1990年，皮克斯乔迁至加州波特里奇蒙的独层办公楼。在这里皮克斯创作了几组广告片：其中包括为加州彩票制作的“跳舞的卡片”、为大众汽车人寿保险公司制作的“婴儿”等等。动画短片《Knick Knack》获得西雅图国际电影节最佳短片奖和在巴塞罗那举行的巴达洛纳电影节最佳动画奖。

1991年5月，皮克斯迈出了具有历史意义的一步，与娱乐巨匠迪士尼结为合作伙伴。从1937年的《白雪公主》到2002年的《星银岛》一直稳居动画霸主地位的迪士尼创造了一部又一部经典动画片。这些片子都是手绘的，但电脑迟早会融入动画的创作领域。于是，皮克斯与迪士尼签订了制作三部电脑动画长片的协议，由迪士尼负责发行。同年，皮克斯为芝麻街拍摄的节目赢得了伦敦电脑动画竞赛最佳影片奖。

1992年，由皮克斯研发小组开发的电脑辅助制作系统(CAPS)获得奥斯卡科学工程金像奖。

1993年，在拍摄了9组广告之后，皮克斯为IBM制作了企业标识。RenderMan 程序研发小组获得奥斯卡科学工程金像奖。

1994年，为派拉蒙电影公司制作了企业标识。

1995年，皮克斯股票上市。同年11月22日（感恩节），皮克斯也是世界上的第一部全电脑制作的动画长片《玩具总动员》(Toy Story)在全美上映（由迪士尼发行）。影片以1.92亿美元的票房刷新了动画电影的纪录，成为1995年美国票房冠军，在全球也缔造了三亿六千万美元的票房记录，还为导演约翰·拉塞特赢得了奥斯卡特殊成就奖。该片的巨大成功还促成了一件事情，皮克斯的老板史蒂夫·乔布斯因为此时坐拥10亿美金的身价，而被濒临倒闭的苹果公司请了回去，恳求这位元老重整河山。乔布斯欣然应允，iPod 就是乔布斯回归苹果后的杰作。由于角色深入人心，约翰·拉塞特决定拍摄《玩具总动员2》。

《玩具总动员》被称为是继《米老鼠》赋予动画片声音和《白雪公主》赋予动画片色彩之后的第三次飞跃——赋予动画片3D。

1996年，约翰·拉萨特获得奥斯卡特殊成就奖，《玩具总动员》获得奥斯卡最佳配乐(音乐喜剧类)、最佳主题曲、最佳原著剧本提名，同年还获得金球奖音乐喜剧类最佳影片及最佳主题曲提名。

1997年，皮克斯与迪士尼达成进一步协议，决定强强联手共同制作五部动画长片。6月，皮克斯扩大编制，员工增加到375名，办公场所扩至2层。同年，皮克斯发行短片《Geri's Game》，本片在动画角色的皮肤及服装的材质上有了很明显的改进。

1998年11月25日，迪士尼与皮克斯合作的第二部电脑动画长片《虫虫危机》( A Bug's Life)上映。《虫虫危机》在北美共有1.63亿美元进账，全球票房为3.62亿美元，击败了同期推出的梦工厂《蚂蚁雄兵》，成为当年动画长片票房冠军。同年，《Geri's Game》获得奥斯卡最佳动画短片奖，皮克斯研制的Marionette 3-D动画系统和数位绘图技术获得奥斯卡科学工程奖。

1999年11月24日，世界上第一部完全数码制作的电影《玩具总动员2》(Toy Story 2)上映，在美国、英国、日本等地先后打破首映周票房记录。这部迪士尼与皮克斯合作的第三部电脑动画长片的内容及人物都接续《玩具总动员》。凭借《玩具总动员2》2.45亿美元票房的佳绩，导演约翰·拉塞特与斯皮尔伯格、詹姆斯·卡梅隆等并称为好莱坞最会赚钱的十大导演。同年，《虫虫危机》获得格莱美最佳电影/电视演奏配乐奖和奥斯卡音乐喜剧类最佳配乐提名，PixarVision 获得奥斯卡技术成就奖。

2000年，皮克斯搬迁至加州 Emeryville 的新办公楼。同年，《玩具总动员2》获得金球奖音乐喜剧类最佳影片奖、最佳原创歌曲；格莱美最佳电影/ 电视歌曲奖及最佳儿童音乐专辑奖；奥斯卡最佳原创歌曲奖。

2001年11月2日，迪士尼与皮克斯公司合作的第四部电脑动画长片《怪兽电力公司》(Monsters, Inc.)上映。10天就突破了一亿美元大关，成为影史上最快破亿的动画片，也是当时全球排名第二的高收入动画电影(仅次于1994年迪士尼的《狮子王》)。同年，执行副总裁约翰·拉塞特与皮克斯签下10年专任契约。皮克斯再次扩大编制，员工增至600名。RenderMan影像设计系统获得奥斯卡技术奖，约翰·拉赛特获得美国电影协会颁发的荣誉学位。

2002年，皮克斯再获殊荣，美国制片协会为表彰其再开发新媒体及新技术方面的成就，特为其颁发Vanguard奖。

2003年5月30日上映的《海底总动员》是迪士尼与皮克斯公司合作的第五部电脑动画长片。皮克斯刷新纪录的速度着实让人吃惊，在短短八天的时间内票房冲破一亿美元，刷新了《怪兽电力公司》的票房神话。上映二周后，其票房已经高达1.43亿元，最终以3.4亿美元的全美票房打破了《狮子王》保持的3.285亿美元的动画片最高票房纪录，荣膺全美历史上最卖座的动画片。皮克斯正在挑战一个新高度，那就是不再靠物理仿真技术吸引观众，而是超越了以往电脑动画中以技术挂帅的原始阶段，回归到靠内容题材的升华和剧情的内在涵义为主旨的制作模式，将神奇的电脑技术与传统的人性理念相结合，创造出感人至深的动画故事。凭着《海底总动员》的傲人成绩，皮克斯正考虑修改与迪士尼的协议。假如负责发行的迪士尼无法满足他们的要求，皮克斯就将寻找其他合作伙伴。

2004年11月5日，皮克斯继以《海底总动员》创下电影史上最卖座动画片纪录后又更上层楼，挑战以真人为主角的超高动画技术，更值得一提的是《超人总动员》是皮克斯历史上第一部“动作片”，也是皮克斯第一次电脑挑战超级英雄的故事。

同年，新兴动画帝国皮克斯和老牌传统媒体帝国迪士尼之间的商业矛盾开始愈演愈烈。2003年开始，双方开始商讨续约问题，由迪士尼继续全权发行后者制作的动画，但2004年1月谈判破裂，主要原因是当时的迪士尼CEO迈克尔·伊斯纳(Michael Eisner) 与乔布斯不和（前者称电脑动画做出来的人物“很可怜”，后者称迪士尼拍的续集“很丢脸”），而且价格问题也没有谈拢。2004年，乔布斯曾要求与迪士尼共享影片的所有权利，但被迪士尼拒绝。于是双方将于2006年6月上映的《汽车总动员》(Cars)后终止合作。 双方分手后（尤其是在伊斯纳下台后），迪士尼一直努力恢复和皮克斯的关系。罗伯特·伊格(Robert Iger) ，在2005年10月取代前任CEO伊斯纳时就宣称，复兴迪士尼的动画实力将是他的首要任务。

2006年1月23日，美国第二大媒体巨头迪士尼公司董事会授权CEO罗伯特·伊格以每股59美元、总出价70亿美元的赠股方式收购皮克斯动画公司，此举花费了迪士尼13%的股票，而皮克斯的老板史蒂夫.乔布斯也因此拥有迪士尼6.05%的股票，成为迪士尼最大的个人股东。皮克斯公司5月5日召开的股东大会最终批准了以74亿美元价格的这项收购。

2006年6月9日，推迟半年多的《汽车总动员》(Cars)终于上映。该片由约翰·拉塞特和李·安克瑞奇共同执导。由于采用新的“光线跟踪”技术，使得皮克斯的影片水平更上一层楼。

2007年6月29日，《美食总动员》（Ratatouille）在美国上映，本片由曾执导《超人特攻队》的导演布拉德·伯德执导。影片上映后大受欢迎，周末3天的收入就达4720万美元，力压布鲁斯·威利斯的《虎胆龙威4》，夺得周末冠军头衔。

2015年6月19日，皮克斯阔别两年动画力作《头脑特工队》上映，正面进攻劲头正猛的《侏罗纪世界》，虽然首战告负，但仍取得9044万美元的喜人成绩。

2019年1月19日，皮克斯元老之一、曾执导过《寻梦环游记》《玩具总动员3》的导演李·昂克里奇正式宣布辞职。

当地时间2023年6月3日，美国迪士尼公司旗下皮克斯动画工作室传出消息，已裁员75人，包括至少2名高管，这是该工作室十年来首次大规模裁员。

2024年5月，迪士尼旗下皮克斯动画工作室启动裁员约14%员工受影响。

皮克斯最著名的企业文化就是“以下犯上”，确切地说，在创作领域，皮克斯内部完全没有“上下”的概念。看过《怪物公司》DVD花絮的朋友一定非常羡慕皮克斯的工作环境，那里好比一个“娱乐无极限”的大型游乐园，到处都是稀奇古怪的玩具和稀奇古怪的员工，任何一个普通动画师都可以提出创意供大家讨论。当地报纸称此处为“前青春期的天堂，连自助餐厅里都在招待好玩的食品，普通员工会很高兴地告诉老板怎样做才最好”。《海底总动员》的导演安德鲁·斯坦顿也曾经说：“什么中层、部门、领导，这些词我们统统没有，这就是我们独一无二的地方。”

一个在动画历史上闪现光芒不亚于迪斯尼的公司就此结束其传奇般的历史，可以说它实现了一个不可能的任务——超越迪斯尼，但是它凭借精彩的创意和先进的技术成功了。虽然它结束了作为独立公司的历史，但是其精神依然在不同的地方延续。

参见：皮克斯电影列表

原创短片

电影长片附加短片

2024年5月22日消息，皮克斯动画工作室于21日开始裁员约14%，约有175人将受到裁员影响。

2024年9月26日消息，迪士尼旗下的皮克斯动画工作室也正推行裁员计划，年内将裁员175人，约占工作室员工总数的14%。