第五检察部。负责办理向黑河市人民检察院申请监督和提请抗诉的民事、行政案件的审查和抗诉。承办对黑河市中级人民法院民事、行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事、行政执行活动实行法律监督。开展民事支持起诉工作。办理相关民事、行政申诉案件。

第六检察部。负责办理法律规定由黑河市人民检察院办理的破坏生态环境和资源保护、食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益等损害社会公共利益的民事公益诉讼案件，生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域的行政公益诉讼案件，侵害英雄烈士姓名、肖像、名誉、荣誉的公益诉讼案件。负责对黑河市中级人民法院开庭审理的公益诉讼案件，派员出席法庭，依照有关规定提出检察建议。办理相关公益诉讼申诉案件。

第七检察部。负责对法律规定由黑河市人民检察院办理的未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理相关刑事申诉案件。开展未成人司法保护和预防未成年人犯罪工作。

法律政策研究部。调查研究国家公布的与检察工作有关的法律、法规、政策的执行情况，提出意见和建议。指导并组织开展检察理论研究和检察调查研究工作。负责司法体制改革综合协调相关工作。承担检察委员会日常工作。　　综合业务部。负责受理向黑河市人民检察院的控告和申诉，承办黑河市人民检察院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责案件统一受理流转、办案流程监控、涉案财物监管、法律文书监管、案件信息公开。统一组织案件质量评查、业务考评和业务统计分析研判。组织指导人民监督员工作。负责业务信息化需求统筹，指导全市基层人民检察院统一业务应用系统的应用。

检务督察部（巡察工作领导小组办公室与其合署办公）。承担全市检察机关执行法律、法规和最高人民检察院、黑龙江省人民检察院规定、决定的情况进行督察。承担内部审计工作。承担黑河市人民检察院党组巡察工作领导小组日常工作。

检察技术与信息化部。办理司法检验、鉴定、勘验、检查、电子证据等检察技术业务。规划、实施检察信息化建设与应用。

检务保障部。制定实施全市检察机关财务和装备规划，负责本级财务、国有资产、政府采购等管理工作。负责管理机关服务保障社会化工作。

干部部（警务部）。根据干部管理权限，协助院党组依法管理本院和基层人民检察院检察官及其他检察人员的工作。协同主管部门管理全市各级人民检察院机构设置及人员编制，制定相关人员管理办法。协同主管部门管理和考核全市基层人民检察院检察长。负责本院离退休干部工作。负责院机关目标考评和表彰奖励工作。负责管理司法警察工作。

基层工作部。负责制定和落实全市基层人民检察院建设规划、相关政策措施，指导全市基层人民检察院建设。开展全市基层人民检察院工作完成情况的综合评价和表彰奖励工作。

宣传教育部。负责开展检察宣传、意识形态和检察文化工作，管理新媒体。组织指导全市检察机关教育培训工作。

政治部。负责本部门本系统思想政治工作和组织人事工作。政治部的日常工作由干部部（警务部）、基层工作部、宣传教育部承担。

机关党委。负责黑河市人民检察院机关的党群工作。

王风华：党组书记、检察长

谷继军：党组副书记、副检察长

潘娟：党组成员、副检察长

程伟：党组成员、副检察长

滕海峰：副检察长

王春荣：党组成员

凌壮志：党组成员

2020年11月，黑河市人民检察院获得“第六届全国文明单位”荣誉。

2021年6月，黑河市人民检察院机关党委被评为“黑龙江省先进基层党组织”。

2021年12月，黑河市人民检察院第七检察部被全国妇联授予全国维护妇女儿童权益先进集体称号。