中华凤头燕鸥在中国东北部为夏候鸟，南部为冬候鸟。每年的4-9月，中国福建省长乐闽江口鳝鱼滩湿地上，这些神秘的海鸟随着每日潮涨如约而至。它们在这里嬉戏、休息，然后飘然离去。长乐闽江口的鳝鱼滩，江风与海风际会，咸水和淡水交融，滩涂平坦宽阔，潮汐徐缓，波澜不惊，是海鸟眼中的极乐世界，各种水鸟云集这里。这些中华凤头燕鸥远道风尘仆仆地赶来，它们是过来洗澡、求偶、跳求偶舞的，它们把最漂亮的瞬间展示给世界，然后便飘然离去。

中华凤头燕鸥频繁的在海面上空飞翔，飞翔时嘴垂直向下，两翅煽动缓慢，有时又在空中翱翔，它们能在空中搜觅和发现水下鱼类。当发现鱼类时，则两翅一收，突然一下扎入水中捕食，捕获后立刻振翅上升。有时又长时间的飘浮于海面上。或在海边浅水处沐浴。晚上多栖息于岸边悬岩或岩石上。主要以鱼类为食。也吃甲壳类、软体动物和其它海洋无脊椎动物。觅食主要在水面。

2021年4月16日消息，近日，6只国家一级保护动物中华凤头燕鸥现身福建泉州晋江市围头湾。据了解，此次观测到6只中华凤头燕鸥，是2021年以来当地发现数量最多的一次。

2022年4月8日，发现总共有6只中华凤头燕鸥再次现身泉州晋江围头湾。同年5月21日，在宁波象山，韭山列岛国家级自然保护区一次性发现86只中华凤头燕鸥，创下全球观测纪录。

分布于中国、印度尼西亚、马来西亚、菲律宾和泰国。繁殖于中国山东海岸，迁徙和越冬于广东、福建、菲律宾、婆罗洲和马来半岛海岸。

在闽江口湿地沙滩上交配，4月始，刚刚到达中国闽江口的中华凤头燕鸥开始了叼食求偶行为，为繁殖后代做准备。混群在数千只大凤头燕鸥中繁殖。中华凤头燕鸥的繁殖时间为5-8月，中华凤头燕鸥和大凤头燕鸥混群产卵，繁殖时间也基本同步；通常营巢于海边有稀疏矮小植物的沙地或沙酥地上。巢甚简陋。主要由亲鸟在沙石地上刨一浅坑，内无任何内垫物。一对中华凤头燕鸥一年只产1枚卵，由父母轮流孵化和共同饲育；它们以海洋上层小鱼为食，与海洋生态系统健康与否密切相关，是海洋生态系统的旗舰物种。刚出壳的中华凤头燕鸥雏鸟，全身毛绒绒的，洁白的羽毛布满黑褐色的斑点。它们一般会在巢里呆上几天后，才能四处走动。亲鸟们都忙着外出捕鱼了，雏鸟们聚在一起等着父母回来。一只中华凤头燕鸥留了下来，负责看护这些小家伙们。到了8月底，这些马祖列岛出生的中华凤头燕鸥幼鸟的羽毛逐渐丰满，嘴尖也有了些许黑色，与它的父母越来越像了。

列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN） 2018年 ver 3.1——极危（CR）。

列入中国《国家重点保护野生动物名录》（2021年2月5日）一级。

21世纪初，科研人员在闽浙沿海的岛屿上发现了它们的繁殖地，并通过繁殖栖息地营建和人工招引的方式帮助其种群恢复，环志、卫星追踪、调查监测等工作也在增进人们对这一神秘物种的了解。

2023年7月，浙江自然博物院、浙江象山韭山列岛海洋生态国家级自然保护区等22家联盟成员代表在浙江宁波象山一齐按下手印，宣告中华凤头燕鸥保护联盟正式成立。

在浙江象山韭山列岛的中铁墩屿，建设有中华凤头燕鸥研究基地。

中华凤头燕鸥，是中国最珍稀的鸟类，在世界鸟类红色名录上被列为极危物种，是极端接近绝种危险的最严重等级。 它在1861年首次被发现记录，但一直都非常罕见，直到2000年以前普遍被认为已经绝种。然而，在2000年有4只成鸟和4只幼鸟在福建省沿海的马祖列岛再次被发现，成为当年鸟类学界极大的新闻。2004年，在浙江省沿海的韭山列岛也发现了另一个繁殖群，这两个繁殖群是世界上残存的两个群体。

中华凤头燕鸥致危因素为栖息环境的污染和破坏。全球性依赖保护（Collar et al., 1994）。非常罕见。以往认为在中国山东沿海繁殖。2000年发现在福建马祖繁殖。该种为一极危物种，在2000年在中国福建省连江县一个大凤头燕鸥群集附近发现四头成鸟和四头雏鸟以前，曾一度被认为已经绝种。过去在中国山东省北部海岸、菲律宾、泰国、印尼、和沙劳越也曾有它们的踪影。2004年在浙江韭山列岛发现另一处繁殖地。

其数目的下降被归咎于滥采鸟蛋。它们能够在马祖存活，可能的原因是马祖过去为一处军事禁区，进入当地被限制有关。马祖已经成为一自然保护区。在中国大陆和台湾地区的海岸仍然有发现它们的可能：正在迁徙的燕鸥曾在八掌溪被发现。

中华凤头燕鸥是鸥科鸟类中最稀少的一种，它们是世界上最濒危的鸟种之一。自1863年被命名以来，到2000年，人类对它们一共只有6次确切的观察记录。因其稀少神秘，它们被学者专家称为“神话之鸟”。从前除了夏季在中国山东采得标本外，也于春秋季和冬季期间分别在中国广东、福建，以及印度尼西亚、马来西亚、泰国和菲律宾等地采到过标本。它繁殖于中国马祖岛和浙江沿海一带的岛屿，并在福建福州闽江口湿地觅食、活动。迁徙和越冬于中国南部沿海和东南亚。由于它自1937年以后一直未有任何可靠的报告，以至于人们都认为这一物种或许已经绝灭了，但在1978年和1980年又分别在河北和泰国有所发现，而1991年在黄河河口湿地也见到了3只。直到公元2000年在马祖列岛燕鸥保护区发现其繁殖纪录，这是世界第一次发现其有繁殖纪录的地方。世界仅存不到100只，由于数量稀少，濒临绝种，且经常混杂在凤头燕鸥鸟群中，不易观察，因此又名“神话之鸟”。

中国科学考察队首次连续在五个繁殖季节对中华凤头燕鸥进行考察。结果显示，这种珍稀鸟类的全球总数在三年间减少了一半，已经下降至不足50只（2010年）。

滥采鸟蛋是该物种的主要威胁，导致1999年、2001年、2002年、2003年和2005年，中华凤头燕鸥在中国马祖岛以及2007年在九山群岛的繁殖失败。对于2004-2013年间的45次筑巢繁殖尝试，鸟蛋滥采占巢穴失败的44%（Chen等人，2015）。2005年至2007年，浙江省鸟蛋的市场价值增加了一倍以上，刺激了更多人进入采蛋行业（Anon 2007a）。尽管加强了巡视，仍然会发生偷猎行为。台风也会导致较高的筑巢失败，在2004-2013年间，研究发现有48%的筑巢失败。许多归因于台风的因素（58%）。这两种威胁可能对物种产生的协同效应。保护繁殖地点可以降低死亡率，例如在2015年繁殖季节的台风中，提道岛（Tideun Dao）仅因为植被的维护促使雏鸟向岸边移动时得以保护而导致雏鸟死亡率降低5%，但并非所有的繁殖地都以这种方式受到保护。

在繁殖地附近捕捞贝类也会干扰鸟类繁殖。印度尼西亚东部越冬地区的捕鱼活动，包括炸药捕捞，构成了额外的威胁，但其范围尚不清楚。旅游干扰马图的海鸟繁殖，虽然禁止人们上岛，但没有直接证据显示数量影响。人类活动也证明了中国山东沿海地区的物种数量流失，这与20世纪50年代以来的人类在岛上的活动和发展有关。由于建造房屋、风力发电厂、灯塔和其他建筑物，因此中华凤头燕鸥缺乏合适的繁殖栖息地。

由于该物种生存地区的工业污染引起的有害“红潮”藻类大量繁殖导致鱼类死亡，减少了繁殖海鸟所需的食物供应。入侵物种也构成了威胁，帝皇眼镜蛇王和王锦蛇，都是吞食被困在筑巢岛屿上的燕鸥蛋、雏鸟和成鸟的物种。已经在繁殖地点（妈祖，稷山和五指山群岛）记录和发现大鼠，它们捕食燕鸥卵和雏鸟，没有直接证据表明对中国凤头燕鸥有影响，但是已经发现大鼠会影响混群鸟类群落，这其中有中华凤头燕鸥。由于物种数量规模较小，即使非常低的捕食水平也可能产生重大影响。

中华凤头燕鸥和大凤头燕鸥的杂交种已经在2008年以来在闽江口以及中国沿海的所有3个繁殖地进行了记录和拍照。鉴于数量规模非常小，这可能是对中华凤头燕鸥一个重大威胁（Chen Lin和He Fengli 2011）。

2021年4月消息。中华凤头燕鸥，又名黑嘴端凤头燕鸥，被世界自然保护联盟列入极度濒危物种，是“最濒危的100个物种”之一，现今全球总数约100只，被我国列为国家一级保护动物。

中华凤头燕鸥，比大熊猫还稀少的物种，踪迹神秘，被称为“神话之鸟”。自1937年最后一次被记录，它们曾“消失”63年之久，一度被认为已灭绝，直到2000年才在马祖列岛重新被发现。2004年，福建的观鸟爱好者第一次在闽江河口湿地观测到两只中华凤头燕鸥。此后每年4月到9月，这些夏候鸟都会如约造访。

2021年秋，山东青岛一处渔港码头出现37只中华凤头燕鸥。

2022年5月，多只中华凤头燕鸥在厦金海峡靠近澳头一侧的滩涂出现。据悉，该鸟种是国家一级保护动物，被列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》的极危物种，同时也被列入我国《国家重点保护野生动物名录》的一级保护动物。

2022年6月，央视《新闻直播间》播出《韭山列岛国家级自然保护区 今年已孵化出中华凤头燕鸥雏鸟32只》，报道了象山刷新两项“神话之鸟”全球观测纪录，32只、93只，刷新两项世界纪录！

2022年秋，山东青岛再次出现中华凤头燕鸥82只。

2022年10月，从福建省观鸟协会了解到，今年夏天该协会记录到全球极危物种、国家一级保护动物中华凤头燕鸥在福建近海无居民岛繁殖全过程，这在福建尚属首次。

2023年夏天，连江县东南海域的无人岛四姆屿，再次迎来远方来客。截至6月底，6对12只中华凤头燕鸥，跟随它们的近亲大凤头燕鸥，自南向北，结群而来，在这里筑巢、产卵。这是近年来中华凤头燕鸥在该繁殖区域记录数量最多的一次。

2023年11月1日，约18只中华凤头燕鸥现身山东省青岛市城阳区红岛街道的一处滩涂。