黑山派与白山派相对立， 故有此称。这两派为了争夺政权， 发生长期的流血斗争。黑山派在反对白山派斗争中， 借助叶尔羌王室残余势力和柯尔克孜族、哈萨克族部分部落支持分治南疆统治叶尔羌地区7年， 后来奉准噶尔为宗主， 独揽南疆统治权35年。清统一新疆时， 黑山派和卓因遭以波罗尼都为首领的白山派剿杀， 后裔幸存者避居中亚玛尔噶朗。在清代， 黑山派曾支持清政府反对白山派分裂叛乱活动，客观上起到了维护祖国统一的作用。该派在苏菲主义道乘上源自纳格什班迪耶教团。因其修道方式由该派创始人伊斯哈格倡导， 故名伊斯哈格派。主张高声诵念 “迪克尔”， “道乘”、“教乘” 并重; 每日礼拜以苏皮为首， 聚集一起， 环状围坐， 诵念 《古兰经》， 然后诵赞词或 “迪克尔”; 每逢朝拜麻札诵念 《古兰经》及赞词时， 还伴之以舞蹈; 实行依禅世袭制度; 设有依禅、苏皮、哈里发、阿皮孜等教职。与甘肃、宁夏、青海等地哲赫林耶派的支系门宦有一定渊源关系。