光绪二十六年，黄钟瑛调任“福靖”炮舰枪炮大副。

光绪二十七年，黄钟瑛调任“海天”巡洋舰船械二副。

光绪二十八年，黄钟瑛调署“海天”巡洋舰驾驶二副。

光绪二十九年，黄钟瑛调任“海筹”巡洋舰帮带大副。

光绪三十年，黄钟瑛调任“海琛”巡洋舰帮带大副。

光绪三十三年冬，黄钟瑛调任“镜清”炮舰管带兼清政府海军部参谋官。

光绪三十四年，黄钟瑛调任“飞鹰”驱逐舰管带。

宣统元年(1909年)十二月十四日，黄钟瑛调任“海筹”舰管带。

宣统二年十一月，清廷改筹办海军事务处为海军部，黄钟瑛充任清廷海军部参赞厅三等参谋。

宣统三年初，黄钟瑛回任“海筹”舰管带。黄钟瑛治军，纪律严明，事事认真，且知人善用，关心下属疾苦，故深得人心。

武昌起义爆发后，海军提督萨镇冰接到赴援的命令，电令驻守粤洋的黄钟瑛督带“海筹”舰协同“海容”舰连夜北上驶往武昌协助弹压。九月二十一日，萨镇冰以“身体有病必须赴沪就医”为由，自行引退，离舰出走。临行前，指定资格最深的“海筹”舰管带黄钟瑛为舰队队长。萨镇冰离开舰队后，黄钟瑛即下令“海筹”“海容”“海琛”三舰开赴九江。九月二十二日，黄钟瑛率领“海筹”“海容”“海琛”三舰到达九江，召集“海筹”“海容”“海琛”“江贞”“江利”“楚同”“楚豫”“湖隼”“湖鹗”“湖鹰”诸舰艇管带会议，决定“各行所愿”。九月二十三日，“海琛”舰首先起义，黄钟瑛也率领“海筹”舰易帜，同行各舰艇也纷纷响应。

1912年1月1日，中华民国临时政府成立。1月3日，孙中山任命黄钟瑛为南京临时政府海军部总长。10月28日，黄钟瑛因操劳过度，大吐血，被送入上海红十字医院治疗。11月6日，北京政府临时大总统袁世凯明令授予黄钟瑛海军中将衔。12月4日，由于诸症并发，黄钟瑛终因医治无效去世，临终前对身边人员“交代一切公事，目始瞑”。

武昌起义后，海军统领萨镇冰率长江、巡洋舰队进驻武汉江面，见军心同情革命，弃职离去，由黄钟瑛率舰队下驶至九江。这时黄钟瑛已倾向革命，告诉官兵：“我们是汉族人民，应当效忠于祖国，时机已到，不可错过”，“诸君有志革命，以求复兴我中华，一定要划除旧习，严于自治，决不可损害军人的名誉，贻我人民以羞耻，这是我所厚望于诸君的。”于是首先率领“海筹”舰易帜，同行各舰亦相继起义。

起义后，黎元洪委黄钟瑛为第一舰队司令。起义舰队分为两队，“海容”、“海琛”、“海鹗”舰回驶武汉，声援湖北革命军；黄钟瑛率领“海筹”、“江贞”、“湖华”舰随李烈钧到安庆、大通（今铜陵）安抚军民。宣统三年九、十月间(1911年11月)，汉口、汉阳相继被清军攻占，黄钟瑛应黎元洪电召，率舰队往武昌救援。

南北议和开始后，前线暂时停战，黄钟瑛因长江水位急剧退落、除留“江贞”舰在武昌听用外，即率舰队回到上海高昌庙。各舰代表在上海选举程璧光为海军总司令，黄钟瑛为副司令。因程璧光在英国，黄钟瑛代理总司令。

民国元年(1912年)，中华民国临时政府成立，孙中山就任临时大总统，任命黄钟瑛为海军总长兼海军总司令。遵于南京临时政府和孙中山关于北伐的军事部署，黄钟瑛倾力组织海军北伐舰队。北伐舰队护送北伐军抵达烟台和大连等北方重要港口，巡弋大沾、登州、营口等渤海湾要塞，威胁北京，有力地促进了北方地区革命形势的发展。黄钟瑛为巩固共和政体，决心整顿海军，发表通告，要求海军将士共守军法革除以往的“权利思想”，“必使国民心理陷于旧社会之习惯渐染者，莫不扫除更新”。

同年3月，袁世凯就任临时大总统后，黄钟瑛请求辞职，并举荐刘冠雄任海军总长，经挽留，黄钟瑛仍任海军总司令，统辖各舰队及学堂练营、水雷营、医院、造船所等。黄钟瑛为维护新生的共和政权，视事七个月期间，工作往往“自旦至夜，讫无休息”，有人劝黄钟瑛节劳，回答日“国基新创，列强环瞩，建威销萌，有赖海军，决不当积习相沿，不加整刷，使军国大计，陷于因循玩忽之中，有负人民属望”。虽染疾病而始终不废治事。病重弥留时，仍“喃喃交代一切公务，语毕而目才瞑”。

民国元年12月4日病逝。孙中山参加黄钟瑛的追悼会并致悼词，送给黄钟瑛的挽联写道：“尽力民国最多，缔造艰难，回首思南都俦侣：屈指将才有几，老成凋谢，伤心问东亚海权。”

民国海军既立，而钟瑛忝为之长，辞不获命。内顾才力，外审时势，惧弗胜任，以贻我国民羞。今者受事方始，经纬百端，所愿与诸君黾勉以成，初终如一者，唯此诚恳之忱，掬以相告，诸君或加之谅，岂为钟瑛一人之幸？而大局所关视此焉。和议无成，战机复启。水深火热之同胞，其未离满清羁轭者，被发缨冠之救，所不容旦夕稍缓者也。抑国民风发雷动，掷无数生命，为之前驱，大功未竟，为待后起者之观厥成。然则，我军人于此，当如何激昂奋励，兴全国之师，海陆分驰，互为策应，矢敌忾同仇之义，无有携心；处惊波骇浪之中，勿萌退志，必使澄清寰海。天职既完，而后可告无罪于国民，树海军名誉之先，于是乎在此作战之宜亟图者也。钟瑛承乏海军，历有年所，兢兢自失，循分守职，周敢逾越。诚念吾人心身，有法律以为范围，而后不失自由，克保名誉；否则，躬蹈大戾，莫之或恤。今与诸君申明军纪、刑赏黜陟，具有科条。苟为莠类，足以害群，法之所在，无或瞻徇。其有特功异能，尽瘁效命，则信赏以劝，亦弗敢后。且钟瑛勉任艰巨，举措之际，苟有不协于公者，执法以绳，匡救其失，亦唯诸君是赖，此军法之宜共守者也。自昔权利思想，深痼人心，高官厚禄，以为人世歆美之端。于是忮求之念，争竞之风，因缘而生，不可究诘。由今而思，时势所造，必使国民心理陷于旧社会之习惯渐染者，莫不扫除更新。而后共和政治之推行，乃沛然而无所阻。钟瑛唯不自弃义务，而惧权利所在，足为丧身败名之阶。诸君有以义务为重，不汲汲于权利者，钟瑛之所与同也；否则，各为私计，置大局于不顾，内启纷争，授外力以间隙，造因实微，胎害至巨。事变之乘，可为恫心！此旧习之宜悉除者也。审是则强国之基赖之以固，推行之效，循序而进。他日大局既定，所愿推举贤才，肩兹重任，使中华海军之徽，雄视五洲，耀我民族。而钟瑛亦得退处于无能之分，以遂初衷。是则旦夕所为盼祷者，唯诸君鉴之。

—— 黄钟瑛

子：黄忠琨，大学毕业前夕不幸因病去世。

孙：黄汉锵，毕业于清华大学，曾任江西省建筑工程师；

黄信仿，毕业于上海专科学校，初任职于大专学校物理教员，后被借调到了海关，从事缉私工作。