1951年，因修建成渝铁路，拆除王爷庙部分建筑，后香火渐衰；1966-1976年间，余下建筑及神道造像均毁于浩劫。1978年，党的十一届三中全会后，改革开放，政府落实宗教政策，为寺庙的重兴奠定了坚实的基础。20世纪80年代初，信众在王秋桂、刘序兰两位居士带领下，出资重建庙宇，塑造千手观音、送子观音等造像。后又搭建临时殿堂，西方三圣及释迦牟尼等诸多佛教造像亦相继次第敬立。后又修建寺门及门外道路方便信众及游客来往，占地面积约三亩，寺庙再次初具规模。不过，由于其建筑布局及内部设施与汉传佛教寺院规格不符；且资金不足，修建极不规范，尚存有诸多安全隐患，故曾被视为非法宗教活动点被政府有关部门予以取缔。其后，经过爱国爱教的僧俗信众的共同努力，遵照党的宗教政策及政府相关法规积极整改。很快就在原址重修殿堂，再塑金身，设置功德亭、芳名碑和法物流通处以及斋堂、茶室等。并规范佛事活动仪轨，设立焚香处，又建观景平台，修建水牌坊式的山门，上方匾额由已故著名书法家魏功钦书繁体“龙鳯寺”三字，两旁楹联云：“龙盘古寺辉千里，凤著祥云庇万家。”至此，寺庙的外貌景观、内部结构与宗教理念，均非当日王爷庙所可比拟，完全具备了作为正规宗教活动场所的全部条件。

2000年1月7日，经九龙坡区人民政府批准，作为正规合法宗教活动场所对外开放。取附近龙凤溪地名命名为“龙凤寺”，亦兼寓“龙凤呈祥”之意，自此作为汉传佛教禅宗道场开光面世。

2001年，圆通宝殿工程启动。由广夏设计院设计，重庆第六建筑工程公司第二分公司承建。同年12月18日正式奠基开工，并于翌年8月竣工。

其时，鉴于寺庙管理小组成员以居士占多数，他们虽然热心佛事，但文化程度及宗教素养极其低下甚至为文盲，且多为老年。因而矛盾突出，致使当家释觉万难以正常主持工作。2002年10月7日，区民宗办再次主持全寺人员大会，一致决定由文化程度较高、宗教修养较深且年轻力强的释海觉代理龙凤寺当家。此后，海觉法师主持全面工作，遵循党的宗教政策，积极配合政府各部门加强寺院管理。他以身作则，引导并要求全寺人员团结互助，恭敬三宝，坚持服务岗位；制定各项规章制度，定期开展对党的方针政策的学习及提高僧众的佛学修为，到场护法意识。至此，寺庙的各项工作和活动开始全面走向正轨。

2003年3月，作为本寺规范、庄严的清净殿堂——观音殿正式对外开放。

2003年6月18日，在区宗侨台办领导下，根据“以僧管庙”的原则，寺院又对领导班子进行调整，成立了新的领导小组。组长：释海觉，成员：释觉万、释海勤，释海愿。在组长释海觉领导下，在佛教清规戒律规范下，充分发扬民主，结合现代管理方法，更进一步完善了各项规章制度，特别是财务制度，加强了寺院各项工作特别是财务工作的领导、监督。同时，根据“佛宝为基础，法宝做制度，僧宝是关键”的原则，团结群众，加强僧众道风建色。坚持早晚功课，严守清规，注重戒仪，在信教群众及游客中树立立良好的形象。

同年8月，翻修山门及门外路面，建立售票房的同时，建立了新的统一售香焚香处，有力地杜绝了火灾隐患。10月，重建老观音庙，敬塑观音菩萨化身三尊，俩旁有文殊，普贤二位菩萨造像并用。整个殿堂做工精巧，雕梁画柱，金碧辉煌，落成后重新命名为“普陀岩”。

2004年4月，在重庆黄金岛商务俱乐部董事长黄秋铭居士和重庆铁路南站工务段领导的支持下，将电源、电话、电视等线路铺设到寺内，解决了本寺的诸多实际困难。5月，在区民宗局领导的关心下，搬迁转移了危房中的法像法物，并于6月动工拆除危房。7月，邓正禄先生捐资17500元，改造药师道场，重塑释迦摩尼睡佛像及其他佛像。9月，在修建仿古山门的同时，修建了一条长125米宽3米的仿古龙凤图案通道，后来直接九滨路下行梯道（详见下文），极大地方便了僧俗人等的出入。10月修建处理生活污水的生化池，有力的加强了环境保护。

同年11月，圆通宝殿开光及综合楼、礼佛广场奠基法会举行。由重庆市佛教协会会长惟贤老和尚主持并开示，区民宗局领导出席并讲话，市内诸山大德，护法及居士二千余人参加。

2005年1月，经重庆市佛教协会及九龙坡区民宗局审核同意，礼请海觉法师为龙凤寺住持。海觉法师，俗姓文，名寅生，1974年生，当代唯识学泰斗惟贤法师之徒孙，幼入涂山寺，受剃于正勇法师。本即聪慧，生性好善，与我佛有缘，耽于佛经，晨昏习读。曾遍历名山，访求名师，与中国佛教协会会长一诚长老及台湾星云长老等亲近。2001年，受两序大众礼请来龙凤寺常驻。他爱国爱教，遵循党的宗教政策，在代理龙凤寺当家及任领导小组组长期间，对该寺的整顿、建设等工作尽心尽力，殚精竭虑，奔走规划，使寺庙建设及寺务工作大大向前推进。至此，寺院进入了一个全新的发展时期。

同年8月，随着我市交通的发展，即将开通一条横跨成渝铁路与直港大道的滨江路（即九滨路），海觉住持及寺管小组及时向民宗局请求，在靠近寺院通道陡壁处建造一座向上直达九滨路和直港大道连接处的梯道。很快得到领导的重视，在区长秦敏、副区长成汝义、周天伦直接关心下，与九滨路建设指挥部进行协商，很快就开工建设。

2006年8月，九滨路直通梯道竣工正式投入使用，受到来往僧众俗人等的好评。

同月，在区“龙凤寺排危整治领导小组”（组长：副区长陈建伟，辅组长：区统战部部长刘瑞江、区建委主任李必本）领导下，筹备并奠基已久的礼佛广场和综合楼正是全面动工，由重庆渝鲁仿古建筑工程公司承建。

海觉法师十分重视寺院的文化建设，与市内诗词书画界建立了经常性的联系。每年均邀请诗书画名家道寺题诗作书绘画，弘扬佛教教义及中华传统艺术。自他担任住持以来，每年均在春秋佳日召开笔会，广结文书朋友，及大地提高了寺院的文化氛围。2008年农历四月初八佛诞日，由重庆市诗词学会常务副会长王瑞诚撰稿、重庆佛学院教师张松书丹的《龙凤寺诗书画雅会序》勒石，立于寺内大钟旁，以供僧众、居士及游人观赏。

海觉法师十分关心社会公益慈善事业，在2003年抗击“非典型肺炎”、2004年印尼海啸以及2008年汶川地震等灾害事件中，积极捐资救助。平时，他也经常性地看望、慰问社区困难居民，深获社会好评。

2009年，礼佛广场，综合楼及藏经楼建成开光，投入使用。礼佛广场面积1000平方米，与圆通宝殿相连接，可容信众2000余人；同时，凭栏遥望，长江南岸风光尽收眼底，实乃洞天福地，参禅悟道之亮所也。

同年，海觉法师聘请诗词名家王瑞诚、陈仁德、书法名家郑元彬、朱墨、罗喆光，张松等人为即将落成的大雄宝殿联撰写楹联。

同年10月25日，中国佛教协会咨议委员会主席惟贤长老率领重庆市佛教协会智丰法师、道坚法师、普正法师、正恺法师、朗观法师、朗光法师、正智法师、正勇法师，诸位法师主持龙凤寺大雄宝殿开光法会。此前，惟贤长老曾三次（包括此次共四次）莅临本院视察，指导寺务工作。

同日，由住持海觉法师所撰《龙凤寺碑记》亦同时勒石立碑。

2013年3月20日，重庆市九龙坡区佛教协会成立，华岩寺方丈道坚法师任会长，本寺住持海觉法师任副会长兼秘书长。

同年5—6月，在开展“宗教政策法规学习月”活动中，龙凤寺海觉住持根据国家宗教局下发的《关于2013年开展以“学习贯彻党的十八大精神”为主题的宗教政策法规学习月活动的通知》，积极组织寺院僧众及居士学习《宪法》、《汉传佛教教职人员认定办法》、《宗教活动场所财务监督管理办法》和《宗教寺务条列》等文件，指出学习月活动就如同僧人结厦安居“及入世而出世”，学习佛法要与世间很好地结合起来才能圆融无碍。全寺僧众及居士在学习中收获很大，深化了对十八大精神的理解，纷纷表示：在党的宗教政策指引下，爱国爱教，加强自身建设，为创建和谐社会贡献力量。

同年12月，鉴于龙凤寺住持海觉法师的先进事迹和工作绩效，他先后被中共重庆市委统战部、重庆市民族宗教事务委员会授予“第二届重庆市创建和谐寺观教堂先进个人”，以及被国家宗教事务局授予“第二届全国创建和谐寺观教堂先进个人”的光荣称号。海觉法师2017年还兼任重庆市佛教协会副秘书长、九龙坡区人大代表及九龙坡区青年联合会常务委员。

为上报四恩，下遂民愿，住持僧众团结齐力，如今龙凤寺规模空前改观。它拥有两座山门、四层建筑的大雄宝殿、圆通宝殿、普陀岩、云集堂、客堂、药师道场、礼佛广场、观景平台，可容两千多人进行佛事活动，殿堂内佛像威严，法器琳琅，庄严肃穆，殿宇僧寮朗然生辉，诸多佛像金身重现，是一座符合汉传佛教布局的宗教活动场所。

对此，本寺僧众、居士及广大信教群众，乃至来寺参观游览客人，均深深感谢党和政府对宗教政策的具体落实。有着僧众七人及居士若干的龙凤寺，正沐浴着党的恩泽阳光，矗立在大江之滨，为贯彻党的宗教政策并弘扬佛法、创建和谐社会而贡献力量。成为现代都市中一颗璀璨的历史文化明珠，广大善男信女帛依的心灵港湾。

龙凤寺，是一幅立体的画。下有嶙峋怪石青黑如黛，石径蜿蜒，曲折而二上，中有树木山花．，丛林杂草，斗檐红瓦掩映其间，上有白壁悬崖如幔如屏，构成了宽广博大的背景。这里，是一个登高览胜的好地方。俯瞰山下，陆良坝子尽收眼底，江河似带，湖塘如镜，阡陌相连，公路两旁林木掩映，村落星布，炊烟袅袅，景色宜人，气象万千。