万历四十七年（1619）进士，授诸暨知县。历任会稽知县、礼部主事、礼部员外郎。因为不愿依附权势熏天的魏忠贤，贬为浙江督学佥事。历任杭严副使、南直粮储参议。因得罪周延儒，调任山东督粮，官至浙江巡抚兼佥都御史。

崇祯十七年（1644），命游击郑天鸿率五千人北上勤王，在镇江被马士英阻止。因平乱失利而罢官。

隆武元年（1645），唐王朱聿键在福州称制，历任兵部右侍郎、兵部尚书兼东阁大学士，隆武帝依为重臣。清都统图赖大军压境，退入分水关。隆武帝大怒，逮其子职方主事黄天复下狱，并命建宁府逮捕黄鸣俊。黄鸣俊惧怕而请求自效。后降清，授五品官，一日惭愤而卒。

子：黄天复，曾任南明隆武政权兵部职方司主事。