鼢鼠亚科（Myospalacinae）

鼢鼠类在地史、地理上的分布都很局限，仅发现在晚新生代的北亚和中亚地区。鼢鼠是由发现在中国北部中新世的更新仓鼠（Plesiodipus）、更新跳鼠（Plesiodipus）、二狼蓬原鼢鼠（Prosiphneus lupinas）直接进化而来。中国新生代后期的鼢鼠化石发现极多。经德日进、杨钟健等研究后，谱系十分清楚。鼢鼠亚科仅有2属，原鼢鼠属（Prosiphneus）和鼢鼠属（Myospalax）。前者是臼齿有牙根的原始种类；后者无齿根，直接由前者进化而成，最早出现于早更新世（约18百万年）。依头骨枕部的形式又分三类：凹枕型、凸枕型、和平枕型。3个头型曾被认为是平行进化的好例证。丁氏鼢鼠（Youngia tingi）绝灭于中更新世北京猿人出现之前，是比较原始的一类。中华鼢鼠（Myospalax fontanieri）是凸枕的代总，自早更新世出现后，一直延续至今。平枕的东北鼢鼠（Myospalax psilurus）化石出现较晚，分布也较局限。

田鼠亚科（Microtinae）

包括鼠及旅鼠等，是世界晚新生界地层中最为重要的分带化石。起源于晚新生界后期的古仓鼠类，对划分欧亚第四纪地层起了决定的作用。鼠平类可能由最晚中新世（80Ma）的仓鼠类进化而来。在上新世及第四纪时，他们在一定程度上替代了仓鼠，占据了重要位置。其中，原拟鼠（Promimomys）→拟鼠（Mimomys）→水鼠平（Arvicola）形成一个清楚的进化系统。

沙鼠亚科（Gerbillinae）

地史上出现较晚，中国华北三趾马动物群中的假沙鼠（Pseudomeriones）可能是这类化石的最早纪录（约8百万年）。地史上的沙鼠类可分为两个类群：小沙鼠（Gerbillus）型和沙鼠—大沙鼠（Meriones Rhombomys）型。中国的化石纪录多属于后者。在北京周口店第三地点中更新世（约0.4Ma）发现的子午沙鼠（Meriones meridianus）在头骨和牙齿形态上已与现生种类无甚差别。

最早的鼠科（Muridae）化石──前鼠（Antimus）发现于南亚晚中新世时期，可能起源于古仓鼠类。现生鼠科分布有两个中心—非洲和南亚（包括南洋群岛），但较多学者倾向于南亚起源。鼠类臼齿有3排齿尖，一般有尖8～9个。世界上南大陆的化石和现生鼠类极为繁多，但他们被此的系统关系尚有待深入研究。中国最早的鼠科化石出现在8百万年前的最晚中新世，有德氏鼠（Chardinomys），原裔鼠（Progonomys）、付姬鼠（Parapodemas）等。稍晚，有东方鼠（Orientalomys）。有可能从德氏鼠到东方鼠甚至包括一些鼠属（Rattus）型的后期鼠类有着东亚地区色彩的进化系统。中更新世时，在北京猿人地点发现鼠类化石很多。小家鼠（Mus）、大家鼠（Rattus）和巢鼠（Micromys）的现生种属都己出现。

尽管蹶鼠科（Zapodidae）现生的蹶鼠（Sicista）类数量不多，但蹶鼠科化石却早在40百万年前的晚新世已出现了。他可能由始啮亚目中的一类，如壮鼠科（Ischyromyidae）进化来的。晚渐新世的更新蹶鼠属（Plesiominthes）已遍布北半球。中国四川一带的现生种类，四川始蹶鼠（Eozapus setchuanus），不仅见于内蒙古上新世的地层中，也发现在西班牙稍晚期的地层里。

跳鼠科（Dipodidae）的化石至中中新世晚期才有发现，估计进化中心应在亚洲。中国内蒙古通尔层中的原跳鼠（Protalactage）是该科化石的最早纪录。稍后，在华北最晚中新世的地层中发现副跳鼠（Paraeactage）、异蹶鼠（Heterosminthus）等化石。在西藏喜马拉雅山的吉隆盆地中，发现了喜马拉雅跳鼠（Himaeayactaga）。第四纪时，可能由于动物群生态环境的不同所致，跳鼠化石发现不多。有的学者将蹶鼠科和跳鼠科合并成一超科，称为跳鼠超科（Dipodoidea），因为他们多为善跳的干旱荒漠动物。

竹鼠科（Rhizomyidae）最早的化石是发现在旧大陆晚新世的拟速掘鼠（Tachvoryctoides），但很难说他与现生的类群有直接的祖裔关系。最晚中新世开始出现较进步的类型，加中国山西的副竹鼠（Pararhizomys），低冠竹鼠（Brachyorhizomys）等。在更新世中期，四川万县发现完好的竹鼠（Rhizomys）头骨，有可能是华南现生竹鼠的祖先。

囊鼠科（Geomyidae）的化石以北美众多。是北美第三纪中晚期地层的重要划分依据。

更格卢鼠科（Heteromyidae）也称囊鼠科。化石也是北美第三纪中晚期地层的重要划分依据。