原为国有企业的日本国有铁道由于经营不善，营收赤字经过多年累积，长期负债已达数十兆日元，致使日本政府开始研拟将其分割、公司化与民营化，以改善经营状况。1987年4月1日，日本国有铁道依照日本国会所通过的《国有铁道改革法》，分割为七个各自独立的特殊法人，依同一法律成立，仍旧保有七间公司全部股份的特殊法人“日本国有铁道清算事业团”（1998年解散）之后逐步释出所持有的股份，各公司也渐次上市，以实现民营化的目标。除了负责货运服务的JR货物仍为全国性经营外，各客运公司大致上皆有固定的管辖地域范围，彼此之间保持着既竞争又合作的关系。JR各公司除了经营一般铁路线（在来线）与新干线外，亦经营一般巴士、高速巴士与其他附属事业；另外还有由各公司共同出资经营的财团法人“铁道综合技术研究所”和“铁道资讯系统株式会社”。东日本、东海、西日本、九州四家公司因营运状况较佳，已经达成全面民营化的目标，其他公司则因仍需国家的补助，仍由日本政府持有全部或多数股份。