本目真菌产生黑色冬孢子集团，状如黑粉。冬孢子为二倍体，多球形，有各种颜色，孢壁有刺、疣、网纹或光滑，单生或结合成双或成球。孢子球易分离，或永久结合不分离。有的孢子球由一层不育细胞包围。

黑粉菌没有有性器官，质配发生于两亲和细胞间（两担孢子间、两分生孢子间或两者的芽孢间）。菌丝的片段也能互相结合产生双核菌丝。多数黑粉菌为两极性，其亲和性由两个等位基因控制。

黑粉菌的无性生殖产生分生孢子，单核菌丝或双核菌丝都能产生。分生孢子常生在小梗上，能强力射出。

黑粉菌具有重要的经济意义。它所引起黑粉病（或称黑穗病），如小麦散黑穗病等，可造成作物严重减产或颗粒不收（见黑粉病菌类）。