春季3-4月到达繁殖地，10-11月离开繁殖地前往越冬地。在福建部分终年留居，不迁徙。

常单独或呈小群在海边潮间地带及红树林和内陆水域岸边浅水处活动。性沉着机警，人难于接近。一般栖息于内陆湖泊、水塘、河口、芦苇沼泽、水稻田以及沿海岛屿和海滨沼泽地带等湿地环境。它们喜欢群居，每群为三四只到十几只不等，更多的时候是与大白鹭、小白鹭、苍鹭、白琵鹭、白鹮等涉禽混杂在一起。它们的性情比较安静，常常悠闲地在海边潮间带、红树林以及咸淡水交汇的基围（即虾塘）及滩涂上觅食，中午前后栖息在虾塘的土堤上或稀疏的红树林中。飞行时姿态优美而平缓，颈部和腿部伸直，有节奏地缓慢拍打着翅膀。并且它们的性情温顺，不太好斗，从不主动攻击其他鸟类。

主要以小鱼、虾、蟹、昆虫、昆虫幼虫以及软体动物和甲壳类动物为食。单独或成小群觅食。觅食活动主要在白天，多在水边浅水处觅食。觅食的方法通常是用小铲子一样的长喙插进水中，半张着嘴，在浅水一边中涉水前进一边左右晃动头部扫荡，通过触觉捕捉到水底层的鱼、虾、蟹、软体动物、水生昆虫和水生植物等各种生物，捕到后就把长喙提到水面外边，将食物吞吃。

繁殖地：俄罗斯（东亚区）、朝鲜和韩国。

非繁殖地：柬埔寨、中国（香港、澳门和台湾）、日本、菲律宾、泰国和越南。

留鸟：中国。

季节性不确定：文莱。

繁殖于中国辽宁省大连市庄河市。冬季迁徙至中国南部。

迁徙时见于中国辽东半岛，在辽东半岛东侧的小岛上有繁殖记录。春季在内蒙古东部曾有记录。冬季南迁至江西、贵州、福建、广东、香港，海南岛及台湾。

2023年3月，厦门市观鸟协会发布的2023年1月厦门市野生鸟类多样性监测月报数据显示，1月份厦门市野生鸟类多样性监测记录有黑脸琵鹭。5月，黑脸琵鹭现身天津七里海湿地自然保护区。2023年，在深圳市深汕特别合作区重点区域生物多样性调查中记录有黑脸琵鹭。

繁殖期5-7月，但常常3-4月就来到繁殖地区。营巢于水边悬岩上或水中小岛上。常2-3对在一起营巢。黑脸琵鹭在繁殖的时候通常是“一夫一妻”制，夫妻关系极为稳定，当鸟儿开始筑巢的时候，说明他们的配偶关系已经确立。筑巢期大约为一周的时间，它们边筑巢，边交配。营巢在水边悬崖上或水中小岛上，常常二三对一起在临水的高树上营巢。巢呈盘状，主要由干树枝和干草构成，大小为直径20-30厘米。黑脸琵鹭的交配很有特点。交配前，雄性围着雌性不断的跑着，一会儿雄性用嘴在雌性的嘴边和头部不停地爱抚，一会儿又用脖子在雌性的脖子两边急促地左右拍打。此时，雌性半蹲下来，雄性先伸出右腿搭在雌性身上，再把左腿踩到它的身上，雄性用嘴紧紧地咬住雌性的嘴，翅膀开始上下拍打，约持续10秒钟，然后从雌性身上直接飞向天空。

黑脸琵鹭每窝产卵4-6枚，卵为长卵圆形，白色、具浅色斑点，大小为59毫米×44毫米，孵化期大约需要35天。新出生的雏鸟全身被有绒羽，除眼周外脸面并不呈黑色。育雏期间，雏鸟靠亲鸟捕捉贝类、小鱼、小虾等食物来饲喂，一个月后即能离巢初飞，与亲鸟一起活动，练习捕食等。幼鸟长大以后，随亲鸟于10-11月离开繁殖地，前往越冬地。

列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》(IUCN)2017年ver3.1——濒危(EN)。

列入中国《国家重点保护野生动物名录》（2021年2月5日）一级。

2017年1月的黑脸琵鹭普查记录了有3,941只鸟的新高，因此成熟个体的总数估计为约2,250只，因为成体似乎占总量的57%左右。据推断，该种群历史上约有10,300只（Yeung等人，2006年），在1988年降至288只的低点。通过国际黑脸琵鹭种群普查进行的定期监测表明已恢复。2003年数量普查统计有1,069只，2008年统计有2,065只，2015年统计有3,272只（Yu等人，2015年），这与之前的总数相比稳步增长，这可能反映了真实增长，并且是由于在许多地点采取了成功的保护措施（Yu 2008年，陈等人，2010年）。关于黑脸琵鹭物种数量普查增加是否代表调查工作增加、鸟类从未知越冬地点迁移或真正的物种数量增加仍然存在一些不确定性，因此基于持续的栖息地丧失和退化，总物种数量仍在下降。

黑脸琵鹭曾经在中国东南沿海较为常见，在福建全年皆可见到，系留鸟，但数量已非常稀少。

黑脸琵鹭全球同步调查开展自1993年，自2003年起由香港观鸟会开始统筹。至2011年黑脸琵鹭的最大越冬种群仍然在中国台湾，2010年记录到了1280只，占当时总数量的54%，2011年记录到了843只，占46%，其次是香港后海湾和深圳红树林。