根据日本气象厅、日本防灾科学技术研究所等机构测定，此次地震所观测数据如下：

主震地震震度4级以上的的地区参见下表（日本气象厅观测）：

自2016年4月14日21时26分起，截至2016年4月26日15时（JST），日本气象厅观测到震度1以上余震（包含前震及主震）917次（震度7：2次、震度6强：2次、震度6弱：3次、震度5强：3次、震度5弱：7次、震度4：77次、震度3：203次、震度2：396次、震度1：224次）。

自前震后发生的最大震度6弱以上（日本气象厅测定，截至2016年4月26日23时，JST）余震参见下表：

此次地震的余震和东北关东大地震、元禄关东地震余震数目都比较高。

截至2016年4月27日22时（JST），本次地震（前震、主震及余震）已累计造成49人遇难，仍有1人下落不明。2016年4月25日下午，因地震而导致山体崩塌掩埋村落的日本熊本县南阿苏村的救灾现场，又发现了一名男性的遗体。这使得此次熊本地震的遇难人数增加到了49人。

在2016年4月14日的前震发生后到2016年4月16日凌晨主震之间确认死亡的人数为9人。另外，因避难生活压力或疾病等非地震原因导致的间接死亡（地震关联死）人数也达到16人。此次地震还造成了271人重伤，2054人轻伤。这些受伤者均在各地医院接受治疗。

截至2016年4月27日13时（JST），地震（前震、主震及余震）累计造成熊本县内1430人受伤（其中重伤319人，轻伤1111人）、大分县28人受伤（其中重伤4人，轻伤24人）。

2016年4月16日的主震发生后，熊本县内前往避难所避难的灾民一度达到18万3882人（17日早间）。

2016年4月27日13时（JST），熊本县内492所避难所共计收纳避难者3万6800人。

2016年4月17日，熊本县阿苏市的避难所内一名77岁的女性确认死亡，死因或是因避难生活压力导致急性心力衰竭死亡，这是14日熊本地震前震后出现的第一例避难者死亡事件。地震发生后，由于避难设施不足以及对余震产生恐惧等原因，有部分灾民并没有撤离至法定避难所中避难，而是选择在汽车内避难；

2016年4月21日，在熊本县益城町的停车场内，有约3000人选择在车内留宿。因在长时间停留于车内，确诊“经济舱症候群”的患者也呈现上升趋势。

2016年4月18日，一名51岁女性在车内昏迷后被送往当地医院治疗，终经抢救无效后死亡，该名死者即是因长时间久坐车内引发肺血栓栓塞症（经济舱症候群）死亡。至2016年4月24日16点前（JST），熊本县内5家医疗机构已累计确诊“经济舱症候群”患者35人，其中年龄在65岁以上的患者有21人。

截至2016年4月27日13时（JST），熊本县已确认因地震造成不同程度损坏房屋数量12130栋（熊本县灾害对策本部统计），其中完全倒塌房屋2102栋（益城町1026栋，西原村344栋），半损房屋2297栋，部分损坏房屋5343栋。

2016年4月16日的主震发生后，阿苏大桥（国道325线）桥梁西侧山体发生滑坡，导致桥体完全断裂。贯通南阿苏村和西原村的表山隧道（熊本县道28号熊本高森线）发生塌陷。另外，九州地区高速公路也出现不同程度受损，道路通行状况与具体受损情况见下表（截至2016年4月26日16时(JST)）：

2016年4月14日的前震发生后，西日本旅客铁道（JR西日本）的小仓至博多段、九州旅客铁道（JR九州）的九州新干线和在来线全线列车延迟运行。

九州新干线一列6节车厢编组的新干线800系电力动车组在从熊本站送往熊本综合车辆所的过程发生脱轨，脱轨地点距离熊本站南侧1.3公里。

地震发生时列车正以80公里的时速运行，由于是回厂列车，车上没有运送乘客，这是日本新干线自1964年运营以来首次发生整列列车出轨事故。

受事故影响，九州新干线全线停运，山阳新干线“瑞穗号（みずほ）”和“樱花号（さくら）”列车在九州新干线上行驶途中临时停车。16日的主震发生后，九州旅客铁道丰肥本线一列从赤水站出发的回送列车也发生脱轨事故，事故没有造成人员受伤。另外，丰肥本线赤水车站至立野站段的铁路线因山体塌方被泥沙卷走。

地震导致鹿儿岛线、丰肥线、肥萨线，三角线在来线、熊河铁道、南阿苏铁道、肥萨橙铁道第三部门铁道全线停运。

2016年4月20日，经过安全检查后，九州新干线新水俣至鹿儿岛中央段恢复营运。

2016年4月21日，JR鹿儿岛线全线通车。

2016年4月22日，九州新干线博多至熊本段恢复营运。

2016年4月24日，九州新干线脱轨现场的6节车厢全部撤除完毕。JR肥萨线全线通车。前震过后第13天，经过对沿路铁道损坏设施的连日抢修。

2016年4月27日下午，九州新干线全部线路恢复正常营运。

熊本机场因16日的主震导致航站楼部分天花板掉落，机场方面于随后宣布自当天起机场所有航班全部停运。19日7时30分（JST），机场管制塔重启，来自全日空航空的临时航班在熊本机场顺利降落，成为机场暂时关闭后迎来的第一班复航航班。之后机场部分降落航班也陆续复航。

截至2016.08，熊本机场、鹿儿岛机场等机场都恢复运转。

2016年4月14日晚间前震发生后，2016年4月15日，熊本县共有390所公私立学校停课。部分学校校内设施出现不同程度损坏，截至2016年4月27日14时（JST），福冈县、佐贺县、长崎县、熊本县、大分县、宫崎县六县出现设施损坏（墙体、玻璃开裂等）的学校达817所（日本文部科学省统计）。宫崎县、大分县一部分和熊本县全部学校原定于4月19日举行的日本全国学力与学习状况调查测试也被迫取消。

日本熊本县由于连续遭遇强震袭击，已有1.2万余幢建筑被列为危险建筑。截至2016年5月1日，已有42万名游客取消了熊本县和大分县酒店的预约，当地旅游业遭遇严重冲击。