2001年4月21日，萧亚轩发行个人第三张音乐专辑《明天》，并在香港红磡体育馆举办两场“夏日的精彩”演唱会，并成为继张惠妹后，第二位登上红磡体育馆举办演唱会的中国台湾女歌手；9月14日，在上海体育馆举行个人演唱会；10月23日，发行进军日本的首张个人音乐专辑《Elva First》。

2002年1月25日，萧亚轩获得第8届全球华语音乐榜中榜颁奖典礼“最佳魅力歌手奖”；2月11日，发行第四张录音室专辑《4U》；8月，连续在香港红磡体育馆举办两场“闪耀萧亚轩”演唱会；同月，发行个人第五张音乐专辑《爱的主打歌·吻》。

2003年，萧亚轩重回台北市立体育场举办“萧亚轩Up2U台北演唱会”；同年，发行个人第六张音乐专辑《爱上爱》，而她凭借该专辑中的歌曲《进行式》获得马来西亚988电台年度最佳对唱歌曲奖、台北HITO流行音乐奖年度十大金曲奖等多个奖项；随后，萧亚轩也和Hinet协作，成为华人乐坛首创付费下载的第一位歌手-2003年数位单曲《我就是我》；7月11日，在新加坡举行up2u狮城演唱会；12月30日，发行个人第七张音乐专辑《第5大道》，该专辑收录了包括《来自第五大道的明信片》《因为爱》等在内的11首歌曲，而她则凭借该专辑获得了第二届东南劲爆中国台湾地区最旺人气、港台地区劲爆最受欢迎女歌手奖；专辑歌曲《你是我心中一句惊叹》获得港台劲爆十大金曲奖。

2004年5月，萧亚轩与维京唱片解约；7月16日，推出个人首张精选集《首选萧亚轩…美丽的插曲》；随后，与经纪人陈香君共同筹组经纪公司万力达娱乐；8月，萧亚轩凭借歌曲《爱的主打歌》获得第1届东南劲爆音乐榜“港台地区劲爆十大金曲奖”；同年，其参与配音工作的动画电影《蝴蝶梦：梁山伯与祝英台》上映。

2005年3月23日，萧亚轩与华纳音乐签订唱片合约，但一年内未发行专辑，因而合约失效；4月22日，参加MusicRadio中国TOP排行榜颁奖晚会并演唱歌曲《爱的主打歌》；12月16日，参加娱乐新闻节目《娱乐百分百》。

2006年10月，与总经理刘天健、陈香君达成共识，以1亿2000万元签约金和预付版税再度签约华纳音乐；10月19日，推出个人原创单曲《Elva is back》；10月23日，担任蔡依林“唯舞独尊手牵手宝贝我”世界巡回演唱会的嘉宾；12月6日，参加电视谈话性娱乐节目《康熙来了》；12月21日，发行个人音乐专辑《1087》，收录了包括《表白》《Honey Honey Honey》等在内的10首歌曲，而她则凭借该专辑获得了香港新城国语力颁奖礼“新城国语力女歌手奖”和“新城国语力舞台大奖”。

2007年3月，联手音乐之声推出《Elva我要的世界》音乐爱情情景广播剧；8月，参加“为奥运加油”冰舞晚会；11月，获得MTV超级盛典“台湾最具风格女歌手奖”。

2008年1月17日，获得新浪网络盛典“年度港台女歌手奖”以及“港台全能艺人奖”；4月22日，再次加入维京音乐（现已改为金牌大风）；6月10日，参与录制节目《综艺大哥大》；6月，发行个人第九张音乐专辑《三面夏娃》，收录了包括《类似爱情》《两个人的寂寞》等在内的12首歌曲，而她则凭借该专辑获得了MusicRadio中国TOP排行榜“港台最受欢迎女歌手奖”、Topinmusic-IN乐榜港台彰榜牌两周冠军等多个奖项，提名第9届音乐风云榜“港台最佳女歌手奖”。7月，获得新城国语力颁奖礼新城国语力女歌手奖、新城国语力跳唱歌手奖、新城国语力亚洲歌手奖，歌曲《I'll Be There》则获得了新城国语力歌曲奖。7月4日，参加“前进奥运、中华健儿加油”音乐会。7月13日，获得大学生音乐节“大学生最爱女歌手奖”。

2009年4月，获得MusicRadio中国TOP排行榜“港台地区最受欢迎女歌手奖”；10月9日，发行个人第十张音乐专辑《钻石糖》，收录了包括《闪闪惹人爱》《倒数》等在内的10首歌曲，这也是她出道十年所发行的专辑，其中参与作词2首，而她则凭借该专辑获得了全球华语音乐榜中榜“最受欢迎女歌手奖”；10月31日，参加云南卫视《音乐集结号》；11月16日，出席“一鸣金人——全球流行音乐金榜新闻发布会”；萧亚轩“WOW”世界巡回演唱会；同年，萧亚轩凭借专辑《三面夏娃》获得第九届音乐风云榜港台最佳女歌手奖。

2010年1月23日，在澳门举行“WOW世界巡回演唱会”的第二站；3月28日，获得第14届全球华语榜中榜“台湾最受欢迎女歌手奖”和“最佳舞台造型奖”；4月，获得2009年度中国Top排行榜“年度最受欢迎女歌手奖”以及“年度全能艺人奖”；9月，再度签约金牌大风；4月5日，获得中央人民广播电台MusicRadio中国TOP排行榜港台年度全能艺人奖和港台年度最受欢迎女歌手奖；9月24日，发行个人第11张音乐专辑《潇洒小姐》，其中萧亚轩参与创作了5首词、2首曲，同时尝试制作2首自己的全创作，萧亚轩也凭该专辑获得了MusicRadio中国TOP排行榜“港台年度最佳舞台演绎奖”、第五届无线音乐“最畅销港台女歌手奖”；其演唱的歌曲《潇洒小姐》以852万次下载量获得最畅销劲舞金曲奖；12月，萧亚轩在上海举办了个人的“WOW”世界巡回演唱会。

2011年1月16日，其参与拍摄的MV《潇洒小姐》获得“年度数位最佳人气MV奖”；1月27日，其参与配音工作的动画电影《老夫子之小水虎传奇》上映，为陈小姐配音；2月14日，受Jamie Foxx邀请参加第53届格莱美奖颁奖典礼，并成为首位登上格莱美红毯的台湾歌手；4月15日，获得第15届全球华语榜中榜“港台最受欢迎女歌手奖”；12月22日，获得苹果娱乐音乐大赏“最佳人气女歌手奖”；12月，推出个人第12张概念音乐专辑《我爱我》，并首拍爱情微电影《100分的吻》配合专辑宣传，而她则凭借该专辑获得了HITO流行音乐奖华语十大金曲奖、全球唱跳女艺人奖以及最佳舞台造型奖等多个奖项；12月24日，举行《ELVA我爱我Many X'mas 新歌演唱会》。

2012年1月9日，录制中视《我猜我猜我猜猜猜》新春特别节目；1月11日，参加电视谈话性娱乐节目《康熙来了》；1月13日，参与录制《综艺大本营》过年特别节目；1月16日，参加东方卫视春节联欢晚会；随后，其参与拍摄的MV《逞强》入围年度最受欢迎MV；同年，推出个人第三张精选专辑《Super Girl 爱无畏 新歌+精选集》，而她则凭借该专辑获得了第24届台湾金曲奖“最佳音乐录影带奖”提名、第17届华语榜中榜“Channel V亚洲风尚歌手奖”和“最受欢迎女歌手奖”等多个奖项；5月，出席第53届格莱美颁奖礼；12月，参加湖北卫视新年环球狂欢夜跨年演唱会。

2013年1月，参加江苏卫视跨年演唱会，并演唱歌曲《Super Girl 爱无畏》《潇洒小姐》《我爱我》《爱的主打歌》及《表白》；4月，获得第17届全球华语榜中榜“台湾地区最受欢迎女歌手奖”；4月25日，获得MusicRadio中国TOP排行榜“港台地区年度最佳女歌手奖”，其演唱的歌曲《Super Girl 爱无畏》获得“年度金曲奖”；8月1日，签约索尼音乐，收获索尼音乐订购的以ELVA HSIAO命名的行星为见面礼，并制定“星球大战之五星计划”；10月20日，参加东方风云榜汽车音乐节；12月5日，为微电影《傻东西》演唱的主题曲《傻东西》正式上线。

2014年8月，萧亚轩发行个人音乐专辑《不解释亲吻》，收录了包括《不解释亲吻》《浪漫来袭》等在内的11首歌曲；9月，参加湖南卫视《快乐大本营》；11月，在广东卫视励志真人秀节目《中国好男儿》中担任导师。

2015年1月，她凭借歌曲《不解释亲吻》获得全球流行音乐金榜2014下半年度20大金曲奖；4月16日，获得第19届全球华语榜中榜“港台最佳女歌手奖”和“最佳舞台表现力奖”；7月，入围MusicRadio中国TOP排行榜“最受欢迎港台女歌手奖”；11月13日，其参与录制的户外竞技真人秀节目《奔跑吧兄弟》在浙江卫视播出；12月，参加台北市跨年舞台演出；同年，出席春夏巴黎夏姿陈秀场。

2016年1月，其参与录制的时尚音乐纪录片《和自己唱首歌》在土豆视频播出；7月，萧亚轩参加了湖南卫视互动音乐综艺节目《我想和你唱第一季》，以想唱嘉宾身份与阿云嘎演唱歌曲《最熟悉的陌生人》；同年，参与江苏卫视推理神秘音乐秀《看见你的声音》。

2017年1月25日，登上安徽卫视春节联欢晚会，演唱歌曲《表白》和《最熟悉的陌生人》；7月28日，为电影《心理罪》演唱推广曲《明天的秘密》。

2018年5月4日，为网络剧《动物系恋人啊》演唱的片头曲《舞舞舞》正式上线。2019年12月20日，萧亚轩发行音乐专辑《Naked Truth》的首支主打歌《当你和心跳一起出现》。

2020年2月，携黄皓参与其录制的节目《吐槽大会第四季》在腾讯视频播出；3月11日，推出的专辑第二支音乐单曲《不如先庆祝能在一起》在全球数字音乐平台上线；10月18日，携黄皓参加芒果TV情感观察真人秀《女儿们的恋爱第三季》；12月24日，发行个人音乐专辑《Naked Truth》，收录了《不是东西》《大师讲》等在内的10首歌曲。

2023年8月24日，萧亚轩加盟华纳音乐，在北京召开全球发布会并宣布回归乐坛；11月3日，发布加盟华纳音乐后的首支单曲《爱没有错》。

5岁时，萧亚轩的父母离异，她从小由妈妈一手拉扯长大。她有一个弟弟，叫萧圣谚。2007年11月，因为家中要装修，搬到另一处跟妈妈共住。2010年1月1日，妈妈叶秀玲因血小板无法凝血，内出血过世。而在母亲生病期间，萧亚轩到宜兰三清宫三跪九叩800公尺，愿以自己10年寿命换来母亲健康。

2021年4月12日，萧亚轩晒出被狗咬伤疤痕，表示自己住院的两个多月很厌世，“只能躺着不能动”。台媒补充报道，萧亚轩上月在家中被狗狗咬伤右脸，伤口有点深，经过不断治疗伤口慢慢愈合顺利复原；男友黄皓伤势轻微。知情人士指，萧亚轩“没有忧伤沮丧，也原谅那只狗了”。

2024年7月8日，萧亚轩发文透露近况称自己在一年半内要动四次的手术。

2004年，萧亚轩与王阳明恋爱。 2006年，萧亚轩与王阳明分手。

2008年5月，萧亚轩与李安卓恋爱。2009年，萧亚轩与李安卓分手。

2012年9月10日，萧亚轩与演员柯震东正式公布恋情。2013年8月12日，萧亚轩明确表示恋情稳定。2014年4月30日，柯震东亲友间传出二人分手消息，但是双方的经理人都同样不置可否地以“不回应”来回避问题，令分手消息更加疑幻疑真；7月，萧亚轩承认了恋情Elroy，与柯震东恋情正式告终。2016年1月24日，萧亚轩经理人公司承认萧亚轩与Elroy结束恋情。

2017年4月8日，在IG以54字谈这段感情，写下“我会好好的”，为这段7个月的恋情画下句点。萧亚轩与小13岁的高尔夫球选手Michael（陈烨）分手。

2019年8月24日 ，萧亚轩微博晒出与黄皓的合照公布恋情，并配文：“爱就是需要我们在一起”；12月12日，萧亚轩于社交媒体发布一支MV拍摄花絮，并以主打歌《当你和心跳一起出现》旋律为背景。

2020年7月，黄皓突然咳嗽吐血，紧急被送往医院，医生研判可能是压力太大导致，经过休养，已逐渐康复。萧亚轩坦言对黄皓要求过高，送他上表演课、舞蹈，还每天叮咛他练钢琴，她自嘲像妈妈，学会放松心情，毕竟健康才是最重要的资产。

2021年7月6日，萧亚轩在社交平台发出一段影片，对着镜头说出“I am done”，并表示“谢谢你的一切，再见”，疑似宣告结束这段感情。对此，萧亚轩经纪公司回应表示：二人非分手而是暂停一下。

2023年7月3日清晨，萧亚轩在社交平台上直播，自曝恢复单身状态。

2003年，参与录制抗非典公益歌曲《手牵手》和《雄心飞扬》；6月，担任中国台湾地区反盗版公益广告代言人；10月，参加长春“爱在深秋”首届吉林省慈善演唱会；12月，壹周刊赔偿一百万元的名誉损失，萧亚轩全数捐给善牧基金会，作为推广保障女性权益的善款。

2004年，参与三王一后“爱的希望2004”慈善筹款演唱会，共募得300万元捐给善牧基金会。2005年，参加送爱到南亚赈灾晚会；9月27日，与马英九代言“9.27”台北国际无车日。2007年，与众多演艺明星一起录制奥运倒计时一周年主题曲《We Are Ready》；同年，担任台湾癌症基金会关怀大使，并与王金平拍摄公益广告。

2008年，萧亚轩与马英九一起出席女童军总会在台北青年公园举办的庆祝妇女节路跑；5月，参加“凝聚每份爱”震救灾义演，以个人名义向5.12汶川地震捐款50万人民币，并参与“把爱传出去 四川赈灾晚会”；6月，为四川地震携手胡彦斌演唱歌曲《我们的爱》，并参与SMG著名慈善节目《闪电星感动》为灾区募款60余万元，是灾区孩子最喜爱的慈善明星。

2009年，萧亚轩参加赈灾募款晚会“把爱传出去”，向台湾捐款200万新台币。2010年1月8日，与黄晓明一起拍摄世博歌曲《Better City，Better Life》的MV；1月，参加“抗旱救灾－－我们在行动”公益晚会，并演唱歌曲《生生不息》；4月15日，免费接下推广子宫颈癌抹片检查的公益广告代言，为国民健康局担任子宫颈癌防治宣导大使；6月，与黄立行担任一连串饥饿三十“饿梦不再 救要现在”的活动代言人；同年，录制公益单曲《让每天都是圣诞节》，并与台湾世界展望会的认养橘手环活动结合，所得钱款全数捐出。

2011年，萧亚轩捐款100万台币给红十字总会，除援助日本外，也对云南等天灾严重地区伸出援手；TVBS基金会，萧亚轩捐物义卖募款；为大人物慈善摄影展的青少年圆梦基金募得60万。

2012年，萧亚轩与红心字会与POP Radio合办CoCo Love一块，发现爱公益活动，写下LOVE ME卖出约1万；Marie Claire美丽佳人与妇女救援社会福利事业基金会勇敢公益大使；4月15日，参与台北公益活动《爱在四月天》。

2013年，萧亚轩捐出蜜糖吐司一周的营业所得给伊甸基金会；9月，赴蒙古国探视认养贫童，以家扶国外贫童亲善大使的身份发讯息号召好友加入认养行列，回国后又再增加认养5名蒙古、吉尔吉斯与史瓦济兰儿童；12月14日，参与“两岸情.天使心”蒲公英的梦想演唱会，并担任蒲公英梦想大使。

2014年8月，为高雄气爆事件出席赈灾募款晚会；12月，担任某彩妆品牌世界艾滋日公益大使，并出席公益活动，认购200支公益唇膏转赠给需要的团体。

2015年4月，出席“爱在四月天”慈善晚会；11月5日，参加台湾第21届公益募捐活动，并亲自设计彩绘脸卡。2016年3月，参加“天佑台南－台南震灾祈福晚会”；8月，为“爱最大”演唱会担任表演嘉宾，并呼吁同志婚姻平权；10月14日，参加在重庆人民大礼堂举行的“音爱无限”公益演唱会。

2017年5月，为“国际不再恐同日”发声，录制公益歌曲《WE ARE ONE》；7月，萧亚轩在在台北信义广场的街头救助受伤的狗狗；其后，以关怀弱势儿童的基金会发文，赞扬萧亚轩多年来的善举，默默认养家扶基金会的孩子长达10年，截至17年她在世界各地共认养12名儿童；11月17日，为自己发起的流浪动物“毛小孩”T恤义卖发声。

2019年6月20日，四川省科技扶贫基金会官博晒出萧亚轩捐款证书，表示萧亚轩为宜宾地震灾区捐赠善款20万元支持灾区的救援行动与灾后重建。

萧亚轩的歌声是兼具张力与柔软度的中低音，其歌曲曲风多变，R&B的味道很浓。从她的歌声中，既可以听到20岁的天真活泼，又能听到25岁的成熟内敛，一如其灿烂奔放而又冷峻独立的气质和能动能静的舞台风格。在为电影演唱推广曲时，萧亚轩以深情温婉的细腻唱腔，搭配凄美虐心的歌词，将电影情节纯真美好而带有无尽遗憾的感情演绎得刻骨铭心。萧亚轩非常适合演唱灵气的节奏舞曲和中慢板的R&B，在《最熟悉的陌生人》里的那种高贵又时尚的气质，磁性的中音、华彩的高音，还有演绎中气息与感情的水乳交融，显示出了萧亚轩扎实的唱功和最适合的曲风。萧亚轩很懂事，很有自己的想法，也很有潜力，有许多让人喜爱的地方，比如她的外形、舞台上的魅力等等。（中国江西网、新浪娱乐、京华时报、歌手张惠妹、黄立行 综合评）

萧亚轩很时尚，全身上下只要跟她接触过的东西，就会与众不同。她是主流歌手里少有具有明星气质的艺人，虽然在演绎上的表现不如以前，但不能说对音乐不用心，只是用心的程度或是与日俱减，这也就变相使得她的音乐越来越不具惊喜性、惊艳性。但是，大众仍期待她音乐中具有的潮流性、引领性、时尚性——这些特色看起来似乎没什么内涵，却不是任何一个歌手的流行专辑可以兼备的。（陶晶莹、媒体撰稿人Sean、腾讯娱乐 综合评）

否认整容

2022年7月7日，萧亚轩晒自拍视频否认整容，视频中她各种角度捏鼻子揉额头毫无顾忌。据台媒，萧亚轩此前现身金曲奖，网友的关注焦点都在她的鼻子。

维权行动

2024年1月11日，北京互联网法院向殷某某、徐某公告送达萧亚轩与其网络侵权责任纠纷案件民事判决书。法院判决被告在微博向原告萧亚轩公开赔礼道歉，并赔偿萧亚轩精神损害抚慰金5万元、合理支出2.1万元。