1994年，更名为哈尔滨工程高等专科学校。

2000年3月，经教育部批准，黑龙江交通高等专科学校与哈尔滨工程高等专科学校合并为黑龙江工程学院。

2009年10月，学院被确定为黑龙江省特色应用型本科院校建设试点院校。

2010年6月，学院成为教育部“卓越工程师教育培养计划”首批实施高校。

2014年12月22日，学院成为国家国防科技工业局与黑龙江省人民政府共建高校。

2016年7月，学院当选全国地方高校卓越工程教育校企联盟副理事长单位。

2020年1月，入选黑龙江省特色应用型本科示范建设高校。

2021年11月，国务院学位委员会批准为硕士授权单位。

2023年11月11日，发起成立龙江研究生招生基地联盟。

截至2024年4月，学校设有16个教学单位，开设54个本科专业。

截至2024年9月，学校有3个硕士专业学位授权点，3个国防特色学科，2个省级重点建设学科，1个省“双一流”特色学科。

截至2024年4月，学校有教职工1160余人，其中，专任教师740余人，专任教师中具有高级专业技术职务教师410余人，具有博士学位教师199人。

截至2024年4月，学校有21个专业入选国家/省“双万计划”一流建设专业，7个专业通过国家工程教育认证。有有国家级实验教学示范中心1个、省级实验教学示范中心2个、国家级工程实践教育中心4个、国家级大学生校外实践教育基地1个、省级大学生校外实践教育基地2个、校内外实习基地180余个。

2018年3月，学院获评全国机械行业职业教育教学成果奖1项；4月，学院获评省级教育教学成果奖4项。

截至2024年4月，学校有博士后科研工作站2个、省部级重点实验室4个、省级工程技术研究中心3个、共建省级协同创新中心1个、校企共建省级新型研发机构1个、省级非物质文化遗产研究基地1个、省高校工程中心3个。

2009年-2018年，学院有多个项目获得国家级和省部级立项。其中：2009年，学院有1个项目获评为教育部人文社会科学研究项目；立项省级科研项目8个。2011年，学院有1个项目获评为教育部人文社会科学研究项目；有5个项目获哈尔滨市科技进步奖。2013年，学院有2个项目获国家自然科学基金项目立项；有75个项目获省级科研项目立项；有5个项目获省级科学技术奖；有7个项目获省级社会科学优秀成果奖。2014年，学校有1个项目获国家社科基金青年项目立项；有1个项目获国家自然科学基金理论应急管理项目立项；有4个项目获省级科学技术奖；有69个项目获省级科研项目立项。2015年，学校有1个项目获国家社会科学基金项目立项。2017年，学校有2个项目获国家自然科学基金项目立项。2018年，学校有5个项目获国家自然科学基金项目立项；1个项目获国家社科基金项目立项；18个项目获省级社会科学优秀成果奖。

截至2024年4月，学校图书馆藏书110余万册。截止到2020年12月，图书馆拥有电子图书169万余册。订购中文纸质期刊373种、外文纸质期刊25种，中文报纸36种。购有CNKI、维普、万方、读秀、超星等36个数据库、自建6个数据库。

《黑龙江工程学院学报》是由黑龙江工程学院主办的综合性学术期刊。主要发表土木与建筑、测绘、交通运输、机械、经济与管理、计算机、电气信息与自动化、仪器仪表、材料、艺术、语言文学、数学、社会工作、思想政治工作以及高等教育研究与管理等相关基础理论研究和应用研究方面的学术论文。本刊为双月刊，大16开本，国内外公开发行，已被美国《化学文摘》（CA）、日本科学技术振兴机构数据库（JST）以及中国学术期刊综合评价数据库等收录。

《测绘工程》是黑龙江工程学院和中国测绘学会主办的中国内外公开发行的测绘科技双月刊。设有学术研究、技术交流、测绘教育、测绘人物普等栏目。现为中国科技核心期刊；中国科学引文数据库来源期刊（CSCD）； 科学引文数据库来源期刊（SCD）;中国学术期刊综合评价数据库来源期刊；中国核心期刊（遴选）数据库收录期刊；中国学术期刊（光盘版）全文收录期刊;日本科学技术振兴机构数据库（JST）收录期刊；2021年入选最新发布的《科技期刊世界影响力指数（WJCI）报告》。

《交通科技与经济》是由黑龙江省教育厅主管、黑龙江工程学院主办的交通类学术期刊，1999年创刊，为双月刊。2022年《交通科技与经济》被评为“公路运输领域高质量科技期刊（T2）”；2017年、2020年连续两届被评为“RCCSE中国核心学术期刊(A)”；2018年成为日本科学技术振兴机构数据库（JST）收录期刊。2021年对栏目设置进行优化调整，主要设置交通运输规划与管理、道路与桥梁工程、载运工具、轨道交通、交通经济等栏目。

截至2024年4月，学校与美国、芬兰、俄罗斯、白俄罗斯、泰国、马来西亚等国家的10余所高校建立了友好校际关系；与台湾中原大学结成姊妹学校；与美国西伊利诺伊大学、芬兰卡雷利亚应用科技大学开展了国际合作办学项目；与白俄罗斯国立技术大学联合开展技术研发项目。

校徽采用圆形为基本图形，以中文校名、象形图案为基本构成元素。

校徽象形图案主体体现出三层寓意：一是表现出学校英文名简称HLJGCXY，二是变形为“工”字造型，表现出学校以工为主的办学方向。三是表现为双手紧握的形态，象征原两所学校合并组建后的深度融合、团结进取、共谋发展的态势。

校徽图案主体由绿色和蓝色两种色调构成，绿色代表学校的蓬勃生机，蓝色代表科学、先进、严谨的同时，象征学校的前景与希望。

学校校旗为为长方形白色旗帜，其长与高为3与2之比，中央印有学校徽志和黑龙江工程学院校名。

明德求真、知行合一

“明德求真”是学校伦理价值追求的基本体现。“明德”即明辨是非善恶，修德正心，养成正直高尚的人格；“求真”即追求科学真理，追求人生的终极价值。

“知行合一”是认识与实践的统一、思考与行动的统一。引导全校师生潜心探索，身体力行，不尚空谈，努力实践，坚忍不拔，执着追求，将理论化为实践，把思考付诸行动。

黑龙江工程学院工程文化博物馆，基本陈列“工程文化”，展览面积1500平方米，由序厅、机械工程展厅、汽车工程展厅、测绘工程展厅、路桥工程展厅和工程师召唤仪式六个展厅构成，向参观者传递了“工具系统和改善的环境使人类的生活更美好”和“工程文化向着更人性化、更生态化的方向发展”的展览主题。

黑龙江工程学院图书馆，又名逸夫图书馆，由香港著名爱国人士邵逸夫先生出资400万元港币、国家投资250万元人民币、学院自筹资金6400万元人民币共同修建，是邵逸夫先生当年在我省省属高校中唯一资助兴建的大学图书馆。

2013年5月，学校被黑龙江省教育厅评为黑龙江省依法治校示范学校。

2013年10月，学校获得省级“文明单位标兵”荣誉称号。

2022年5月，黑龙江工程学院获得“省级文明校园标兵”荣誉称号。