1994年至2009年，担任南京大学理学院院长、理论物理研究中心主任。

2005年，当选为中国科学院数理学部院士。

2009年，任浙江师范大学数理信息学院全职教授、海峡两岸统计物理与凝聚态理论研究中心主任和理论物理省重点学科负责人。

2010年3月16日，受聘为苏州大学物理科学与技术学院院长。

龚昌德早期与合作者利用反演技术求解Eliashberg方程，获得较精确的强耦合超导临界温度的公式。较早提出二维层状结构引起的范霍夫奇异性对高温超导电性会有重要影响，与合作者分析了氧化物超导体的同位素效应，说明仅靠电－声子机制和范霍夫奇异性不能解释高温超导电性，否定了当时国际上这一观点。合作研究了由于准二维结构和反铁磁背景，范霍夫奇异性对高温超导体载流子色散规律、压力效应和输运性质的影响。改进了关于高温超导电性的t-j模型的Green函数方法，考虑了有限关联长度的反铁磁背景，证明了t-j模型可以导出某些非费米液体特性，还证明了t-j模型不能满意地解释光电子能谱和中子散射的实验。与合作者较系统地研究了锰氧化合物的电－声子耦合和空穴－轨道子耦合，以及静态和动态Jahn-Teller效应。

截至2016年3月，龚昌德共发表学术论文270余篇，包括物理学顶级刊物美国《物理评论快报》上的多篇论文。

截至2018年4月，龚昌德先后获得1990年国家教委科技进步二等奖、1992年国家教委科技进步二等奖。

龚昌德自1956年开始上南京大学物理系主干课程《热力学统计》以来，普通物理、理论力学、量子多体理论、高温超导等各种不同的课程，只要需要，他都乐于登台授业。

龚昌德从不主张学生严格追随自己的科研脚步。他一直认为，具备创新性的研究才是充满生机且可持续的，因此，一直鼓励学生们探索自己感兴趣的新的研究方向和领域。除了支持学生的创新选择，龚昌德还会主动向学生们推荐有前景的研究方向。

龚昌德对于硕博学生的培养，讲求多样化与独立性。学生是自由的，但这并不代表漫无目的的自由，学生的自由建立在独立思考的基础上。龚昌德并不会强制学生一定要研究与自己相符的方向，相反地，他鼓励学生拓展视角、发散思维，在感兴趣的领域发光发热。龚昌德认为一个好的老师，管多管少都不行，掌握好度才是塑才的关键。在晚年，龚昌德还经常前往中小学，为孩子们进行科学普及教育。

1997年，龚昌德获得南京大学首届奖教金特等奖。1997年获得国家级教学成果一等奖。

2005年，龚昌德当选为中国科学院院士。

龚昌德有着广泛的兴趣爱好，如受到大姐龚铎、二姐龚若兰的影响，从小就热爱美术。后来上大学的时候，由于上海交通大学每个星期都会有固定的三天开音乐会，龚昌德便对小提琴产生了浓厚的兴趣，每天都会抽出课余时间进行练习。除了音乐和美术之外，哲学也让龚昌德着迷，他会阅读恩格斯等学者的译著。但是，龚昌德清醒地知道自己不可能成为艺术家，因此他更加坚定了当艺术欣赏者和科学家的梦想。

龚昌德领导学科发展的经验丰富，任南京大学物理系系主任期间，在中国国内率先推行SCI论文评价系统，引领南京大学物理系发展至全国排名第一。从教50余年，其严谨的学风和敏锐的科学直觉对学生产生了深远影响。（浙江师范大学物理系评）

龚昌德多年从事凝聚态理论和统计物理的研究，其学术思想活跃，研究成果卓著，是中国思想活跃，很有影响的凝聚理论物理学家。（南京市第十二中学评）

龚昌德性格外向，讲课从来不带任何讲稿，开口娓娓道来，逻辑性很强。龚昌德鲜明的上课风格受到学生们的广泛好评，同学们都十分喜欢这个性格外向、思维敏捷的老师。（《中国科学报》评）