青年工作作分别的指导：港九地区的青年工作由群委的青委、学委直接指导。群委在《华商报》开辟“群众”专栏，经常刊登有关青年运动的消息和文章，指导各地的青年工作。这些都是由黄焕秋等人负责组稿。

广州解放后，华南分局决定成立分局青年工作委员会（简称分局青委）和青年团华南工作委员会（简称华南团委），由黄焕秋同志担任分局青委书记和华南团工委书记。黄焕秋参与组建华南地区青年团，创办华南团校，培训大批青年学生和干部，做出了重要贡献。 1953年起，历任中山大学、暨南大学副校长、校长兼党委书记，数十年如一日，奋斗在文教战线上，培育青年一代，做了大量有益工作，成果累累。

黄焕秋在中山大学、暨南大学负责党委和行政领导工作多年，成绩突出。主要是正确执行了党的全面发展的教育方针，认真贯彻尊重知识、尊重人才的政策，在学术研究中大力推行“百家争鸣，实事求是，以理眼人”的方针。十一届三中全会以来，黄焕秋更是坚决贯彻执行党的以经济建设为中心的方针政策，大胆改革开放，树立教育为经济建设服务，为广东经济建设和精神文明建设服务的思想，开拓了高校改革、发展、提高的崭新局面。

在中山大学，黄焕秋大力开拓对外学术交流新局面。他十分重视学科队伍的建设，实现老中青三结合，组建重点科研机构，选派教师前往海内外著名大学、科研单位深造。先后组团前往中国香港、美国、加拿大等地名校进行校际交流活动，取得积极成果，为学校培养了一批较高水平的师资。为更好地发展高科技与人文社会科学，他力主复办和增设法律、经济、电子、计算机等系，成立地学院、管理学院等四个学院和重点研究所(室)、高级研究中心，并为此付出不少心血。此外，在他的领导下，中山大学还与日本、法国、澳洲等名校建立合作交流关系。他还鼓励校内学者专家出国讲学，使不少中青年教师经过锻炼迅速成长，成为各学科领导骨干、国家院士、高校校长。

黄焕秋重视联系知名学者专家来校讲学，进行学术交流。先后礼聘李卓敏、杨庆堃、杨振宁等知名学者为中大名誉教授，请他们来校出谋献策，交流学术，共同办好学校。同时，紧密联系和动员各方热心教育的人士和校友如梁球琚、何善衡、霍英东、冼为坚、曾宪梓等捐建大礼堂、管理学院、体育中心、高级学术研究中心等多幢大楼，为学校更好地组织开展教学、科研、体育、文化活动，创造了良好的基础条件。

在竭心尽力办好中大的基础上，黄焕秋与中大广大师生一道，大力支持广州和特区高等教育事业。如调派教师帮助创办广州外语学院和广西大学复校。特别是在支援暨南大学复校期间，积极主动调配领导骨干、各科主讲教师、各部门主管人员到暨大，使复校工作顺利开展。人们认为，中大领导层这一支援行动，成为我国高教史上的创举，值得称颂。

在暨南大学任职期间，黄焕秋注重对华侨和港澳学生加强爱国爱校、集体主义、社会主义思想教育，重视英语、汉语教学，大力倡导和组织开展文体活动，促使广大学生精神面貌与专业学识与时俱进。根据学校特点，黄焕秋亲临经济系蹲点，树立学校的经济学科优势，培养大批财会、管理人员，填补了广东省华南地区人才培养的学科空白。

1991年，中大建立“珠江三角洲经济发展与管理研究中心”，黄焕秋出任主任，集中有关专家学者、企业家，研讨广东改革开放以来，珠三角发展经济并进一步发展的重要课题，为粤、港、澳地区经济建设和社会进步献计献策，出版研讨论文集和专刊，深受国内外有关方面和读者的欢迎，产生深远的影响。

在建立和主持中大校友会方面，黄焕秋注重团结各方校友为祖国现代化建设，为母校的提高和发展作出贡献。1993年，他参加在中国台湾举行的“中国现代化”问题研讨会，建立了海峡两岸中山大学校友会的联系，使台湾校友加深了对祖国和母校的了解，为两岸高校的学术交流、合作关系作出努力。

黄焕秋是华南地区青年团重建和青年工作的领导者之一、新中国高等教育事业的开拓者之一，他为广东高等教育和青年工作发展，为培养社会主义建设人才作出了突出贡献。