1940年后黄竹斋因不满当时政治之黑暗，愤然归隐于长安樊川，从事著述及诊疗。1945年他撰成《周易会通》 、 《老子道德经会通》 、 《白云阁藏本难经会通》 ，修订《孙真人传》 。尤其值得称道的是，他根据桂林古本《伤寒杂病论》撰成《伤寒杂病论会通》18卷，凡70万言，购旧石印机自印，于1948年行世。

中华人民共和国成立后，黄竹斋热烈响应党的号召，积极参加人民卫生工作，被选为长安县人民代表，陕西省政协委员。1954年被聘任为西安医学院附属医院中医科主任。1955年奉调赴京，受聘为卫生部中医研究院附属医院针灸科主任，后并任该院学术委员会委员。他年近古稀，仍十分勤奋。一生著述多达50余种，涉及中医药理论、临床各科和医史文献，以及哲学、天文、数学等领域，其中以《伤寒论》研究造诣尤深。他对工作一贯积极负责，治学严谨，为人正直，生活俭朴，受到大家尊敬，曾被评为先进工作者，并出席了全国文教先进工作者代表大会。黄竹斋关心体贴患者，辨证施治精当，善于针药并用，一生救治了许多疑难重危病人，对中风、偏瘫之疾尤为擅长，博得国内外患者的爱戴和赞誉。 《中医杂志》和《光明日报》均报道过他的事迹。他治愈国际友人半身不遂的消息，在前民主德国报刊上登载并受称赞。

黄竹斋一生潜心研究伤寒之学。他的契友赵玉玺说他“其精神专注，最有志趣者，厥维医道；其于医道探讨无厌者，厥维仲景之书”。事实确实如此，而且成绩卓著。 黄竹斋年轻时正值西洋医学大量传入，中西医汇通思想方兴未艾。他在精读中医典籍的同时，还博涉合信氏等西医著作及唐容川等主张中西医汇通的著作，开阔了眼界。他虽为仲景著作所倾倒，但怀疑各家注解有误，指出：《伤寒杂病论》，“自晋迄今注者无虑百十家”，然“余自弱冠读《伤寒论》，观诸家所注，即疑其不是仲景本意。迨后见西哲生理学术，以人身器质功用分为三系统，于是恍然觉悟。乃撰《三阳三阴提纲》六篇”。此后他将这一研究工作继续深入。“民国三年，尝取《伤寒论》， 《金匮要略》合为一帙，摭近世西哲生理学说，……撰成《伤寒杂病论新释》十六卷。”嗣后又撰成《伤寒杂病论集注》；见桂林古本后，发现该本内容较宋本多三分之一，且纠正民国以来所发现的其他版本错讹之处甚多，于是不遗余力，又取各种版本相互校勘，补缺正讹，采中外数百医家巨著之精华，条分缕析，撰成《伤寒杂病论会通》一书。他在这些著作中阐述了自己的基本观点，即仲景所称的三阳三阴不同于《素问·热论》之说。认为“仲景本论三阳三阴之定义，是将人身部位、质体分为六纲，而以太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴等术语识之。三阳标识其部位，三阴标识其质体。立此六经以名篇，而辨其病证治法焉”。他试图以中医理论联系现代生理学说探讨疾病的发病机理和治疗法则。如谓：“太阳者，躯壳表面部位之术语，凡六淫之邪从皮肤中人而病者，其治法皆可求之太阳篇也”。总之，他认为要深入体会仲景以六经钤百病之义旨。掌握了三阳三阴这个界说，整个伤寒论便可迎刃而解。

他的见解自成一家。可贵的是，他崇尚仲景之学，但勇于探索，不受拘牵；他与中西汇通派的观点和具体见解并不类同，但也不是守旧派，远在本世纪初，他就注意寻找现代医学与中国中医学的结合点。

黄竹斋是一位中医文献学家，文献学功力深厚。擅长于考证集注，深谙版本、目录、音韵、校勘、注疏之学。做学问非常认真，著作《伤寒杂病论集注》曾“稿经四易，时历八年”，首刊于1925年。在印行两次 《孙思邈传》

后，经大量增补，1936年又刊印第三版。该书获得颇高评价，中央国医馆馆长焦易堂作序说“能自出心裁，发前人所未发”。谢利恒更谓该书“据生理之新说，释六经之病源，贯穿中西，精纯渊博，可谓集伤寒学说之大成，诚医林之鸿宝也”。 《针灸经穴图考》是他的另一力作。作者取《内经》 、 《难经》 、 《甲乙经》为主，参考唐宋以降诸家有关针灸论述，撷精删芜，正讹补缺，“成书八卷，都凡正经十四，气穴三百六十有五，奇穴拾遗若干附焉”。经穴图谱以正常人体点穴摄影，制为铜版刊印。不但对每个穴位进行考证，而且在每穴之后列其主治证候及医案，冠以针灸要法，从而为临床应用和科学研究提供了可贵的参考资料。本书亦以考据精实，广征博引而获广泛称誉。

黄竹斋有关中国医学史的著述中，以《医圣张仲景传》最负盛名。 《后汉书》 、 《三国志》等正史均未为仲景立传，黄竹斋广搜博采，于1924年撰著《医圣张仲景传》，首载于1925年《伤寒杂病论集注》第一版卷首。赴南阳、宁波等地考察后，再作修订增损，1948年所撰《伤寒杂病论会通》印行时，又将增订本列于该书“卷首”（解放后已有单行本）。全传虽仅8000余字，但内容之赅备，资料之丰富，为现存记载仲景史事者所不及。对张仲景生平籍里，任长沙太守等史事提出考证和看法。这一传记及其所撰《祝告医圣文》 ，现已刻石立于南阳医圣祠。

此外还有《孙思邈传》 、《中华医学学术发明于三皇说》、《陕西医家圣贤考》、《关中历代名医传》、《秦越人事迹考》、《医学源流歌》等。黄竹斋热爱祖国医药文化，他主张将医史学列为医学生的必修课，认为这可使学生了解医学学术渊源及其发展规律，表彰前辈医家功绩，更重要的是进行爱国主义教育。

黄竹斋还是一位中医临床实践家和针灸专家。他诊病细心，辨证精当。遣方用药既用经方，也 博采时方和民间土单验方。善于针药并用，治疗疑难杂症，尤以治疗中风偏瘫为长，救治了许多危重患者，在国内外获得广泛赞誉。

1959年6月8日，前苏联驻华大使尤金患右侧大脑中动脉分支血栓。黄竹斋应邀两次会诊，给予针刺治疗，并根据严重失眠等合并症状，先后配用柴平汤、百合汤等，至7月22日，患者左腿可徒手步行，经神经科检查，偏瘫治愈，回国时再三致谢。1957年4月20日，82岁的德国人东布罗斯金突然昏迷失语，右半身偏瘫，西医诊断为脑血管意外。黄竹斋为其针刺风府、风池等穴，给服苏合香丸和《古今录验》续命汤等。经治8天，说话、写字、走路，一切恢复正常。这一消息，当时在民主德国报刊披载，受到极大赞扬。陈某患真中风偏瘫，二便失禁，黄竹斋为他治疗。以炒盐末填脐，上覆姜片，艾灸神厥14壮，使其大小便复常。针刺肩髃、曲池、合谷、环跳、风市、阳陵泉，给服《古今录验》续命汤。住院20天，上下肢活动渐复正常，可自己行走。

黄竹斋从医治学无门户之见。他常说，只要治疗病人有效，对发展医学有益，均可效法。即使是铃医、草医、农医、樵夫……只要有治病一技之长，均应不耻下问，虚心请教。

民国时期经过抗争，中医教育的合法权利有所改善。但如何开办中医学校，专业设置以及与之相关的课程、学术整理、统一病名、师资、教材等问题，远未提上中央国医馆的议事日程。黄竹斋对此非常关注，提出许多深有见地的主张。 1934年1月他提出《审查统一病名草案意见书》和《审查病理学意见书》，主要内容是：反对一味依傍西医病名，认为应以中医病名为主，反映中医特点；认为有关草案所列内科疾病，未列证候，且所列者牵强之处甚多；病理学所列病名及证论，全系抄袭西医学说，对中医固有理论毫无阐发。这些意见在今天也是相当正确的。

1935年，国难方殷，侵华日军己逼近华北。有识之士认识到中医的振兴绝不应是中西医门户之争，而是与民族存亡密切相关的大事。黄竹斋即慷慨陈词：“吾国医药学术之兴废，与民族之存亡国计之盈绌实有重大密切的关系”。他同时主张吸取西方现代医学之长，指出：“溯自清道光鸦片战后，海禁大开，欧风东渐，西洋医学传入中华，其生理解剖学说堪以纠正唐宋以后医书脏腑形状之错误。……今得西哲学说参互考正，而古代医经精微奥妙之义理乃克彰明，有裨于吾国医学实非浅斟”。

1943年西安筹设“西京中医专科学校”，校董事会推举黄竹斋为校长，黄竹斋在复函中提出了该校教学计划以及解决校舍、实习基地、实验和图书设备等具体建议。并指出教学内容要吸取现代科学成就，并预言：“将来必有中西医贯通之日”。有关课程设置除与前述类同者外，还特别提出“德、智、体”教育，其中提到《易经》等中国古代哲学、医师修养学、医学国文、医学天文、医学地理、医学数学、医政学、医史学以及中国武术、体操等课程，表明他希望在进行扎实的专业训练的同时，还应使学生有广泛的文化知识结构和医德素养。他的许多设想在当时确属难能可贵。