1765年，黎贵惇辞官归乡，杜门著书，讲学授徒。

黎贵惇颇受靖都王郑森赏识，1775年前其官职屡有升迁，曾出任陪讼（副宰相）。他先被起复为侍书，后因讨平黎维(礻密)义军有功，迁副都御史。1769年由颖城伯晋封为侯。1770年，黎贵惇受命前往清化勘察户口，查补军项，返京后进呈清化民所送赂银百余镒，不久擢工部左侍郎，署都御史。黎贵惇与宦官范辉锭过往甚密，1773年，郑森以范辉锭署府事，黎贵惇人侍陪讼（副宰相），并以黄五福等掌督兵政，范辉锭掌督财政，黎贵惇掌督民政。

1775年，黎贵惇之子黎贵杰科场舞弊事发，此后又因其他事而遭弹劾、攻击。1776年他出任新设顺化镇抚司协镇抚。1778年，自请改入武班，被授为右校点权府事，改爵义派侯。1779年被解职，1781年起复，任国史馆总裁。

端南王郑楷执政后，于1784年3月，升黎贵惇为工部尚书。同年4月，黎贵惇去世，享年53岁。郑楷闻讯后，命黎显宗罢朝三日以悼之，并追赠其为颖郡公（颖城郡公）。

黎贵惇认为：“太极者一也、混元一气也。一生二、二生四、以成万物、是太极有一也。[12]”。传统的观念认为，天属阳、主动；地属阴、主静。黎贵惇认为此为“分配之言耳”，“天不静则四维何以安固、七政何以附丽？地不动则只快然一物，而生意几宁息矣”，他得出结论：“天形动面气静，地形静而气动[12]”，提出了“天静地动”的看法。

黎贵惇还以“风气”之说来解释天地之间的运动变化，认为天地皆“风气”。天气下降、地气上腾，由此产生“风气”而周旋于天地之间，引起事物变化。他认为，“风气”存于天地间，“无时不有，非动时有静时无也”。

他从“天人感应”的思想出发，推崇“天人合一”、“天人一理”之说，认为人与自然是可以相通的，是和谐的，人与自然可以齐一。黎贵惇提出天人合一的关键在于“道”，“象数之妙、散于形气、自无出有、自有人无、杳微彰著之间、莫非道也”，“道在事物、事物有道、远而际天蟠地、近而人伦日用、莫不有其理焉，有其义焉、君子固不容以不知也”。人能知“道”，合“道”的方法就是要“正心”、“虚静”，此即“天人合一”之理。

黎贵惇的“理”、“气”观，受到中国宋代理学的影响较大，也据此进一步提出了一些自己的思想。他认为：“盈天地之间皆气也。理者言其实有而非无耳。理无形迹、因气而见、理即在气之中”。“理寓于气、数由于理、生于心、作于事、气之验也”。

现代越南学者认为，黎贵惇“已经走入宋儒唯心之门，又从唯物的道路走出”，因为黎贵惇一反理为本的思想，认为理因气而生，理存在于气之中，有气后有理，理为气之属性，无气则理无所依。

黎贵惇大体上接受并发扬了宋儒朱熹的思想。他在《阴骘文注》中写道，阴骘文“使人慕于为善而不敢为恶、其有关于世教大矣”。他认为：

“ 人莫不有人心、莫不有道心、人心是人欲、道心是天理、顾得一分天理，便稍得一分人欲、人欲胜则为恶、天理胜则为善。 ”

黎贵惇认为，善恶必有报应，而且对于家庭和国家都关系重大。“行善则近报在自己、远报在儿孙”，“百福骈臻，千祥云集”。此即所谓“积善有余庆”、“积善降百祥”之意。由此，家“可以膺吉康、成福禄”，国“可以厚风俗、跻太平、其道甚大”。

黎贵惇在扬善抑恶的目的看法上，与朱熹较为类似，都是要追求圣人君子的境界，圣人具有“道心”，能专一于“天理”，即“克己复礼、天下归仁”的思想。他编著《阴骘文注》的目的，即为“普劝人士、共期克己复礼、据德怀仁，以趋于君子之域”。

越南黎朝“崇儒重道”，独尊儒学，而对释、老之说多所轻视，而黎贵惇则表现出兼容并蓄的思想。他认为，佛教、道教清虚超寂，高谈道德，纵论形神，自有其高明之处，“吾儒执彼此之见，每每辩驳，其可乎”。释、老之教，地位尽管多有变迁，但“玄风妙法，实与天地相为不朽”。黎贵惇以“气”、“道”之论来说明仙、释的合理性，认为“形神皆资气以立、气聚则道成、散则道不成矣”。

儒家先贤著述讲学的目的之一便是明天地、正人心，因此对神灵、怪异等少有论及。但《左传》一书多载神怪之事，黎贵惇据此而认为：“大抵天地之间不出阴阳二气而已。气即理也，知此理此气之未尝无，则知鬼神之非无矣”。

十八世纪前后，越南上流社会对西方文化普遍表现出抵制、防卫甚至蔑视的态度，不愿过多接触西方文化。黎贵惇对待近代西方文化和科学持较为开明的态度，他愿意了解和接受中国、越南等东方国家以外的世界。黎贵惇出使清朝期间，阅读了一些西方传教士在华的著作，他曾评价欧罗巴人利玛窦、南怀仁、艾儒略等：“说天道地、渊奥无穷、治理历法、亦多先儒所未发。”

他曾征引《坤舆图说》中关于大气浮力的学说，以证明其认为天地间有气充盈之观点的正确。黎贵惇广泛研读《坤舆图说》、《地理志》、《四裔列传》、《佛国记》、《使高丽录》、《元征西域记》、《真腊风土记》、《郑和下西洋记》等著作，相信赤县九州之外还有“大瀛海环其外”的九州，并认为宇宙乾坤是无限的，“广轮际蟠、寥廓绵邈、无穷无极”。

黎贵惇在顺化期间，阮主政权的一位工匠阮文诱曾留学荷兰，对西方科技知识比较熟悉，于是将其事迹加载其著作中，而当时的其他学者对于这种身份低微的匠人却很少关注。另外，他亦在其著作中详细记载了西方的两种自鸣钟及其运行原理，并非将其视为“奇技淫巧”而摒弃。

中国传统的“华夷之辨”思想广为越南士大夫阶层所接受。另外，一些古代越南文化阶层也自认为是神农之后，以“华”、“汉”自称的情况在越南封建时代经常存在。而在强调越南自身也为“华”、“汉”的同时也尽量突出本民族特征，并强调自身文化的优秀以及同中国的差异。

这种文化形态在包括黎贵惇在内的越南传统知识阶层都有所体现。黎贵惇认为：“越邦肇启、文明无逊中国”。他曾对比汉代交趾郡与南海（今属广东）、苍梧、合浦、郁林（今属广西）的户口、地域数量、范围等，认为交趾发达于南海等郡，并以交趾刺史兼统两广而治于龙编（今河内）为据，认为“以本国都城为正中之地、四方之所凑会”。此以国都为天下之中心的观点，与中国古代的天下观念极为相似。黎贵惇在出使中国期间，他对清朝官员在文书中使用“夷官夷目”来指称越南使臣非常不满，并向广西布政使叶存仁提出交涉。

越南后黎朝时代，经济文化达到了一个新的高峰，文化名人增多，著述载籍逐渐丰富，民族意识也同时凸显出来。黎贵惇是一个比较具有民族意识的学者，他对越南本民族文字、文学都做出了很大的贡献。

应举时，黎贵惇使用喃字作散文，冲击越南科举必须完全使用汉字的成规；入仕后，突破朝廷必须行汉文（文言文）的规定，用汉喃文作奏折。他的著作中，也有很多使用本民族的喃字著成的。

黎贵惇以“融会”和“创造”的精神来整理、审视并反思越南文化，他在其著述中经常赞颂越南历史上的名人，如参与营建北京紫禁城的阮安、发明神铳的胡元澄等。

与中国类似的，越南传统的士大夫将“三不朽”的“立德”、“立功”、“立言”作为自己的理想和追求。在“立言”这方面，黎贵惇则可以被视为越南传统士大夫的典型代表。越南封建时期，没有任何人想黎贵惇那样著述丰富，著书立说犹如他的人生目的。黎贵惇在他30岁之前，已经撰写了《群书考辨》、《圣谟贤范》等书籍，晚年著成《抚边杂录》。其著作一共约有50部，现代越南学者考证确定的著作有14部。著作的内容涉及哲学、史学、天文、地理等诸多方面。

在可确定的黎贵惇的14部著作中，有7部与哲学有关。另外的一些哲学著作如：《金刚经注解》、《道德经演说》、《存心录》、《太乙卦运》等极有可能也是他的著作。由于黎贵惇在著作大多以抄本流传，关于其著作的成书年代、卷次内容、抄录传藏等方面不少需要考定的地方。黎贵惇的一些著作中的不少内容为编辑校订、抄录转述、述而不作。述而不作也是黎贵惇学术研究的一个特点。他的哲学和史学著作多为先贤语录、经典所载内容和其他资料的分类抄录编辑，正如其自云：“据纸上文字，采诸传记说话事迹，标指眼目，略加概括，即可成帙”。

下面将列出的是黎贵惇的部分著作：

哲学类：《芸台类语》九卷，《群书考辨》二卷，《圣谟贤范》十二卷（又作《圣谟贤范录》），《见闻小录》十二卷，《阴骘文注》二卷，《书经演义》三卷，《四书约解》（由汉喃文著成）

史学类：《黎朝通史》，《北使通录》

文学类：《全越诗录》，《桂堂诗集》

黎贵惇所作的《桂堂诗汇选全集》、《全越诗录》、《桂堂诗集》等都有一些突破封建伦理道德观念的题材和内容。如，《妈妈我想嫁》一诗，大胆暴露和辛辣讽刺了封建礼教对妇女的禁锢。

黎贵惇著述丰厚的原因主要有以下几点：

首先，他出生于书香门第，自幼饱读诗书。其自云：“仆生于安南、见闻未广、但幼奉庭训、兼陪坚士大夫游、累代典籍、幸得窃窥旨奥。”

其次，黎贵惇多次供职于史馆，又曾于郑王府任要职，得以接触和利用很多文史资料。有人认为他为了写作《群书考辨》，曾“读遍十八世纪所能见到的各种汉文典籍”。

再次，黎贵惇治学严谨、勤于阅读、抄录，平时读书所得，均随笔记之，并分类收藏。其仕途坎坷，失意之余则闭门谢客著书立说，几次仕途起落也使他有了收集材料著书的时间。

根据史料，黎贵惇有三次短暂的讲学经历。第一次是在1765年至1766年间，他辞官在家，讲学授徒；第二次是在1776年出仕顺化的六个月中，曾经视察学宫，并与“诸生讲学论文”，鼓励上进，“诸生就学数十人”；第三次是在1783年出任乂安协镇抚期间，因为政事不多，当地人常来问学，“乃广开 学社，学者数百人”，至同年十二月复回朝任职。除此以外，黎贵惇平日也有很多追随的生徒。《皇越诗选》的编著者人侍行参从继烈侯裴璧、御史台署副都御史镐译伯陈公烁、人侍陪从行兵番机密事物阮廷简等黎郑统治集团的重要人物，皆出自黎贵惇门下。

1760年至1762年间，黎贵惇被选为如清岁贡副使，与正使陈辉宓等人出使中国。在中国期间，除修贡外，黎贵敦在京城参观了文庙，历览山川，询访治体，“观上国政治如何、人物如何”，其亦与中国官员和其他国家使节团交往颇多，唱酬应答，诗书相赠。

在中国的两年间，黎贵惇将其所著《群书考辩》、《圣谟贤范》赠与清朝伴官秦朝釪，广西提督学政朱佩莲评阅，并就有关哲学、史地等问题与他们交流探讨，还在京城与朝鲜使臣鸿启禧进行了交流。回国之前，黎贵惇采集了一批书籍准备带回越南。有些书籍因违禁令，在返回途中被广西的官员查缴，购书的花费由中国地方官员支付。黎贵惇一行被查收的书籍包括：《渊鉴类涵》（后发还）、《智囊》、《千古奇文》、《神相全书》、《古今治平略》、《紫微斗数》、《封神演义》、《梅花易数》、《说铃》、《击壤集》、《贪欢报》、《山海经》、《大清律》等数十种。黎贵惇对《渊鉴类涵》一书非常重视，专门呈文请求发还。他认为“此书内纂时类诗文、人伦臣道”，可以“广同文之化”。

黎贵惇生活在越南后黎朝的郑阮纷争时代，国家长期处于内战和分裂之中。黎贵惇认为礼乐法度，应该“应辰（时）立教，通变宜民”、实行改革。1764年郑主政权的郑楹执政时，他曾上疏请“立法度、定经制”，建议权时之变，厘定法制。他认为“法制者、亦惟设官职、经文伟武、谨虑审令、劝学立教”，整顿社会秩序，以达到“威令禀然”、“分义秩然”、“礼文灿然”，“消？内外臣民凌戾乖争之气”，正人心，维风俗。但其主张当时并未被采纳。1767年，靖王郑森执政后，黎贵惇又屡有上疏谏言，颇受重视，1771年，黎贵惇就限制黎氏朝廷权力、某些官职的选任方式、勘察土地及增加兵役丁数等方面提出改进措施，表陈四事，郑森“皆以为然、即令行之”。

另外，黎贵惇还主张减轻刑罚、蠲免钱粮，使民得以生繁。1776年他出任顺化协镇抚后，提出治理顺化的首要任务在于“奠民居、通民利、祛民害”，显示出其“民本”的意识。