1949年赴苏联的莫斯科大学留学，并取得哲学博士。1953年他回到朝鲜，并于金日成综合大学出任哲学系主任。1954年担任大学研究院负责人。1958年出任党中央书记室的理论书记，成为金日成的秘书，此后得到金日成的信任，一直都担任党内要职。1963年就任金日成综合大学校长，亲自指导金正日兄妹们的学习。

1966年，当选朝鲜劳动党中央委员会候补委员；1972年，当选为朝鲜最高人民会议议长和最高人民会议常委会委员长。1979年，就任主体思想研究所所长，随即担任主管科技教育的朝鲜劳动党书记。1984年，就任朝鲜劳动党国际部书记，1993年担任劳动党对外宣传理论问题委员会委员长。

1997年2月，在日本出席过与主体思想纲领相关的会议后，在北京转机时到韩国驻中国大使馆申请政治庇护，前往韩国逃亡。主张推翻金正日政权，不支持韩国前总统金大中的阳光政策。他还指责美国对朝鲜在朝核六方会谈上的绥靖政策，称美国为“依附于既得利益阶层的老朽国家”。他是朝鲜至今变节到韩国的最高级官员，而由于他的变节，使他的妻子和长女自尽，其余的家人亦被送往劳改营进行“劳动改造”。

对于他出走的原因有四种说法：根据他个人在流亡时所声称，是他在研究主体思想时，洞察到思想的问题，从而推翻自己过去所建立的思想体制。另一个说法说，黄长烨要出走的原因，其实是因为自从金日成在1994年病逝之后，他得不到金正日的信任，所以出走。在日本，有报章指他的出走其实是因为与一位在中国大陆居住的朝鲜女性有不伦关系。最后，亦有指他的亲人在他出走之前就已经被送进劳改营。基于朝鲜采取连坐的制度，为免与亲人一起被关进劳改营，所以趁到日本访问后在北京转机时变节。不过，他的妻女却不能幸免，但基于黄长烨的身份而“恩准”自尽。

黄长烨在回忆录《我看到了历史的真谛》中详细叙述了他亡命韩国的真相。1997年初他受邀到日本参加国际问题研讨会，实则是到日本寻求粮食援助，但无果而归。他知道没有完成金正日亲自交给他的任务，回国后会是最严厉的惩罚。另外，自从金日成在1994年病逝之后，他一直得不到金正日的信任，因此作了人生的重大抉择。

事后他说是在日本时就萌发了叛逃的念头，可是到达日本，他就有一种不详的预感，不得不改变了计划。日本“朝总联”（旅日朝鲜人联合会）来的人以保护他为名，一刻不停的跟在他周围，使他根本没有脱身的可能。他甚至怀疑金正日似乎看出了什么，然后给“朝总联”发了特别指示，密切集中监视自己。因此，黄长烨不得不改在警戒相对疏忽的下一站中国选择叛逃。

回朝鲜需从东京乘飞机到达北京再转列车到平壤，黄长烨住进朝鲜驻华大使馆。次日1997年2月12日上午9点，黄长烨和副手金德弘躲进韩国驻北京总领事馆附近的一家酒店百货店去买东西，那不过是个借口，事实上他们是去会见帮助逃亡的人，商量叛逃事宜。之后，他和助手便乘出租车直奔韩国驻华大使馆，两人进去就受到了庇护。而朝鲜驻华大使馆九点正在准备举行酒会欢送黄长烨回国（黄所乘的列车是十一时开），宾客等了好久还不见主角到场，大使馆慌忙派人四处奔波寻找其去向。韩国驻华大使馆于11点30分向北京政府通报了黄长烨和副手金德弘逃亡的消息。下午5点30分，韩国政府发布公告，宣布接受黄长烨和金德弘的亡命申请。

得知黄长烨和金德弘叛逃的消息后，朝鲜动员了在北京的朝鲜留学生到韩国驻华大使馆示威，还派出了数百名保卫部要员，企图穿过中国警察的警戒网，进入韩国驻中国大使馆实施暗杀。不过，两次努力最后都失败了。中国政府动员了1000名武装警察以及装甲车来强化大使馆周围的警备，显然中国政府不希望事情最后演变成发生在中国的国际丑闻。

朝鲜想强行抢回黄长烨和金德弘计划失败了。中国也发布公告，说韩国并没有绑架黄长烨和金德弘二人。最后，朝鲜发布公告，“变节者想走就走吧”。巧的是，朝鲜发布公告宣称黄长烨是变节者的那天，正好是他的74岁生日。

1997年3月7日，时任中国外交部长钱其琛在调查了这一事件的真相后，根据国际法和国际惯例，同时也为了朝鲜半岛的和平稳定，表示将妥善处理。

1997年3月14日，时任中国总理李鹏召开记者会，表达对这一事件的中国立场，希望韩国政府在1个月内将黄长烨和金德弘转移至第三国。3月15日韩国政府和中国政府的谈判达成协议，并于1997年3月18日，黄长烨和金德弘二人被送往菲律宾。

最后，于1997年4月20日上午，黄长烨和金德弘二人乘专机从菲律宾出发，下午到达最终目的地韩国首尔。

在到达韩国之后，仍然执着于主体思想的研究，还曾称在金大中政府感受到被韩国国家情报院暗杀的威胁，更曾试图再次流亡美国，组建反金正日的朝鲜流亡政府，并想亲自担任流亡政府的领导者。

2010年10月10日，上午9时30分左右，黄长烨被发现死于韩国首尔江南区住宅中。报道称，黄长烨每天上午9点30分会坐到2楼客厅圆桌前的椅子上，但10日上午他未按时出现，负责警卫的职员用值班钥匙开启2楼客厅和寝室后，在浴缸内发现其尸体。据悉，当时浴缸里的水还是热的，黄长烨全裸半坐在里面。韩国警察在初步调查后表示，考虑24小时贴身警卫和家中没有外人进出的迹象等，很可能是自然死亡。

消息一出，猜疑纷至。韩联社称，有人怀疑，黄长烨死亡30分钟后就是朝鲜领导人金正日和继任金正恩检阅部队的时间，黄的死可能与暗杀有关。为防止类似猜测不断出现，韩国警方当日在国立科学搜查研究院和国内法医学者的鉴定下进行了尸检，并将调查黄的警卫人员和分析监控录像。

韩国政府一直对黄长烨实施特级警卫。24小时有国家情报院提供的专门警卫小组贴身保护。为防朝鲜特工接近，黄长烨的具体居住地始终是机密。韩国媒体称，只知道是一栋2层小楼，周边有很高的围墙，在小楼和围墙之间是受到严格训练的猛犬。黄长烨活动的2楼有寝室、办公室、书房和衣帽间等，窗户用防弹玻璃制成。小楼1层是警卫组工作场所，有闭路电视和感应器监视。黄的警卫员有20多人，个个都是重武装。韩国媒体称，黄的起居地受到最高级别的安全警卫，外部侵入的可能性几乎为零。

黄长烨是迄今朝鲜变节的最高级别官员。据日本《每日新闻》此前披露，朝鲜最高领导人金正日在黄长烨叛逃后怒骂： “黄长烨是猪狗不如的叛徒。”韩国《朝鲜日报》称，黄长烨是朝鲜头号暗杀对象。黄长烨2010年3月访美后，朝鲜媒体对其发出威胁称， “谁也不能保障他不会出现问题”。2010年4月，韩国宣称破获了一起针对黄长烨的刺杀阴谋，并逮捕了两名冒充脱北者的朝鲜特工。此后，韩国再次提高了黄长烨的警卫水平。

调查进展

韩国国家情报院和首尔中央地方检察院公安1部10月19日称逮捕了一名朝鲜侦察总局特工，并称这名特工的任务是潜入韩国刺杀不久前猝死的朝鲜叛逃高官黄长烨。

据韩国《朝鲜日报》10月20日援引韩国警方的介绍称，这名朝鲜特工2009年11月接受了朝鲜侦察总局“杀掉叛徒黄长烨”的命令，然后通过东南亚于2010年8月进入韩国。结果在韩国情报部门的联合审查下，暴露了朝鲜特工的身份。

报道称，朝鲜人民武力部下属的侦察总局是朝鲜对韩间谍工作的指挥部，该机构2010年年初曾派遣2名朝鲜特工来到韩国暗杀黄长烨，结果被韩国情报部门抓获。　

迄今朝鲜叛逃的最高级别官员黄长烨10日在韩国首尔居所身亡，终年87岁。同日，朝鲜举国共庆劳动党建党65周年。因黄长烨死亡突然，且日期敏感，韩国方面为杜绝传言当日即展开联合调查及尸检。根据韩警方10日下午发布的消息，黄长烨之死被排除自杀或他杀嫌疑。

2010年10月14日黄长烨的出殡仪式在韩国首尔举行。当天朝鲜方面首次就黄长烨的死亡公开表态，称“这是上天的诅咒”、“这就是叛徒的末路”。

据韩国《朝鲜日报》10月15日报道，朝鲜祖国和平统一委员会旗下网站“我们民族之间”在14日下午发表了题为《背叛者的命运》的评论。文中写到：“当从未有过的苦难岁月来临时，他（黄长烨）背弃我们的党，甚至抛下血脉相连的亲人，为一己的享乐和安逸逃到了南边。死亡是上天对他的诅咒。”文章还指出，“背叛太阳和上天的人早晚都会受到惩罚，这是历史的真理！”

韩国《朝鲜日报》2010年4月21日报道

朝鲜侦察总局间谍金养浩和金桂冠潜入韩国试图暗杀黄长烨，但4月20日被韩国相关当局逮捕。国家情报院（简称国情院）和检方称，两人于1992年被选拔为朝鲜人民武力部侦察局（现侦察总局）战斗员，2004年起在朝鲜军队接受高强度的对韩间谍及暗杀训练，是特工人员。两人在10几岁时进入人民军，从相当于二等兵的“战士”起步，晋升为“少佐”，1998年加入朝鲜劳动党并成为模范党员，还曾获得国旗勋章。该勋章是朝鲜向为劳动党和共产主义社会建设做出贡献的人颁发的。

调查发现，两人为潜入韩国制定了周密的计划。

2009年11月侦察总局要员在平壤万景台招待所命令两人“伪装成脱北者”，如果偷渡到中国，就前往吉林省延吉市的侦察总局联络处再次接受行动计划。

据韩国国情院和检方透露，两人从万景台招待所出发，经过元山、咸兴、清津，来到与中国吉林省三合接壤的会宁，趁天黑躲过中国军队的视线，越过了图们江。随后两人前往中国延边朝鲜族自治州首府延吉，在侦察总局联络处与相关人员见面，获得手机和资金，12月为止集中接受了关于身份伪装、建立根据地等的教育。两人与延吉当地的侦察总局人员介绍的中间人进行接触，与其他的脱北者一同潜入泰国，在泰国被警方逮捕并被驱逐出境，先后于2010年1月和2月通过仁川机场入境。

亲自向金养浩和金桂冠下达“暗杀黄长烨”命令的，是朝鲜对韩间谍总部——人民武力部侦察总局总局长、人民军上将金永哲。两人在接受国情院调查过程中详细地交代了命令的内容。金永哲指示“先调查黄长烨的居住地址和常去的医院等活动路线，然后进行报告。”金永哲还亲口说：“杀掉黄长烨这个眼中钉。”

据两人交代，侦察总局命令他们尽全力完成任务，但同时也做出了任务失败后的下一步指示。两人向韩国国情院供述说：“我们接到的命令是，如果任务失败或不尽如人意，就前往第三国进入大使馆（朝鲜驻外使馆）取得联系并等待下一步的命令。”

两人伪装成脱北者先后于2010年1月和2月入境，但在韩国国情院实施的联合审讯中露出马脚。韩国国情院对入境的脱北者实施联合审讯，以确认脱北的真正目的和经过等，但这两人在此过程中使用假名并隐瞒出生地等。尤其金桂冠还谎称自己是黄长烨的亲戚，称“因为是黄长烨的亲戚而无法升职，所以决定到南朝鲜。”

韩国国情院发现两人的供述与之前积累的对朝情报有出入，便让两人与其捏造的个人信息同一地区出身的脱北者进行对质。结果两人的回答漏洞百出，因此被确认是“冒牌脱北者”，他们最终承认是“侦察总局派出的特工”。

调查人员起初对侦察总局特工这种说法也持怀疑态度，但两人对侦察总局的陈述与政府掌握的情报一致，便确认属实。

据韩国方面在黄长烨叛逃后所做的调查表明：他的家人有妻子朴承玉和1男3女，一直生活在中央党委书记级干部居住的平壤普通江区域西将洞的单独居住区。